应用晶体学杂志 //journals.iucr.org/j/issues/2024/02/00/index.html 《应用晶体学杂志》从技术和理论的角度涵盖了广泛的晶体学主题。该杂志发表了有关晶体学技术的应用以及相关仪器和计算机软件的文章。多年来,《应用晶体学杂志》一直是出版小角度散射文章和粉末衍射技术的主要工具。该杂志是发表晶体学计算机程序信息的主要场所。 英语 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 2024-03-26 国际晶体学联合会 国际晶体学联合会 http://journals.iucr.org 瓮号:1600-5767 《应用晶体学杂志》从技术和理论的角度涵盖了广泛的晶体学主题。该杂志发表了有关晶体学技术的应用以及相关仪器和计算机软件的文章。多年来,《应用晶体学杂志》一直是出版小角度散射文章和粉末衍射技术的主要工具。该杂志是发表晶体学计算机程序信息的主要场所。 文本/html 应用晶体学杂志,第57卷,第2部分,2024年 文本 每周的 6 2002-02-01T00:00+00:00 2 57 2024-03-26 版权所有(c)2024国际晶体学联合会 应用晶体学杂志 220 瓮号:1600-5767 med@iucr.org 2024年3月 2024-03-26 应用晶体学杂志 http://journals.iucr.org/logos/rss10j.gif //journals.iucr.org/j/issues/2024/02/00/index.html 静止图像 雄黄的晶体结构、弹性和声子特性与压力的关系 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?vb5070 雄黄,α-As4S4(空间群P21/n),是最著名的硫化砷矿物之一,因为它在过去被广泛用作红色颜料,在现代被用于先进的光学和电子技术应用。从地质角度来看,雄黄矿床主要为热液和低温热液矿床,但它也是在上地幔和地壳之间发现的相关阶段,因此是砷的主要来源之一。尽管雄黄有着广泛的用途和兴趣,但很少有实验和理论研究关注雄黄的结构、弹性和振动特性的表征,尤其是它们随压力的变化。一些量,例如As4S4单元之间的内聚能和弹性模量,在科学文献中从未报道过。本工作使用最近提出的PBEh-3c方法对雄黄的引用特性进行了密度泛函理论研究,该方法专门用于处理具有弱范德华相互作用特征的晶体固体。该方法根据先前研究中可用的晶体化学、机械和光谱数据进行了验证,结果基本一致。能量与单位体积数据的状态方程参数为V0=767.13(9)奥3,B0=15.73(8)GPa和B′=9.1(2) ,体积模量值(B0)与从弹性张量分析中获得的值非常一致(B=16.1GPa)。内聚能约为146.1千焦mol–1,该值遵循有机晶体的典型值。本研究为这种特殊矿物提供了新的见解,从矿物学角度来看,这种矿物可以被视为由无机分子簇构成的异向结构的原型。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 G.乌利安。 瓦尔德雷,G。 2024-02-12 doi:10.1107/S1600576724000025 国际晶体学联合会 本工作报告了雄黄α-As4S4的密度泛函理论表征,雄黄是一种由弱范德瓦尔斯相互作用聚集在一起的簇状As4S4分子构成的矿物,最近引起了人们对可能的光电子应用的关注。在处理此类晶体系统的理论方法时,一个挑战是在物理处理中包含色散力,以及在分子-分子相互作用中校正基组叠加误差,这两者都是使用PBEh-3c方法来解释的。 ZH 雄黄 四硫化四砷 晶体结构 弹性特性 振动特性 压力依赖性 密度泛函理论 雄黄,α-As4S4(空间群P21/n),是最著名的硫化砷矿物之一,因为它在过去被广泛用作红色颜料,在现代被用于先进的光学和电子技术应用。从地质角度来看,雄黄矿床主要为热液和低温热液矿床,但它也是在上地幔和地壳之间发现的相关阶段,因此是砷的主要来源之一。尽管雄黄有着广泛的用途和兴趣,但很少有实验和理论研究关注雄黄的结构、弹性和振动特性的表征,尤其是它们随压力的变化。一些量,例如As4S4单元之间的内聚能和弹性模量,在科学文献中从未报道过。本工作使用最近提出的PBEh-3c方法对雄黄的引用特性进行了密度泛函理论研究,该方法专门用于处理具有弱范德华相互作用特征的晶体固体。该方法根据先前研究中可用的晶体化学、机械和光谱数据进行了验证,结果基本一致。能量与单位体积数据的状态方程参数为V0=767.13(9)奥3,B0=15.73(8)GPa和B′=9.1(2) ,体积模量值(B0)与从弹性张量分析中获得的值非常一致(B=16.1GPa)。内聚能约为146.1千焦mol–1,该值遵循有机晶体的典型值。本研究为这种特殊矿物提供了新的见解,从矿物学角度来看,这种矿物可以被视为由无机分子簇构成的异向结构的原型。 文本/html 雄黄的晶体结构、弹性和声子特性与压力的关系 文本 2 57 2024-02-12 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 2323112 2323113 2323114 2323115 2323116 2323117 2323118 原位X射线衍射研究α-GaOOH的脱氢和结构转变 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ui5002 Ga2O3是一种超宽带隙半导体,由于其在高频、高功率和高温环境中具有广阔的应用前景,受到了广泛关注。它可以通过在高温下煅烧α-GaOOH相来制备。了解羟基在α-GaOOH、脱羟基和高温下的结构转变中的重要性已成为制备高质量α-Ga2O3晶体的关键方面,但其潜在机制尚不清楚。在本研究中,采用水热法合成了α-GaOOH纳米棒,并通过原位X射线衍射研究了高温下α-Ga00H的结构演变。α-GaOOH中的羟基从[GaO6]八面体的中心挤压Ga3+,导致[GaO6]八面体形变和α-Ga00H中显著的微应变。当温度超过200°C时,羟基从α-GaOOH上脱落,导致沿C轴方向收缩,沿α-Ga00H的a轴方向膨胀。当温度超过300°C时,双链内的Ga-O键优先断裂,生成方形八面体链,相邻链重新组装,形成六边形八面体层。八面体层通过静电相互作用上下堆积,形成α-Ga2O3结构。这项工作突出了羟基在α-GaOOH、脱氢和原子级结构转变中的作用,为制备高质量的α-Ga2O3晶体提供了有价值的指导。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 丁,N。 史,H.L。 Z.Q.张。 M.T.罗。 胡,Z.F。 2024-02-12 doi:10.1107/S1600576724000050 国际晶体学联合会 α-GaOOH中的羟基支持[GaO6]八面体隧道,同时将Ga3+挤压离开[GaO6]八面体心部,形成扭曲的八面体。脱氢刺激双链内的Ga-O键优先断裂,生成重建为α-Ga2O3结构的方波状八面体链。 