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Pfam数据和新版本可通过InterPro公司

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Pfam公司

Pfam数据库是一个蛋白质家族的大集合,每个家族由多序列比对隐马尔可夫模型.

蛋白质通常由一个或多个功能区组成,通常称为不同的结构域组合产生了自然界中不同范围的蛋白质。因此,对蛋白质中出现的结构域的鉴定可以提供对其功能的见解。

Pfam还生成相关条目的高级分组,称为氏族一个氏族是一组Pfam条目的集合,这些条目通过序列、结构或轮廓-HMM的相似性进行关联。

每个条目的数据基于UniProt参考蛋白质组但是,通过输入蛋白质登录仍然可以找到有关单个UniProtKB序列的信息。Pfam公司满的可以通过搜索各种数据库来进行比对,以提供不同的访问(例如,所有UniProt和NCBI GI)或不同级别的冗余。


您可以通过各种方式在Pfam中查找数据…

  • 分析Pfam匹配的蛋白质序列
  • 查看Pfam注释和对齐
  • 参见相关条目组
  • 查看蛋白质序列的结构域组织
  • 查找PDB结构上的域
  • 按关键字查询Pfam
  • 输入任何类型的登录或ID以跳转到Pfam条目或族、UniProt序列、PDB结构等的页面。

  • 或查看帮助第页了解更多信息

分析Pfam匹配的蛋白质序列

将您的蛋白质序列粘贴到此处,以找到匹配的Pfam条目。

您将被重定向到InterPro序列搜索。您可以在那里自定义查询。

查看Pfam注释和对齐

输入加入(例如PF02171型)查看该条目的所有数据。

你也可以浏览通过所有Pfam家族的列表。

参见相关族组

输入部族加入(例如CL0005号机组)查看有关那个部落的信息。

你也可以浏览通过氏族名单。

查看蛋白质序列的结构域组织

输入序列标识符(例如VAV_人类)或加入(例如第15498页).

你可以浏览蛋白质使用Pfam域。

查找PDB结构上的域

输入PDB标识符(例如2个)用于蛋白质数据库中的结构。

按关键字查询Pfam

在Pfam数据库中搜索文本数据中的关键字。


引用Pfam

如果您觉得Pfam有用,请考虑引用描述此工作的参考:

Pfam:2021年蛋白质家族数据库以下为: J.Mistry、S.Chuguransky、L.Williams、M.Qureshi、G.A.Salazar、E.L.L.Sonnhammer、S.C.E.Tosatto、L.Paladin、S.Raj、L.J.Richardson、R.D.Finn、A.Bateman、, 核酸研究(2021)doi:10.1093/nar/gkaa913

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