作者注释

1.科学范围

IUCr数据是国际结晶学联合会(IUCr)的同行评审的开放存取期刊。本创新出版物旨在提供晶体数据集和相关科学学科数据集的简短描述,并促进数据访问。有两个主要物品类别:原始数据信函数据报告。原始数据信函发表生物、化学或材料科学领域晶体学原始数据集的简短描述,让研究人员能够关注数据的特定特征,这些特征可能会引起方法和软件开发人员的兴趣,或者可能与结构解释相关。每个数据集的信息包括包含核心元数据的imgCIF、衍射图像、数字以及数据及其处理的描述。该杂志坚持公平原则,元数据的正确性和完整性至关重要。数据报告描述无机、金属、有机或有机化合物的晶体结构。每个晶体结构的信息包括晶体数据(CIF和结构因子)、数据验证报告、数字和数据的文本表示。

2.提交要求

文章的编写和编辑指南可从作者服务页面获取,网址为https://iucrdata.iucr.org/x/services/authorservices.html主编、合编和编辑办公室工作人员可协助作者处理任何技术问题。

单个作者(提交作者)应负责文章的提交,并在审查和出版过程中联系任何编辑问题。提交作者应提供机构电子邮件地址。已发表文章可能有一个或多个作者(通信作者),负责发表后的通信,并在已发表文章中标记星号。强烈建议所有作者在提交过程中提供ORCiD iD。

将要求作者同意开放访问许可证(见第2.7节[链接]),并将被要求确认他们可以支付开放访问费,或他们有付款豁免(见第5.5节[链接]).

在提交期间,作者将被鼓励提供一条关于他们文章的推特,以便在出版时使用;部门、机构的twitter句柄也将请求。

2.1. 提交原始数据信函

原始数据信函应于提交https://iucrdata.iucr.org/x/services/submit.html。鼓励作者使用可从获取的模板https://journals.iucr.org/services/wordstyle.html.

信函所需的源文件包括:信函文本、表格和数字的Word或OpenDocument格式的单个文件;每个图形和方案的高分辨率图形文件(最小600 d.p.i.),采用TIFF、PostScript、封装PostScript或PNG格式(见第3.2节[链接]); 包含原始数据文件元数据的imgCIF文件、原始数据位置的持久标识符(doi)以及任何支持信息的文件。可以使用工具为您的波束线或设备设置imgCIF几何文件,或者将元数据头信息从图像数据转换为完整的imgCIF。支持信息应以下列格式之一提供https://journals.iucr.org/services/filetypes.html。应按照在线提交说明.

2.2. 提交数据报告

全部数据报告应以结晶信息文件(CIF)格式提交。作者免费的CIF编辑器,公共CIF,可以从https://publcif.iucr.org网站.

作者需要使用checkCIF服务验证其CIF和结构因素https://iucrdata.iucr.org/services/cif/checking/checkfull.html提交之前。在继续之前,应尽可能解决checkCIF返回的验证警报。在某些情况下,验证响应表(VRF)将由checkCIF提供。如果相关验证问题无法解决,则应按照作者服务页面中的描述填写此表单,网址为https://iucrdata.iucr.org/x/services/authorchecklist.html最好在CIF的实验部分添加适当的解释性文本。可以使用printCIF服务生成CIF预览,网址为https://iucrdata.iucr.org/services/cif/printcif.html或使用公共CIF.

2.3。物品的处理

被认为适合同行评审的文章将分配给联合编辑。联合编辑负责审查步骤以及在验收阶段之前与作者的未来沟通。这一责任包括决定文章的最终形式以及必要时对作者须知的解释。有关同行评审过程的更多信息,请访问https://iucrdata.iucr.org/x/services/peerreview.html.