ZH 结构转换 脱氢 X射线衍射 氧化镓 Ga2O3是一种超宽带隙半导体,由于其在高频、高功率和高温环境中具有广阔的应用前景,受到了广泛关注。它可以通过在高温下煅烧α-GaOOH相来制备。了解羟基在α-GaOOH、脱羟基和高温下的结构转变中的重要性已成为制备高质量α-Ga2O3晶体的关键方面,但其潜在机制尚不清楚。在本研究中,采用水热法合成了α-GaOOH纳米棒,并通过原位X射线衍射研究了高温下α-Ga00H的结构演变。α-GaOOH中的羟基从[GaO6]八面体的中心挤压Ga3+,导致[GaO6]八面体形变和α-Ga00H中显著的微应变。当温度超过200°C时,羟基从α-GaOOH上脱落,导致沿C轴方向收缩,沿α-Ga00H的a轴方向膨胀。当温度超过300°C时,双链内的Ga-O键优先断裂,生成方形八面体链,相邻链重新组装,形成六边形八面体层。八面体层通过静电相互作用上下堆积,形成α-Ga2O3结构。这项工作突出了羟基在α-GaOOH、脱氢和原子级结构转变中的作用,为制备高质量的α-Ga2O3晶体提供了有价值的指导。 文本/html 原位X射线衍射研究α-GaOOH的脱氢和结构转变 文本 2 57 2024-02-12 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 利用实验室2D X射线衍射可视化缎面圆石的纤维织构 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?xx5039 论证了点聚焦X射线束和面积探测器技术在测定天然矿物缎面石单轴对称轴(纤维织构)中的适用性。在本报告中使用的各种衍射技术中,包括粉末衍射、2D极图、φ上的摆动曲线和2D X射线衍射,收集垂直于视纤维轴的倒平面的单一简单对称2D扫描提供了足够的信息,以确定纤维轴的结晶方向。对纤维织物缎面梁在二维扫描中的衍射斑点形成的“翅膀”特征提供了几何解释。宽范围互惠空间映射技术将2D探测器上的“翅膀”衍射点还原为互惠空间层,揭示了纤维织物样品的性质。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 骨灰盒:issn:1600-5767 X·王。 施兰克,C。 琼斯,M。 2024-02-12 doi:10.1107/S1600576724000529 国际晶体学联合会 使用点聚焦光束进行简单的对称2D扫描,以确定纤维织物缎面spar样品的纤维轴。对2D扫描中衍射点形成的“翅膀”特征进行几何解释,有助于通过大范围的互易空间映射,可视化纤维织物样品互易层的性质。 ZH 纤维结构 缎面圆材 宽范围互惠空间映射 WR-RSM公司 二维X射线衍射 石膏 论证了点聚焦X射线束和面积探测器技术在测定天然矿物缎面石单轴对称轴(纤维织构)中的适用性。在本报告中使用的各种衍射技术中,包括粉末衍射、2D极图、φ上的摆动曲线和2D X射线衍射,收集垂直于视纤维轴的倒平面的单一简单对称2D扫描提供了足够的信息,以确定纤维轴的结晶方向。对纤维织物缎面梁在二维扫描中的衍射斑点形成的“翅膀”特征提供了几何解释。宽范围互惠空间映射技术将2D探测器上的“翅膀”衍射点还原为互惠空间层,揭示了纤维织物样品的性质。 文本/html 利用实验室2D X射线衍射可视化缎面圆石的纤维织构 文本 2 57 2024-02-12 版权所有(c)2024国际晶体学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 重温钕镓及其氢化物相的氢化行为 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?nb5371 用高质量的钕镓样品制备了钕氢化物和氘化物相,并用粉末、单晶X射线衍射和中子粉末衍射对其结构进行了表征。具有斜方CrB型结构的NdGa在氢压力≤1直到达到成分NdGaH(D)1.1,保持CrB型结构。在升高的氢压下,额外的氢被吸收,在标准温度和压力条件下恢复的最大成分为NdGaH(D)1.6,具有Cmcm-LaGaH1.66型结构。与CrB型结构相比,该结构是一个三重上部结构。氢原子有序分布在三个完全占据的威科夫位置,对应于母结构中的四面体(4c,8g)和三角-双锥(8g)空洞。三重超结构保持在缺氢相NaGaH(D)x中,直到1.6≥x≥1.2。在较低的H浓度下,与在常压下氢化得到的氢化物的组成相一致,CrB型结构的单元胞恢复。该相位还可以显示H缺乏,NdGaH(D)y(1.1≥y≥0.9),H(D。根据相组成等温线和中子粉末衍射估算出三重超结构(LaGaH1.66型)和单重结构(NdGaH1.1型)之间的相界为x=1.15。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 V.Shtend公司。 J.塞德瓦尔。 埃克·G。 兹洛提亚,C。 Andersson,医学博士。 曼努埃尔,P。 萨尔伯格,M。 Häussermann,美国。 2024-02-16 doi:10.1107/S160057672400054 国际晶体学联合会 对NdGa–H(D)2系统的详细研究导致两个不同相的明确识别。研究发现,NdGaH(D)y(1.1≥y≥0.9)为单重结构,而NdGaHx(1.6≥x≥1.2)为三重超结构。 ZH 金属间化合物 金属氢化物 晶体结构 Zintl相 用高质量的钕镓样品制备了钕氢化物和氘化物相,并用粉末、单晶X射线衍射和中子粉末衍射对其结构进行了表征。具有正交CrB型结构的NdGa在氢压≤1直到达到成分NdGaH(D)1.1,保持CrB型结构。在升高的氢压下,额外的氢被吸收,在标准温度和压力条件下恢复的最大成分为NdGaH(D)1.6,具有Cmcm-LaGaH1.66型结构。相对于CrB型结构,该结构是一种三重上部结构。氢原子有序分布在三个完全占据的威科夫位置,对应于母结构中的四面体(4c,8g)和三角-双锥(8g)空洞。三重超结构保持在缺氢相NaGaH(D)x中,直到1.6≥x≥1.2。在较低的H浓度下,与在常压下氢化得到的氢化物的组成相一致,CrB型结构的单元胞恢复。该相也可显示出H缺乏,NdGaH(D)y(1.1≥y≥0.9),其中H(D)仅位于部分空的四面体空隙中。根据相组成等温线和中子粉末衍射估算出三重超结构(LaGaH1.66型)和单重结构(NdGaH1.1型)之间的相界为x=1.15。 文本/html 重温钕镓及其氢化物相的氢化行为 文本 2 57 2024-02-16 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 2265528 2265531 2265532 2265530 2265529 使用双晶偏转器对X射线在液体表面反射率的散射矢量范围进行三重化 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ge5142 当使用双晶偏转器装置倾斜入射X射线束时,液体表面X射线散射的最大垂直动量传递范围(qz)增加了三倍。