基于内核的方法是集成异构数据类型的强大方法。mixKernel旨在为无监督探索性分析提供结合内核的方法。提供了不同的解决方案来计算元内核,无论是以一致的方式还是以最能保留数据原始拓扑的方式。mixKernel还集成了内核PCA,以从多个源的角度在非线性空间中可视化样本之间的相似性。包中还提供了选择和显示重要变量的函数,这些函数位于无监督的内核关联框架中。

安装说明如下。

python依赖项的安装

在中执行功能选择的函数需要以下python模块mixKernel(混合内核):签名、scipy、sklearn、numpy

pip3安装签名
pip3安装scipy
pip3安装sklearn
pip3安装numpy

生物导体相关性的安装

需要两个生物导体包mixKernel(混合内核)安装:mixOmics公司品学兼优:

安装.包(“生物经理”)
生物技术经理::安装(“mixOmics”)
生物技术经理::安装(“phyloseq”)

mixKernel安装

最后,安装完成:

安装.包(“mixKernel”)

工具书类

Mariette,J.和Villa-Vialaneix,N.(2018年)。用于异构数据集成的无监督多内核学习。生物信息学,34(6), 1009-1015.

Brouard,C.、Mariette,J.、Flamary,R.和Vialaneix,N.(2022年)。系统生物学中核心方法的特征选择。NAR基因组学和生物信息学,4(1) ,lqac014。