主编、合编或编辑人员要求对手稿进行的修改应在一个月否则,提交文件将被视为撤回。如果一份手稿在两次修改后都不可接受,则不会进一步考虑。在编辑过程中,任何随后的材料交流都将被视为新的提交。

首次提交后,应上传任何修订或新文件只有以响应来自编辑器的特定请求。

在接受时,作者还将被要求支付开放访问费或提供弃权。对于已接受的文章,总编辑有责任准备文章以供发表。这可能需要与作者和/或合编人通信,以解决歧义或获得令人满意的数字或表格。发表文章上的接受日期是总编辑收到最后一项要求的日期。除非总编辑得知其他合适的安排,否则将向提交作者发送信函。总编辑的联系方式IUCr数据可以在以下位置找到https://journals.iucr.org/services/contactus.html.

可以使用交叉引用相似性检查服务。

合作编辑可能会要求提供他们认为必要的任何其他实验数据或材料,以完成对文章的全面审查。

2.4. 物品的转让

在极少数情况下,如果一篇文章似乎更适合另一份期刊,编辑可能会建议将其转载到另一份IUCr期刊。传递过程很快,因为文章可以与相应的评论一起从一个期刊无缝地传递到另一个期刊。新期刊的编辑通常会根据现有评论做出决定,但有时会邀请其他评论员。请注意,只有在与提交作者进行充分讨论后,才能对出版杂志进行任何更改。

2.5. 作者的保证和道德考虑

文章的提交被视为隐含的保证,即作品是原创的,是作者自己的作品,所有作者都知道并同意提交的内容,参与研究的所有工作人员都被列为作者或在致谢该手稿尚未出版(以任何语言或媒介),并且在考虑期间,该手稿未被考虑,也不会在其他地方提供IUCr数据.事先将材料纳入非正式出版物,例如预印本服务器受到IUCr期刊的欢迎。

文章的合著者应该是所有对所报告的工作做出重大科学贡献的人,包括想法及其执行,并对结果承担责任和问责的人。其他捐款应在致谢。鼓励作者在致谢给出每个作者的具体贡献(有关更多详细信息,请参阅在线提交说明). 对作者名单的更改通常需要得到编辑和所有作者的同意。

IUCr是COPE(出版道德委员会)的成员,支持其建议,包括编辑行为准则,可在https://www.publicationethics.org/。在Acc.化学。物件。(2002),35, 74–76和格拉芙等。[国际临床杂志。实际。(2007),61(补充152),1-26]. 作者应遵守这些准则。有关IUCr期刊道德政策的更多详细信息,请访问https://journals.iucr.org/services/ethicalpublishingpolicy.html.

在期刊上发表文章的作者可能会被要求审阅提交给期刊的文章。

2.6. 作者申诉程序

如果作者认为某篇文章受到合编人不公正的对待,则可以首先向主要编辑提出上诉,要求重新审查,最后,如果仍对该决定感到不满,则可以向IUCr期刊的主编提出上诉。首次上诉应在该条款被驳回后三个月内提出。主编的决定是最终决定。

2.7. 许可

作者不会被要求将版权转让给IUCr,而是会被要求在提交文章时同意开放访问许可。本许可证与知识共享署名(CC-BY)许可证相同。有关作者权利的详细信息,请访问https://journals.iucr.org/services/authorrights.html.

3.出版和数据要求

3.1. 文章文本

文章应该写得简明扼要,以便读者尽可能广泛地阅读。在准备文章之前,作者应该查阅当前期刊,熟悉一般格式,如标题的使用、表格的布局和参考文献的引用。

文章的标题应吸引广大读者,并应包括主题领域的关键短语。最有效的标题通常长度不超过10-12个单词。应避免使用缩略语或缩写。

所有稿件应附有英语摘要还有一两句话剧情简介将文章的主要发现纳入目录页。这个摘要应尽可能具体和定量地说明所获得的主要结果,并应说明作品的更广泛意义。作者还应提供至少五个关键词。这些可能包括与文章主题相关的同义词和特定短语。