这是通过使用高能X射线束获得比通常高三倍的反射晶体原子平面的米勒指数来实现的。计算了由于X射线束轴与双晶偏转器主旋转轴之间的失调而引起的与精确布拉格角条件的偏差,并推导了一种快速而直接的对准方法。测量液体表面qz=7以下沿qz方向散射强度的实验方法Å−1,液态铜作为基准测试的参考系统。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 O.科诺瓦洛夫。 雷因,V。 萨伊迪,M。 I.M.N.格罗特。 G.雷诺。 Jankowski,M。 2024-02-16 doi:10.1107/S1600576724000657 国际晶体学联合会 提出了一种简单的方法来对准用于液体表面X射线衍射测量的双晶偏转器。该方法允许在目前为止无法实现的高qz范围内测量液体表面和界面。 ZH 液体表面 X射线衍射 X射线反射率 软物质 双晶偏转器 同步辐射 当使用双晶偏转器装置倾斜入射X射线束时,液体表面X射线散射的最大垂直动量传递范围(qz)增加了三倍。这是通过使用更高能量的X射线束来访问比通常高三倍的反射晶体原子平面的米勒指数来实现的。计算了由于X射线束轴与双晶偏转器主旋转轴之间的失调而引起的与精确布拉格角条件的偏差,并推导了一种快速而直接的对准方法。测量液体表面qz=7以下沿qz方向散射强度的实验方法Å−1,液态铜作为基准测试的参考系统。 文本/html 使用双晶偏转器对X射线在液体表面反射率的散射矢量范围进行三重化 文本 2 57 2024-02-16 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 卷积神经网络在细胞内晶体自动识别中的应用 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?jo5091 纤维素结晶是自然界中罕见的现象。利用异源过度表达的最新进展可以促进细胞内蛋白质晶体的形成,但需要新的工具来检测和表征复杂细胞环境中的这些靶点。本工作利用基于卷积神经网络(CNN)的实例分割方法Mask R-CNN,利用传统的亮场图像识别活昆虫细胞中生长的单晶体或多晶体。该算法可以快速适应不同目标的识别,目的是提取相关信息以支持半自动筛选管道,以帮助细胞内蛋白质结晶方法的发展。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 A.卡杜斯特。 Schönherr,R。 德伊特,C。 雷德克,L。 K.洛伦岑。 舒尔茨,J。 德迭戈,I。 2024年2月23日 doi:10.1107/S1600576724000682 国际晶体学联合会 开源深度学习算法(Mask R-CNN)用于自动识别活体昆虫细胞培养物中的细胞内晶体。 ZH 屏蔽R-CNN 纤维素结晶 晶体检测 实例分割 纤维素结晶是自然界中罕见的现象。利用异源过度表达的最新进展可以促进细胞内蛋白质晶体的形成,但需要新的工具来检测和表征复杂细胞环境中的这些靶点。本工作利用基于卷积神经网络(CNN)的实例分割方法Mask R-CNN,利用传统的亮场图像识别活昆虫细胞中生长的单晶体或多晶体。该算法可以快速适应不同目标的识别,目的是提取相关信息以支持半自动筛选管道,以帮助细胞内蛋白质结晶方法的发展。 文本/html 卷积神经网络在细胞内晶体自动识别中的应用 文本 2 57 2024年2月23日 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 外延膜中位错半环的X射线衍射 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?nb5366 用蒙特卡罗方法计算了由两条穿线臂从错位段延伸到表面的错位半环的X射线衍射。衍射轮廓和倒数空间图由失配总长度与半环螺纹段的比值控制。研究了随着外延膜厚度的增加,错配位错的衍射特性向穿线位错的衍射特性的连续转变。考虑了刃型和螺旋型穿带臂位错的衍射,并比较了这两种位错的贡献。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 Kaganer,副总裁。 2024年2月23日 doi:10.1107/S160057672400089X 国际晶体学联合会 用蒙特卡罗方法计算了由两条穿线臂从错位段延伸到表面的错位半环的X射线衍射。 ZH 外延薄膜 应变松弛 错配位错 位错 用蒙特卡罗方法计算了由两条穿线臂从错位段延伸到表面的错位半环的X射线衍射。衍射轮廓和倒数空间图由失配总长度与半环螺纹段的比值控制。研究了随着外延膜厚度的增加,失配位错衍射特性向穿带位错衍射特征的连续转变。考虑了刃型和螺旋型穿带臂位错的衍射,并比较了这两种位错的贡献。 文本/html 外延膜中位错半环的X射线衍射 文本 2 57 2024年2月23日 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 从反常衍射改进铀弥散修正 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?vb5069 铀化合物中铀化学状态的演变,主要是氧化物中的铀化学状态,在储存和储存条件下以及事故场景下的核燃料退化方面令人担忧。U–O系统显示了单价二氧化铀(UO2)与不同混合价化合物(例如U4O9、U3O7和U3O8)之间复杂的相关系。为了尝试解析与独特原子位置相关的电子结构,可以考虑衍射和光谱技术的组合应用,例如衍射异常精细结构(DAFS)。本文报告了两种新开发的程序在DAFS数据集评估中的应用,目的是改进铀X射线色散校正。使用同步辐射在U L3边缘附近(17.17)获得了UO2(含四价铀)和铀酸钾(含五价铀)多晶粉末样品的高分辨率异常衍射数据千伏)。这两个例程都基于色散校正的迭代细化,但它们在使用反射选择的强度或进行全模式(Rietveld方法)细化方面有所不同。用这两种方法得到的铀弥散修正值彼此非常一致,它们详细地显示了四价铀和五价铀的化学位移和精细结构的差异。这种方法可能为评估其他更复杂的材料(如混合价化合物)开辟了新的可能性。此外,DAFS方法可以提供重要的资源优化,因为每个数据集都包含结构(衍射)和化学(光谱)信息,这可以避免在同步辐射源使用多个实验站的要求。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 G·伦德斯。 格伦达尔,O.G。 艺术,I。 R·贝斯。 普罗热耶夫,I。 南奥拉特。 惠誉,A。 Kvashnina,K。 M.韦尔夫特。 2024年2月23日 doi:10.1107/S1600576723010889 国际晶体学联合会 报道了利用某些反射强度或全模式Rietveld精化从异常粉末衍射数据中精化铀色散校正的两种新方法。这些方法促进了衍射反常精细结构在铀化合物中的应用,为评估混合价化合物等复杂材料开辟了新的可能性。 ZH 反常衍射 衍射异常精细结构 X射线色散校正 结构精修 铀化合物中铀化学状态的演变,主要是氧化物中的铀化学状态,在储存和储存条件下以及事故场景下的核燃料退化方面令人担忧。