PDB数据简介

PDB存档是原子坐标和其他描述信息的存储库蛋白质和其他重要的生物大分子。结构生物学家使用方法例如X射线晶体学、核磁共振波谱和低温电子显微镜确定每个原子在分子中的相对位置。然后，他们将这些信息保存下来，然后对其进行注释并公开发布到存档中由wwPDB发布。

不断增长的PDB反映了实验室正在进行的研究在世界各地。这使得在研究中使用数据库既令人兴奋又充满挑战和教育。结构可用于参与生命的中心过程，所以你可以去PDB档案找到核糖体的结构，致癌基因、药物靶点，甚至整个病毒。然而，找到您需要的信息，因为PDB归档了许多不同的结构。你会经常找到给定分子的多重结构，或部分结构，或具有从它们的原始形式被修改或灭活。

PDB数据理解指南旨在帮助您开始绘制路径这些材料，并帮助您避免一些常见的陷阱。这些章节交织在一起另一个。首先，从左侧菜单或菜单中选择一个主题，或选择以下段落中链接的主题：

• PDB数据

  PDB存档中存储的主要信息包括坐标文件用于生物分子。这些文件列出了每个蛋白质中的原子及其3D位置在太空中。这些文件有多种格式（PDB、mmCIF、XML）。典型的PDB格式文件包括一个大的文本“标题”部分，总结了蛋白质、引文信息和结构解决方案的细节，后面是序列和长列表原子及其协调。存档还包含实验观察用于确定这些原子坐标的。

• 可视化结构

  虽然可以使用文本编辑器直接查看PDB文件，但使用浏览或可视化程序来查看它们。在线工具，如RCSB PDB网站上的工具，允许您使用搜索和浏览PDB标题下的信息，包括以下信息实验方法以及蛋白质的化学和生物学。找到PDB条目后您可能会使用可视化程序让你能够读取PDB文件，在计算机上显示蛋白质结构，并创建其自定义图片。这些程序通常还包括分析工具，可用于测量距离和结合角，并确定有趣的结构特征。

• 读取坐标文件

  当您开始探索PDB存档中的结构时，您需要了解以下几点这个坐标文件在典型条目中，您会发现生物分子、小分子、离子和水的混合物。通常，您可以使用名称和链ID以帮助进行分类。在结晶学确定的结构中，原子被注释温度因素描述了它们的振动和占用情况，显示了它们是否在几种构象。核磁共振结构通常包括几种不同的分子模型。

• 潜在挑战

  在研究PDB存档时，您可能会遇到一些挑战。例如，许多结构，特别是那些由晶体学确定的，只包括关于功能性生物组装。幸运的是，PDB可以在以下方面提供帮助这个。此外，许多PDB条目是分子缺失的部分那个实验中未观察到。其中包括仅包含α-碳的结构位置、缺少循环的结构、单个域的结构或来自更大的分子。此外，大多数晶体结构条目没有关于氢原子的信息。