这个摘要应适合通过抽象服务而不改变措辞进行复制。它不应提及文章中包含的表格、图表、原子序数或公式。它不应包含脚注,也不应包含“we”或“I”的用法。

样品制备说明应提供有关化合物的分离或合成、晶体制备(方法、溶剂及其比例)和鉴定的充分信息(例如熔点、旋光),以重现实验。只需引用先前报道的合成、分离程序或光谱数据。

3.2. 图表和照片(“图形”)

准备数字的一套指南可从以下网址获得:https://iucrdata.iucr.org/x/services/help/artwork/guide.html一个高分辨率图形文件(至少600d.p.i.)每个图形和方案都需要TIFF、PostScript、封装的PostScript、JPEG或PNG格式。

应优化数字的选择,以生成符合清晰度的最短文章。应避免表和图中相同信息的重复呈现,文本也应避免冗余。可存放补充数据(见第4节[链接]).

应提供一张图片,总结论文的信息,并可用作目录页和文章第一页的缩略图。

3.2.1、。质量

第3.2节所列格式的电子文件[链接]对高质量繁殖至关重要。

3.2.2. 大小

图表应尽可能小,以符合易读性。它们的尺寸通常应确保包括文字在内的最大宽度小于日记账中一列的宽度(8.8厘米)。

3.2.3. 字母和符号

精细的细节和文字应足够大,以便清晰易读(理想情况下为1.5–3mm高)。

应尽量减少字体;在不需要网格和阴影的地方,应避免网格和阴影。说明性内容应放在标题中。

3.2.4. 编号

图表应按照文本中引用的顺序在单个系列中编号。

3.3. 桌子

3.3.1. 表格的使用

广泛的数字信息通常以最经济的方式列在表格中。文本和图表不应与表格冗余。

3.3.2. 设计、编号和尺寸

表格应按照文本中引用的顺序,在一系列阿拉伯数字中编号。应为其提供标题。

桌子应精心设计,以占用最少的空间,并保持清晰。

3.4. 数学和字母符号

除标量积外,应避免使用停止(句点)表示乘法。通常,不需要符号,但如果需要,则应使用乘号(×)。

标量变量和非标准函数应以斜体显示。

矢量应为粗体,张量应为粗体字。

希腊字母不应该拼写出来。

应注意不要因使用相同字母符号的两种不同含义而引起混淆。

应避免使用哥特式、手写体或其他不寻常的字体。如果作者使用的字体不可用,可以用另一种字体代替。

所有显示的方程式应在一个序列中编号。

3.5. 资金筹措信息

物品可能包括资金筹措信息第节。本节旨在帮助作者遵守资助者的报告要求,并包括有关资助者和授予/奖励编号的信息。融资信息不应包含在致谢第节。有关更多信息,请参阅https://journals.iucr.org/services/funding.html.

3.6. 术语

3.6.1. 单位

使用国际单位制(SI),但以下情况除外:m) 通常首选纳米(nm)或皮米(pm)作为适当的长度单位。建议使用十进制倍数的前缀,而不是`×10n个'.

3.6.2。化合物命名

化合物和矿物的名称并不总是明确的。因此,作者应引用文章中所述物质的化学公式,包括有机和金属有机化合物的化学结构图。

化学配方和命名应符合国际纯粹和应用化学联合会(IUPAC)、国际生物化学和分子生物学联合会(UUBMB)、国际矿物学协会(IMA)和其他适当机构制定的命名规则。晶体命名法应尽可能与系统名称相对应。

对于含有手性分子的晶体结构,作者应该弄清楚晶体结构是外消旋体还是对映体,以及对映体的绝对构型分配是否合理。标题、化合物名称、化学图、原子坐标和空间群应与对映体组成和所选构型相对应。

3.6.3. 结晶命名法

作者应遵循IUCr结晶命名委员会提出的一般建议(参见https://www.iucr.org/resources/commissions/crystallographic-nomclature/).