U–O系统显示了单价二氧化铀(UO2)与不同混合价化合物(例如U4O9、U3O7和U3O8)之间复杂的相关系。为了尝试解析与独特原子位置相关的电子结构,可以考虑衍射和光谱技术的联合应用,例如衍射异常精细结构(DAFS)。本文报告了两种新开发的程序在DAFS数据集评估中的应用,目的是改进铀X射线色散校正。使用同步辐射在U L3边缘附近(17.17)获得了UO2(含四价铀)和铀酸钾(含五价铀)多晶粉末样品的高分辨率异常衍射数据千伏)。这两个例程都基于色散校正的迭代细化,但它们在使用反射选择的强度或进行全模式(Rietveld方法)细化方面有所不同。用这两种方法得到的铀弥散修正值彼此非常一致,它们详细地显示了四价铀和五价铀的化学位移和精细结构的差异。这种方法可能为评估其他更复杂的材料(如混合价化合物)开辟了新的可能性。此外,DAFS方法可以提供重要的资源优化,因为每个数据集都包含结构(衍射)和化学(光谱)信息,这可以避免在同步辐射源使用多个实验站的要求。 文本/html 异常衍射铀色散校正的精细化 文本 2 57 2024年2月23日 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 弯曲晶体中的动态和运动X射线衍射 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?te5125 基于两种积分Takagi–Taupin方程的方法和二维递推关系,对弯曲晶体中的X射线运动学和动力学衍射进行了数值模拟。在运动衍射的框架内,得到了描述弯曲晶体内衍射强度分布的新方程。与使用动态衍射理论的算法相比,基于该方程的数值计算所花费的时间显著减少。模拟首次表明,对于强弯曲晶体,衍射强度的最大值是在变形结构内部形成的,而不是在其表面。在晶体结构发生强烈弯曲的情况下,X射线束偏离布拉格角不会改变衍射图样,而是沿横向移动衍射图样。基于动力学和运动学衍射方程的强弯曲晶体衍射计算结果一致,而弱弯曲晶体的计算结果不同。显示了估算弯曲晶体的初级消光长度作为弯曲半径函数的可能性。对于弯曲晶体微系统中的运动衍射,发展了一种计算X射线互易空间映射的新方法。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 D.M.马尔科夫。 普内戈夫,V。 2024年2月23日 doi:10.1107/S1600576724001109 国际晶体学联合会 基于动力学和运动学理论,模拟了强弯曲和弱弯曲晶体中的X射线衍射。首次显示了弯曲晶体内衍射强度的分布与弯曲半径的函数关系。 ZH X射线衍射 动力学理论 运动学近似 弯曲晶体 计算方法 衍射模拟 基于两种积分Takagi–Taupin方程的方法和二维递推关系,对弯曲晶体中的X射线运动学和动力学衍射进行了数值模拟。在运动衍射的框架内,得到了描述弯曲晶体内衍射强度分布的新方程。与使用动态衍射理论的算法相比,基于该方程进行数值计算所需的时间大大减少。模拟首次表明,对于强弯曲晶体,衍射强度的最大值是在变形结构内部形成的,而不是在其表面。在晶体结构发生强烈弯曲的情况下,X射线束偏离布拉格角不会改变衍射图样,而是沿横向移动衍射图样。基于动力学和运动学衍射方程的强弯曲晶体衍射计算结果一致,而弱弯曲晶体的计算结果不同。显示了估算弯曲晶体的初级消光长度作为弯曲半径函数的可能性。对于弯曲晶体微系统中的运动衍射,发展了一种计算X射线互易空间映射的新方法。 文本/html 弯曲晶体中的动态和运动X射线衍射 文本 2 57 2024年2月23日 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 研究超临界水中水热反应的高温高压小角度中子散射池 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ge5145 研制了一种带金属窗的高温高压小角中子散射池。考虑到机械强度和中子特性,评估了钛合金(Ti–6Al–4V)作为候选窗材料的可行性。SANS实验应使用安全可靠的材料进行,而不会因窗户破损而导致窗户损坏或活化样品泄漏。超临界重水的SANS剖面显示,在临界密度附近的温度和压力下,散射强度最大。此外,还介绍了该电池用于观察塑料在超临界水中的分解情况。该电池有助于分析亚临界和超临界条件下的反应机制,从而提供详细信息,帮助高效分解和再循环,为可持续社会做出贡献。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 J·阿贝。 Arima-Osonoi,H。 我是H。 高田,S。 Ohuchi,K- 南卡赛。 T·宫崎骏。 森田,T。 M.Shibayama。 2024年2月23日 doi:10.1107/S1600576724000700 国际晶体学联合会 研制了一种用于小角中子散射(SANS)实验的具有金属窗的坚固高温高压电池。该电池能够在亚临界和超临界水环境中对材料进行原位SANS实验。 ZH 超临界水 高温 高压 样品电池 小角度中子散射 研制了一种带金属窗的高温高压小角中子散射池。考虑到机械强度和中子特性,评估了钛合金(Ti–6Al–4V)作为候选窗材料的可行性。SANS实验应使用安全可靠的材料进行,不会因窗户破损而导致窗户损坏或活性样品泄漏。在临界密度附近的温度和压力下,超临界重水的SANS剖面显示出最大散射强度。此外,还介绍了该电池用于观察塑料在超临界水中的分解情况。该电池有助于分析亚临界和超临界条件下的反应机制,从而提供详细信息,帮助高效分解和再循环,为可持续社会做出贡献。 文本/html 研究超临界水中水热反应的高温高压小角度中子散射池 文本 2 57 2024年2月23日 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 毫秒X射线反射仪和神经网络分析:揭示旋转涂布的快速过程 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?jo5099 X射线反射仪(XRR)是探测纳米薄膜和层状结构结构特征的有力工具,是纳米技术的一个重要领域,常用于半导体和光学制造。本研究介绍了一种进行定量高分辨率毫秒单色XRR测量的新方法。这比之前发表的工作快了一个数量级。Quick XRR(qXRR)能够实时和原位监测纳米级过程,例如旋涂过程中的薄膜形成。记录的qXRR采集时间为1.4在硅样品上演示了静态金薄膜的ms。作为这种新方法的第二个示例,在硅片上PMMA旋涂期间进行了动态原位测量,并演示了使用机器学习快速拟合XRR曲线。本研究主要关注薄膜结构和表面形貌的演变,首次用qXRR解决了通过质量传输的初始薄膜变薄问题,也为通过溶剂蒸发的后续薄膜变薄提供了依据。这种创新的毫秒qXRR技术对于薄膜沉积的原位研究具有重要意义。它解决了遵循固有快速工艺的挑战,例如高沉积速率的薄膜生长或旋涂。除了薄膜生长过程之外,毫秒XRR对解决快速结构变化(如光致伸缩或扩散过程)具有重要意义。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 Schumi Mareček博士。 