进化轨迹


1xk2的进化追踪结果有两种可用方式:

Uniprot公司P09601.

来自RCSB的图像

1xk2链条着色(来自RCSB PDB图像库)。

查看的跟踪

所有数据文件

1xk2安

1xk2A.zip

PyMol的所有结果:

1千2

这个ET查看器运行实值ET或整数ET并显示结果。它的ET向导以PDB标识符或文件作为输入,并输出蛋白质中每个序列位置的进化重要性等级。所有跟踪参数都可以调整:可以使用自定义比对和系统发育树。然后,ET查看器显示结构的彩色图,显示哪些残基位于前n个百分位中,其中n是可调整的,以及它们是否聚类(z分数表示这些排名靠前的残基是否以统计显著的方式聚类)。多序列比对查看器和系统发育树查看器显示基础数据。


仅报告

所有文件

1xk2_报告.pdf

1xk2.zip拉链

这个ET报告制造商使用硬连接参数运行实际值ET。输入是PDB标识符或UniProt登录号它返回一个PDF报告,以及所有数据文件,包括ET查看器ET_report_maker的一个特点是它试图汇集有关蛋白质序列、结构和基本注释的信息,以更好地解释单个残基的ET重要性等级。它还表明了人们可能在哪里靶向突变,以及为了选择性地敲除单个功能位点而进行哪些替代。

描述

这两种分析都基于略有不同的比对,可以看作是互补的。这些预测可用于合理的蛋白质重新设计和工程,因为它们使研究人员能够有效地将突变靶向蛋白质的最相关部分。反过来,这可以选择性地阻止、分离、重新布线或模拟功能。基于ET的功能注释也可能有助于提示蛋白质功能(请参阅ET Annotation Server). ET等级基本上反映了给定序列位置上进化压力的程度。它是通过将蛋白质家族排列中的序列变异与其进化差异相关联而获得的。顶级残基与变异相关,这些变异与进化树根部附近的巨大差异相关,并且可能与显著的功能变化有关。相反,排名不佳的残基与树叶子附近的变异有关,可能与适度的功能差异有关(如果有的话)。

将建议、错误和查询通过电子邮件发送至:长毛象+etreport@gmail.com

所选引用:

  • Lichtarge,O.、H.R.Bourne和F.E.Cohen(1996年)。“进化追踪方法定义了蛋白质家族共同的结合表面。”《分子生物学杂志》。257(2): 342-58.
  • Morgan,D.H.,D.M.Kristensen,D.Mittleman和O.Lichtarge,《ET查看器:预测和可视化蛋白质结构中功能位点的应用》,生物信息学。2006年8月15日;22(16):2049-50. Epub 2006年6月29日。
  • Mihalek I.,I.Res和O.Lichtarge,《进化轨迹报告生成器:蛋白质比较分析的新型服务》,生物信息学。2006年7月1日;22(13):1656-7. Epub 2006年4月27日。
  • Mihalek,I.,I.Res,O.Lichtarge(2004年)。“蛋白质残基重要性排序的进化熵混合方法家族”《分子生物学杂志》336(5):1265-82。
  • Warren L.DeLano“PyMOL分子图形系统”,DeLano Scientific LLC,美国加利福尼亚州圣卡洛斯。http://www.pymol.org


  • 进化轨迹可免费用于非营利用途。
    联系Lisa Beveridge(beveridge@bcm.tmc.edu, 713-798-6821 )
    向贝勒医学院申请商业许可证。