空间群应以赫尔曼-莫根符号表示。标准单元格设置,如第A卷所列国际晶体学表,除非有相反的客观原因,否则应使用。当使用非标准设置时,应给出等效位置列表。赫尔曼-莫根符号也应用于指定点群和分子对称性。如果在有选择的地方明确说明所使用的原产地,这是很有帮助的。

轴的选择通常应遵循结晶数据委员会的建议[Kennard等。(1967).《水晶学报》。22, 445–449].

符号,如123或香港特别行政区不带括号被理解为反射,(123)或(香港特别行政区)一个平面或一组平面,[123]或[紫外线照射]一个方向{香港特别行政区}表格和〈紫外线照射〉该类型的所有晶体等效方向[紫外线照射]. 其他括号符号应明确定义。

3.6.4. 生物化学术语

IUBMB命名委员会和IUPAC-IUBMB生物化学命名联合委员会的建议(见https://iubmb.qmul.ac.uk网址)应尽可能遵循。最新版的建议酶命名法(1992年,圣地亚哥:学术出版社;及其补遗)应尽可能遵循(参见https://iubmb.qmul.ac.uk/酶). 这包括引用EC编号。建议作者使用Roberts提出的限制性内切酶、DNA、甲基转移酶、归巢核酸内切酶(及其基因)的命名法等。[(2003),核酸研究。 31, 1805–1812].

3.7. 工具书类

引用已发表的作品时,应注明作者姓名,紧跟出版年份,例如Neder&Schulz(1998)或(Neder&Schulz,1998)。如果有三位或三位以上作者,文本中的参考应以Smith的形式表示等。(1998)或(史密斯等。, 1998).

在参考列表中,条目应按字母顺序排列,并符合以下风格:

Bond,A.D.(2012)。《水晶学报》。E类681992年至1993年。

Brink,A.和Helliwell,J.R.(2019年)。原始衍射图像。蛋白质晶体中高密度四铼团簇的形成及其在医学成像中的意义。https://doi.org/10.5281/zenodo.2874342.

Cowley,J.M.(1993)。编辑。电子衍射技术牛津大学出版社。

化学物理手册(1983年)。第64版,R.C.Weast编辑,第D-46页。博卡拉顿:CRC出版社。

Cruickshank,D.W.J.(1998)。《水晶学报》.A型54, 687–696.

Ferguson,G.、Schwan,A.L.、Kalin,M.L.和Snelgrove,J.L.(1997)。《水晶学报》。C类53,IUC9700009。

Götz,D.,Herres,N.,Diehl,R.&Klapper,H.(2022)。正在准备中。

国际结晶学联合会(2022年)。(IUCr)国际结晶学联合会, https://www.iucr.org。

Khoshouei,M.、Radjainia,M.,Baumeister,W.和Danev,R.(2016)。生物Rxiv,https://doi.org/10.101/1087841.

Lutz,M.和Kroon-Batenburg,L.(2022)。IUCr数据,7,已提交。

Neviani,V.、Lutz,M.、Oosterheert,W.Gros,P.和Kroon-Batenburg,L.(2022年)。IUCr数据,7,已提交。

Petit,G.A.、Mohanty,B.、McMahon,R.M.、Nebl,S.、Hilko,D.H.、Wilde,K.L.、Scanlon,M.J.、Martin,J.L.和Halili,M.A.(2021年)。生物Rxiv, https://doi.org/10.101/1021.03.25.436878。

Reyes,A.A.、Fishbain,S.和He,Y.(2022)。《水晶学报》。F类78, https://doi.org/10.1107/S20533230X22000553。

Schowalter,M.、Müller,K.和Rosenauer,A.(2012年)。《水晶学报》。A类68,https://doi.org/10.107/S010876731103779.