伯特伦·F·。 米库利克,P。 D.瓦什尼。 J·诺瓦克。 科瓦里克,S。 2024-03-15 doi:10.1107/S1600576724001171 国际晶体学联合会 这项工作展示了毫秒时间分辨率的高分辨率X射线反射仪测量,作为快速原位测量的定量方法。 ZH X射线反射计 旋涂 神经网络分析 X射线反射计 毫秒XRR X射线反射仪(XRR)是探测纳米薄膜和层状结构结构特征的有力工具,是纳米技术的一个重要领域,常用于半导体和光学制造。本研究介绍了一种进行定量高分辨率毫秒单色XRR测量的新方法。这比之前发表的工作快了一个数量级。Quick XRR(qXRR)能够实时和原位监测纳米级过程,例如旋涂过程中的薄膜形成。记录的qXRR采集时间为1.4对硅样品上的静态金薄膜进行了ms演示。作为这种新方法的第二个示例,在硅片上PMMA旋涂期间进行了动态原位测量,并演示了使用机器学习快速拟合XRR曲线。本研究主要关注薄膜结构和表面形貌的演变,首次用qXRR解决了通过质量传输的初始薄膜变薄问题,也为通过溶剂蒸发的后续薄膜变薄提供了依据。这种创新的毫秒qXRR技术对于薄膜沉积的原位研究具有重要意义。它解决了遵循固有快速工艺的挑战,例如高沉积速率的薄膜生长或旋涂。除了薄膜生长过程之外,毫秒XRR还可用于解决快速结构变化,如光致伸缩或扩散过程。 文本/html 毫秒X射线反射仪和神经网络分析:揭示旋转涂布的快速过程 文本 2 57 2024-03-15 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 通过波动X射线散射中旋转不变量的迭代相位确定单粒子结构的工作流程 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?yr5118 波动X射线散射(FXS)通过从散射X射线自由电子激光(XFEL)脉冲的相关性中提取结构信息,为纳米和生物颗粒成像提供了一种补充方法。这里介绍了使用FXS测定单粒子结构的工作流程。该工作流程包括从FXS模式中提取旋转不变量、通过不变量的迭代相位调整执行结构重建以及对齐和平均多个重建的过程。重建管道在开源软件xFrame中实现,其功能在几个模拟结构上进行了演示。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 T.B.小檗。 莫洛德佐夫,S.L。 R.P.库塔。 2024-03-15 doi:10.1107/S1600576724000992 国际晶体学联合会 在开源软件xFrame中实现了一个单粒子结构确定管道,其中包括从X射线散射模式确定旋转不变量的方法,以及通过旋转不变量迭代相位来执行结构重建的方法。 ZH 波动X射线散射 单粒子成像 迭代定相 X射线自由电子激光器 波动X射线散射(FXS)通过从散射的XFEL脉冲中的相关性中提取结构信息,为使用X射线自由电子激光器(XFEL)进行纳米和生物颗粒成像提供了一种互补的方法。这里介绍了使用FXS测定单粒子结构的工作流程。该工作流程包括从FXS模式中提取旋转不变量、通过不变量的迭代相位调整执行结构重建以及对齐和平均多个重建的过程。重建管道在开源软件xFrame中实现,其功能在几个模拟结构上进行了演示。 文本/html 通过波动X射线散射中旋转不变量的迭代相位确定单粒子结构的工作流程 文本 2 57 2024-03-15 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 薄WSe2层轨道物理的偏振X射线衍射反常近边结构研究 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?te5118 带边电子结构对单层和多层WSe2的物理性质起着重要作用。在本研究中,利用偏振相关衍射反常近边结构(DANES)测量和分析了低层WSe2的电子轨道。通过选择电场垂直或平行于小层WSe2 c轴的衍射几何体,该方法可以分别探测带边所涉及的平面内和平面外轨道分量。对准WSe2(00.8)表面法线,并确定在Al2O3(00.1)衬底上生长的少层WSe2的优选取向。然后对Se K边WSe2 00.8和11.0反射进行DANES,以检查与Se 4p轨道杂交的W5d轨道:这两个DANES光谱在少层WSe2中表现出相当各向异性的价轨道特征。结合第一原理计算,这些结果可以识别WSe2中的平面内和平面外轨道分布和杂化。在导带边缘,px和py轨道的贡献占主导地位,并证实了p轨道能级的分裂。因此,DANES被证明是一种有用的同步加速器X射线技术,可以帮助识别各种2D过渡金属二硫族化合物的价轨道结构。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 陈,S.-L。 吴,T.-S。 黄,H.-L。 陈,S.-F。 苏,Y.-L。 Jeng,H.-T.公司。 洪,H.-H。 2024-03-15 doi:10.1107/S1600576724001018 国际晶体学联合会 这项工作证明了偏振相关衍射反常近边结构区分和分析带边周围小层WSe2的价轨道结构的能力。 ZH 衍射反常近边结构 极化DANES 价轨道结构 二维过渡金属二糖原 二维TMDC 带边电子结构对单层和多层WSe2的物理性质起着重要作用。在本研究中,偏振相关衍射反常近边结构(DANES)被应用于测量和分析少层WSe2的电子轨道。通过选择电场垂直或平行于小层WSe2 c轴的衍射几何体,该方法可以分别探测带边所涉及的平面内和平面外轨道分量。对齐WSe2(00.8)表面法线,并确定在Al2O3(00.1)衬底上生长的少层WSe2的优先取向。然后对Se K边WSe2 00.8和11.0反射进行DANES,以检查与Se 4p轨道杂交的W5d轨道:这两个DANES光谱在少层WSe2中表现出相当各向异性的价轨道特征。结合第一原理计算,这些结果可以识别WSe2中的平面内和平面外轨道分布和杂化。在导带边缘,px和py轨道的贡献占主导地位,并证实了p轨道能级的分裂。因此,DANES被证明是一种有用的同步辐射X射线技术,可以帮助识别各种2D过渡金属二元醇的价轨道结构。 文本/html 薄WSe2层轨道物理的偏振X射线衍射反常近边结构研究 文本 2 57 2024-03-15 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 样品形貌对近区轴会聚束电子衍射图样影响的观察 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ui5006 本工作观察到近区轴会聚束电子衍射(CBED)图案强度分布中的对称破缺,这种破缺只能用样品的对称性来解释,而不能用描述材料原子结构的单元单元的对称性解释。该试样是一种铝-铜-锡合金,在铝基体的连续单晶中含有数十纳米大小的孔隙。研究了入射光束在不垂直于这些孔隙面的情况下进入和退出平行孔隙面的几种CBED模式。它们强度分布中的对称性仅通过基于多层理论的几何论证,由样品形态来解释。这项工作表明,有可能从CBED图案的检测中推断出电子束方向(透射电子显微镜中难以捉摸的第三维度)样品的纳米级形态信息。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 X·谭。 布尔乔亚。 P.N.H.中岛。 2024-03-21 doi:10.1107/S1600576724001614 国际晶体学联合会 会聚束电子衍射(CBED)图案强度分布的对称性不仅取决于单胞的原子结构,还取决于衍射样品的整体形貌。基于结构倾斜投影和多层散射理论的简单解释可以被证明在提取嵌入在CBED图案对称性的存在或不存在中的形态信息方面是有用的,用于广泛的应用,从4D扫描透射电子显微镜到纳米结构材料中的键合电子密度研究。 ZH 会聚束电子衍射 纳米结构材料 多层理论 电子晶体学 试样对称性 本工作观察到近区轴会聚束电子衍射(CBED)图案强度分布中的对称破缺,这种破缺只能用样品的对称性来解释,而不能用描述材料原子结构的单元单元的对称性解释。该试样是一种铝-铜-锡合金,在铝基体的连续单晶中含有数十纳米大小的孔隙。研究了入射光束在不垂直于这些孔隙面的情况下进入和退出平行孔隙面的几种CBED模式。它们强度分布中的对称性仅通过基于多层理论的几何论证,由样品形态来解释。这项工作表明,有可能从CBED图案的检测中推断出电子束方向(透射电子显微镜中难以捉摸的第三维度)样品的纳米级形态信息。 文本/html 样品形貌对近区轴会聚束电子衍射图样影响的观察 文本 2 57 2024-03-21 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 暗场X射线显微术中位错对比度的模拟 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?nb5370 暗场X射线显微镜(DFXM)是一种全场成像技术,可以无损地在三维空间绘制深埋晶体元素内部的结构和局部应变。在DFXM中,沿衍射光束放置物镜,以生成局部衍射体的放大投影图像。这项工作探索了对比方法,并针对映射位错的情况优化了DFXM设置。探测器图像的前向投影是使用两个互补的模拟工具分别基于几何光学和波前传播生成的。研究了弱光束对比度和强光束对比度以及应变分量的映射。通过相邻位错之间的距离和空间分辨率的函数,阐明了观察壁中位错的可行性。位错研究应在10−2的能带宽度下可行,与第四代同步加速器和X射线自由电子激光源相关。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 博尔吉,S。 罗德,T.M。 Carlsen,文学硕士。 Detlefs,C。 温特·G·。 H.F.鲍尔森。 2024-03-21 doi:10.1107/S1600576724001183 国际晶体学联合会 探测器图像的正向投影分别使用基于几何光学和波前传播的两种互补模拟工具生成。根据不同的仪器设置、扫描模式、畴壁中的位错密度和空间分辨率,阐明了观察畴壁位错的可行性。 ZH 衍射微结构成像 X射线成像 暗场X射线显微镜 几何光学 波前传播 暗场X射线显微镜(DFXM)是一种全场成像技术,可以无损地在三维空间绘制深埋晶体元素内部的结构和局部应变。在DFXM中,沿衍射光束放置物镜,以生成局部衍射体的放大投影图像。这项工作探索了对比方法,并针对映射位错的情况优化了DFXM设置。探测器图像的前向投影是使用两个互补的模拟工具分别基于几何光学和波前传播生成的。研究了弱光束对比度和强光束对比度以及应变分量的映射。通过相邻位错之间的距离和空间分辨率的函数,阐明了观察壁中位错的可行性。位错研究应在10−2的能带宽度下可行,与第四代同步加速器和X射线自由电子激光源相关。 文本/html 暗场X射线显微术中位错对比度的模拟 文本 2 57 2024-03-21 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 从介孔固体到水凝胶的海藻酸气凝胶润湿:小角度散射分析 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?jl5081 介孔多糖气凝胶是一种用于药物输送和伤口敷料装置的多功能材料。这些气凝胶的水合和润湿控制其应用相关性能,例如胶囊药物的释放。本文根据散射的数学模型,对海藻酸钙气凝胶的水合机理进行了详细的小角中子散射(SANS)分析。该模型解释了由介孔结构、,其固体骨架由水棉聚合物构成。在大范围内,介孔结构被建模为细长圆柱体的随机集合,这些圆柱体在吸水和聚集时尺寸会增大。骨架的小尺寸内部结构被描述为聚合物线圈的布尔模型,它捕获了从致密干聚合物到完全水合凝胶的渐进过渡。利用海藻酸钠的已知物理化学特性,将圆柱体的尺寸作为唯一可调参数来拟合SANS数据。海藻酸钠气凝胶保持着一种纳米级的结构,尽管这种结构因含水量低而有所改变,但当含水量接近每克海藻酸钠一克水时,它会坍塌成微米级的结构。除了气凝胶的润湿作用外,该模型还可用于凝胶超临界干燥的小角度散射分析。 版权所有(c)2024国际晶体学联合会 瓮号:1600-5767 Z.巴洛赫。 J.Kalmár。 C.J.戈梅斯。 2024-03-21 doi:10.1107/S1600576724001705 国际晶体学联合会 提出了一个数学模型来分析日益潮湿的海藻酸气凝胶从介孔固体逐渐转变为水凝胶时的小角度中子散射。 ZH 小角度散射 气凝胶 凝胶 散射数据分析 布尔模型 介孔多糖气凝胶是一种用于药物输送和伤口敷料装置的多功能材料。这些气凝胶的水合和润湿控制其应用相关性能,例如胶囊药物的释放。本文根据散射的数学模型,对海藻酸钙气凝胶的水合机理进行了详细的小角中子散射(SANS)分析。该模型解释了由介孔结构、,其固体骨架由水棉聚合物构成。在大范围内,介孔结构被建模为细长圆柱体的随机集合,这些圆柱体在吸水和聚集时尺寸会增大。骨架的小尺寸内部结构被描述为聚合物线圈的布尔模型,它捕获了从致密干聚合物到完全水合凝胶的渐进过渡。利用海藻酸钠的已知物理化学特性,将圆柱体的尺寸作为唯一可调参数来拟合SANS数据。海藻酸钠气凝胶保持着一种纳米级的结构,尽管这种结构因含水量低而有所改变,但当含水量接近每克海藻酸钠一克水时,它会坍塌成微米级的结构。除了气凝胶的润湿作用外,该模型还可用于凝胶超临界干燥的小角度散射分析。 文本/html 藻酸盐气凝胶从介孔固体到水凝胶的润湿:小角度散射分析 文本 2 57 2024-03-21 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 中国散裂中子源多光束甚小角中子散射仪 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ei5106 多狭缝甚小角度中子散射(MS-VSANS)仪器已在中国散裂中子源(CSNS)最终验收。这是第一台基于散裂中子源的VSANS仪器。MS-VSANS具有良好的信噪比,可以覆盖从0.00028到1.4的广泛散射矢量幅度范围奥−1.