Sheldrick,G.M.(2008)。《水晶学报》。A类64,112–122。

Shmueli,U.和Weiss,G.H.(1985)。晶体学中的结构与统计由A.J.C.Wilson编辑,第53-66页。吉尔德兰:学术出版社。

Smith,J.M.(2022)。《水晶学报》。D类78在媒体上。

Wall,M.E.(2015)。arXiv公司:1511.07811.

周培芳(1993)。加拿大安大略省汉密尔顿市麦克马斯特大学博士论文。

请注意,所有作者和包括应该给出页码。

使用数据库参考(识别)代码识别文章中的单个结构时,应附上参考列表中原始文献的完整引用。支持信息中的引文也应出现在文章的正文中,或出现在相关的文献部分。如果作者使用了存储库中的公共可用数据集,则应在已发布的文章中引用。

3.8. 数据策略

为了让其他人能够复制、验证和建立在IUCr期刊上发表的工作,作者应免费提供支持数据。在这种情况下,IUCr通过了数据共享策略这就要求对结构文章中支持结果的数据进行同行评审,并将其与IUCr或适当的公共存储库一起存档。出于同行审查的目的,作者被要求在提交时提供对其数据的访问权限。

虽然原始数据信函第节,共节IUCr数据通常不公布结构测定结果,在公布结构的情况下,作者应遵循所报告结构类型的数据要求指南。报告小分子或材料晶体结构测定结果的作者必须以CIF格式的单一电子文件提供数据。还需要CIF格式的结构系数数据。对于报告生物大分子结构测定结果的信件,作者应参考《水晶学报》。D类作者须知有关数据要求的详细信息。

粉末衍射文章的作者应参考https://journals.iucr.org/services/cif/powder.html对于呈现粉末衍射轮廓拟合或细化(Rietveld)方法结果的文章,主要衍射数据,剖面上每个测量点的数值强度都是散射角的函数,必须进行沉积。

一些特定的数据要求原始数据信函数据报告下面和作者服务页面上概述了https://iucrdata.iucr.org/x/services/authorservices.html。本页还提供了指向不同类型结构和不同结构确定技术的数据要求的链接。

3.9. 对的要求原始数据信函

除了摘要,原始数据信函通常应包括数据处理和细化数据描述部分。作者需要为原始数据和衍射图像提供核心元数据。原始数据应该存档在一个可识别的存储库中,该存储库为数据分配一个持久标识符(doi)。有关更多信息,请参阅在线提交说明.

数据处理部分,如果达到3D分子结构,则应提供如何处理数据的细节,以及在模型精化中使用的任何特定策略,例如在处理的衍射数据步骤中或稍后的模型精化步骤中处理无序或孪晶。本节与数据描述截面应保持在最小值。如果该结构已经发布,则应提供报告该结构的文章的参考。

衍射图像中任何显著特征的描述应在数据描述第节。描述应包括条纹、孪晶、无序的详细信息等。以及数据获取方式和地点的简要概述。

核心元数据应以imgCIF格式提供,并包含在本文的实验表中。这些元数据包括原始数据的doi、数据集名称和数据描述、使用的光束线或衍射仪、检测器类型、数据二进制格式和压缩类型、装箱模式、光束中心、波长、波长带通、所有测角仪和检测器轴的方向(使用imgCIF约定),旋转轴、起始角度和每帧增量(方向:正或负)、像素大小、检测器距离和帧数的规格。核心元数据列表可从以下位置获得:科隆-巴滕堡等。(2022).IUCr数据,7,x220821.

应为每个样品提供原始衍射图像原始数据信函.作者还将被要求为信件的第一页提供额外的图像;这可能是3D结构的视图(如果求解)、晶体照片、化学结构、粉末衍射图案。可能会包括其他图表来说明文本中讨论的功能。

3.10. 对的要求数据报告

除了摘要,数据报告通常应包括结构描述合成与制备部分。这个精炼只有报告非常规程序的部分才会发布。公布了金属有机化合物和有机化合物的化学方案。作者需要提供分子种类的椭球图和无机化合物的多面体图。

这个结构描述部分包含有关结构的任何注释。本节与摘要应保持在最低限度。它们应包括:具有显著特征的分子的简要描述;包装特点的简要总结;用于比较的相关结构;分子或背景与研究的相关性。

应使用最新版本的优化软件。作者应在提交的CIF中包含其细化说明文件和输入反射数据文件的副本(如果可用)(有关更多详细信息,请参阅作者服务页面,网址:https://iucrdata.iucr.org/x/services/authorchecklist.html).