在其主飞行轨迹中,安装了一个组合式弯曲多通道光束弯曲机和一段旋转交换滚筒,以最小化仪器下游的背景。一个可交换的多光束聚焦系统集成在主飞行路径中,能够获得0.00028的最小散射矢量幅度A−1.MS-VSANS有三种模式,即传统SANS、极化SANS和VSANS模式。在SANS模式下,探测器箱内的三个机动高效3He管探测器同时覆盖0.12至35°的散射角。在极化SANS模式下,双V腔提供高极化中子,高效3He极化分析仪允许进行全极化分析。在VSANS模式下,创新的高分辨率气体电子倍增探测器覆盖0.016至0.447°的散射角。使用直接光束技术获得了选定标准样品的绝对散射强度;通过对标准样品的测试,并与基准仪器的结果进行比较,验证了该方法的有效性。MS-VSANS仪器的设计具有灵活性和多功能性,已实现所有设计目标。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 左,T。 韩,Z。 马,C。 萧,S。 X·林。 李,Y。 Wang,F。 他、Y。 何,Z。 张,J。 王,G。 Cheng,H。 2024-03-21 doi:10.1107/S1600576724000815 国际晶体学联合会 第一台基于散裂中子源的甚小角中子散射仪已在中国散裂中子来源建成并验收。该仪器可应用于软物质、凝聚态物理、材料科学等多学科领域。 ZH 多光束甚小角中子散射仪 MS-VSAN 中子聚焦 散裂中子源 绝对强度 极化中子 中国散裂中子源(CSNS)最终接受了一台多光束甚小角中子散射(MS-VSANS)仪器。这是第一台基于散裂中子源的VSANS仪器。MS-VSANS具有良好的信噪比,可以覆盖从0.00028到1.4的广泛散射矢量幅度范围奥−1.在其主飞行轨迹中,安装了一个组合式弯曲多通道光束弯曲机和一段旋转交换滚筒,以最小化仪器下游的背景。一个可交换的多光束聚焦系统集成在主飞行路径中,能够获得0.00028的最小散射矢量幅度A−1.MS-VSANS有三种模式,即传统SANS、极化SANS和VSANS模式。在SANS模式下,探测器箱内的三个机动高效3He管探测器同时覆盖0.12至35°的散射角。在极化SANS模式下,双V腔提供高极化中子,高效3He极化分析仪允许进行全极化分析。在VSANS模式下,一种创新的高分辨率气体电子倍增器探测器覆盖了0.016°至0.447°的散射角。使用直接光束技术获得了选定标准样品的绝对散射强度;通过对标准样品的测试,并与基准仪器的结果进行比较,验证了该方法的有效性。MS-VSANS仪器的设计具有灵活性和多功能性,已实现所有设计目标。 文本/html 中国散裂中子源多光束甚小角中子散射仪 文本 2 57 2024-03-21 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 DLSIA:科学图像分析的深度学习 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?yr5117 DLSIA(科学图像分析的深度学习)是一个基于Python的机器学习库,通过一系列可定制的卷积神经网络(CNN)体系结构,使不同科学领域的科学家和研究人员能够完成图像分析中的各种任务,并用于下游数据处理。DLSIA具有易于使用的体系结构,例如自动编码器、可调U-Nets和参数级混合规模密集网络(MSDNets)。此外,本文还介绍了稀疏混合尺度网络(SMSNets),它是由连接不同长度尺度的随机图、稀疏连接和扩展卷积生成的。为了进行验证,在多个应用中使用了几个DLSIA实例化网络和训练脚本,包括使用U-Nets和MSDNets修复X射线散射数据,使用SMSNets集合在混凝土X射线层析重建中分割3D纤维,并利用自动编码器的潜在空间进行数据压缩和聚类。随着实验数据的规模和复杂性不断增长,DLSIA提供了可访问的CNN构建并抽象了CNN复杂性,使科学家能够定制他们的机器学习方法,加速发现,促进跨学科合作,推进科学图像分析研究。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 E.J.罗伯茨。 查韦斯,T。 A.Hexemer。 P.H.兹瓦特。 2024-03-21 doi:10.1107/S1600576724001390 国际晶体学联合会 本文介绍了DLSIA(科学图像分析的深度学习),这是一个用户友好的Python库,它为科学家和研究人员提供了许多具有可定制架构的卷积神经网络,用于各种图像分析任务,面对日益复杂的实验数据,加速发现并加强跨学科协作。 ZH 深度学习 卷积神经网络 X射线散射 层析成像 数据压缩 DLSIA(科学图像分析的深度学习)是一个基于Python的机器学习库,通过一系列可定制的卷积神经网络(CNN)体系结构,使不同科学领域的科学家和研究人员能够完成图像分析中的各种任务,并用于下游数据处理。DLSIA具有易于使用的体系结构,例如自动编码器、可调U-Nets和参数级混合规模密集网络(MSDNets)。此外,本文还介绍了稀疏混合尺度网络(SMSNets),它是由连接不同长度尺度的随机图、稀疏连接和扩展卷积生成的。为了进行验证,在多个应用中使用了几个DLSIA实例化网络和训练脚本,包括使用U-Nets和MSDNets修复X射线散射数据,使用SMSNets集合在混凝土X射线层析重建中分割3D纤维,并利用自动编码器的潜在空间进行数据压缩和聚类。随着实验数据的规模和复杂性不断增长,DLSIA提供了可访问的CNN构建并抽象了CNN复杂性,使科学家能够定制他们的机器学习方法,加速发现,促进跨学科合作,推进科学图像分析研究。 文本/html DLSIA:科学图像分析的深度学习 文本 2 57 2024-03-21 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 光栅干涉仪中子暗场数据的模拟 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ge5148 在包括增材制造、替代能源、生物学和聚合物科学在内的许多自然和工程系统中都发现了分级结构和异质材料。尽管结构-功能关系对于开发更先进的材料很重要,但在长尺度上进行结构表征通常需要多种互补测量。中子远场干涉测量旨在通过暗场成像将最佳中子成像与小角度中子散射(SANS)相结合,实现多尺度表征。微观结构,名义上从1纳米至10µm,是每个体积元素~(50)的平均值µm)3,导致“层析SANS”测量。和小角度散射不同,很少有分析模型来拟合暗场成像数据以提取微观结构的特性。幸运的是,暗场和SANS是通过一个Hankel变换关联起来的。在这项工作中,我们讨论了基于Python的库correlogram tools的开发,该库利用现有的小角度散射模型和Hankel变换的数值实现来模拟暗场干涉数据。我们演示了如何使用该软件向研究人员提供干涉测量实验的可行样本集,分析干涉测量数据,模拟原始和重建干涉测量图像,以训练更高级的分割模型和分析协议。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 C.M.