所有对称唯一键的长度和角度,以及那些涉及H原子的键的长度和角度,都应该包括在CIF中;鼓励额外包含非H原子的扭角。这通常是细化程序中的可选指令。所有几何数据将放在读者可用的支持信息中。

对于数据报告,将根据CIF中标记为发布的参数自动生成粘结长度、角度和扭转角度表。这些表中应包括文本中讨论的特别有趣的值。类似地,可以创建氢键表,并且通常可以通过精炼程序生成。可以使用中的额外表格功能包括其他所需的表格,例如参数比较公共CIF或如所述https://iucrdata.iucr.org/x/services/cifinfo.html.

化学结构图应包含在数据报告除了具有扩展框架结构的无机化合物之外的所有化合物。图表应显示结构中存在的所有物种,包括以正确比例存在的反离子和溶剂分子。对于聚合物结构,应指出与下一个重复单元的连接。应显示任何相对或绝对立体化学。

还鼓励作者提交报告结构的化学连接性(MOL、CML、CHM、SMI)文件;这些通常可以由用于生成方案的软件生成。

4.其他支持信息

一些读者可能有用或感兴趣但不构成文章本身一部分的其他支持信息(如实验分析、附加数字和多媒体内容)将从期刊网站上获得。还作出安排,酌情将这些信息存放在相关数据库中。

多媒体内容(例如延时序列、三维结构)受到欢迎。多媒体的首选文件格式见https://journals.iucr.org/services/filetypes.html.

5.作者信息和服务

作者服务页面位于https://iucrdata.iucr.org/x/services/authorservices.html.

5.1. 作者工具

有许多工具可用于帮助准备文章。

()准备文章的模板可以从作者服务页面下载。

(b条)支票CIF/服务于https://iucrdata.iucr.org/services/cif/checking/checkfull.html允许检查CIF和结构因素。

(c)对于数据报告,可以使用编辑CIF公共CIF,可从获取https://publcif.iucr.org网站,并使用printCIF服务预览了https://iucrdata.iucr.org/services/cif/printcif.html.

(d日)对于原始数据信函,工具将可用于为您的波束线或设备设置imgCIF几何文件,或将元数据头信息从图像数据转换为完整的imgCIF。

5.2. 状态信息

作者可以通过以下网址获取其文章的当前状态信息:https://journals.iucr.org/services/status.html.

5.3. 校样

将以便携式文件格式(pdf)以电子方式提供证据。当校样准备好下载时,提交作者将收到电子邮件通知。

5.4. 重印

发表后,提交作者可以免费下载已发表文章的电子重印本。

5.5条。开放式访问

IUCr数据是一种开放存取的出版物。同行评审、制作、在线托管和存档的成本将通过向作者收取开放访问费来支付。

作者将被要求在接受其文章发表后支付开放存取费。发展中国家的作者可以申请免收开放存取费。弃权请求应在向期刊提交文章之前提出。

开放存取安排的详细信息IUCr数据可在https://iucrdata.iucr.org/services/oa/openaccess_x.html.

5.6. 出版和社交媒体

IUCr数据可在网站上找到https://iucrdata.iucr.org。一旦你的文章发表,它也会出现在推特@IUCrData上。

5.7. 公开你的文章

IUCr通过多种方式促进和提高对其期刊上发表的文章的认识。有关这方面的更多信息以及如何宣传文章的建议,请访问https://iucrdata.iucr.org/services/articlepublicity.html.

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