沃尔夫。 Kim,Y。 基恩泽尔,P。 萨特,P.S。 M.C.多尔蒂。 巴杰西,P。 Hussey,博士。 K.M.威甘特。 2024-03-27 doi:10.1107/S1600576724001201 国际晶体学联合会 基于Python的库相关图工具利用现有的小角度散射模型和Hankel变换的数值实现来模拟暗场干涉数据。该软件可用于告知研究人员干涉测量实验的可行样本集,分析干涉测量数据,模拟原始和重建干涉测量图像,以训练更高级的分割模型和分析协议。 ZH 中子暗场成像 小角中子散射 中子干涉测量 仿真软件 在许多自然和工程系统中,包括添加剂制造、替代能源、生物和聚合物科学,都存在层次结构和异质材料。尽管结构-功能关系对于开发更先进的材料很重要,但在长尺度上进行结构表征通常需要多种互补测量。中子远场干涉测量旨在通过暗场成像将最佳中子成像与小角度中子散射(SANS)相结合,实现多尺度表征。微观结构,名义上从1纳米至10µm,是每个体积元素~(50)的平均值µm)3,导致“层析SANS”测量。和小角度散射不同,很少有分析模型来拟合暗场成像数据以提取微观结构的特性。幸运的是,暗场和SANS是通过一个Hankel变换关联起来的。在这项工作中,我们讨论了基于Python的库correlagram工具的开发,该库利用现有的小角度散射模型和Hankel变换的数值实现来模拟暗场干涉测量数据。我们演示了如何使用该软件向研究人员提供干涉测量实验的可行样本集,分析干涉测量数据,模拟原始和重建干涉测量图像,以训练更高级的分割模型和分析协议。 文本/html 光栅干涉仪中子暗场数据的模拟 文本 2 57 2024-03-27 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 基于机器学习的串行晶体学数据约简的鲁棒图像描述符 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?te5128 在同步加速器和X射线自由电子激光(XFEL)源上进行的连续晶体学实验正在产生体积不断增加的晶体学数据集。虽然这些实验有大型数据集和高帧速检测器(每秒约3520帧),但只有一小部分数据对下游分析有用。因此,有效和实时的数据分类管道对于可靠区分有用图像和非有用图像(通常分别称为“命中”和“未命中”)至关重要,并且只将命中图像保存在磁盘上以供进一步分析,例如峰值查找和索引。虽然特征点提取是现代图像分类方法的一个关键组成部分,但现有方法需要昂贵的补丁预处理来处理透视畸变。本文提出了一种数据分类流水线,由一种称为改进并行FAST(MP-FAST)的实时特征提取算法、图像描述符和机器学习分类器组成。为了并行化拟议管道的主要操作,实现了中央处理单元、图形处理单元和现场可编程门阵列,并对它们的性能进行了比较。最后,使用多层感知器对各种数据集(包括合成数据和实验数据)评估基于MP-FAST的图像分类。与其他特征提取器和分类器相比,该方法表现出了优越的性能。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 拉赫玛尼,V。 纳瓦兹,S。 彭尼卡,D。 H·格拉夫斯马。 2024-03-26 doi:10.1107/S160057672400147X 国际晶体学联合会 本文提出了一种对连续晶体学数据进行分类的流水线,由实时特征提取算法、图像描述符和机器学习分类器组成。与其他特征提取器和分类器相比,该方法表现出了优越的性能。 ZH 连续晶体学 数据缩减 机器学习 特征提取 在同步加速器和X射线自由电子激光(XFEL)源上进行的连续晶体学实验正在产生体积不断增加的晶体学数据集。虽然这些实验有大型数据集和高帧速检测器(每秒约3520帧),但只有一小部分数据对下游分析有用。因此,有效和实时的数据分类管道对于可靠区分有用图像和非有用图像(通常分别称为“命中”和“未命中”)至关重要,并且只将命中图像保存在磁盘上以供进一步分析,例如峰值查找和索引。虽然特征点提取是现代图像分类方法的一个关键组成部分,但现有方法需要昂贵的补丁预处理来处理透视畸变。本文提出了一种数据分类流水线,由一种称为改进并行FAST(MP-FAST)的实时特征提取算法、图像描述符和机器学习分类器组成。为了并行化拟议管道的主要操作,实现了中央处理单元、图形处理单元和现场可编程门阵列,并对它们的性能进行了比较。最后,使用多层感知器对各种数据集(包括合成数据和实验数据)评估基于MP-FAST的图像分类。与其他特征提取器和分类器相比,该方法表现出了优越的性能。 文本/html 基于机器学习的串行晶体学数据约简的鲁棒图像描述符 文本 2 57 2024-03-26 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 用电子衍射图谱技术研究中国褐釉陶瓷中Fe2O3、赤铁矿和尖晶石的外延 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?in5091 自从在中国陶瓷釉料中广泛发现主要含有稀有的ɛ-Fe2O3多晶型的复杂树枝状结构以来,黑棕色中国陶瓷引起了材料科学家的兴趣。本研究建议使用两种电子衍射作图技术来解决这一问题,即透射菊池衍射和自动晶体取向作图-旋进电子衍射,尽管它们与在感兴趣的尺度上研究这些结构相关,但尚未得到充分利用。它首先证明了应用这些技术在纳米尺度上表征结构的效率,并讨论了可能遇到的一些限制,特别是由于遗产样品的特异性。然后重点介绍通过这些技术获得的晶体取向,这些取向突出了ɛ-Fe2O3相的晶面(001)、赤铁矿的晶面的(0001)和尖晶石的晶面之间的外延关系。最后,通过提出两种可能的机制,讨论了这种复杂多相结构的生长,一种是基于ɛ-Fe2O3转变为赤铁矿和尖晶石,另一种是根据已经结晶的\603»-Fe_2O_3枝晶上赤铁矿和尖晶石的生长。它还将两个现代样品的树突结构与一个古代剑器样品中发现的树突进行了比较。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 霍尔,C。 布鲁内特,M。 Joulié,S。 任,Z。 王,T。 G.沃利兹。 西奥,P。 2024-03-26 doi:10.1107/S1600576724001493 国际晶体学联合会 通过对古代和再造的中国棕色釉面陶瓷的研究,证明了利用透射率菊池衍射(TKD)研究历史材料的可能性。这项工作强调了理解釉中发现的复杂晶体结构的重要性,以记录生长机制,并解决了使用TKD和自动晶体取向映射(进动电子衍射)研究此类样品的特殊性。 ZH ɛ-Fe2O3 赤铁矿 尖晶石 外延 TKD公司 透射菊池衍射 ACOM-PED公司 自动晶体定向绘图&进动电子衍射 棕色釉料 自从在中国陶瓷釉料中广泛发现主要含有稀有的ɛ-Fe2O3多晶型的复杂树枝状结构以来,黑棕色中国陶瓷引起了材料科学家的兴趣。本研究建议使用两种电子衍射作图技术来解决这一问题,即透射菊池衍射和自动晶体取向作图-旋进电子衍射,尽管它们与在感兴趣的尺度上研究这些结构相关,但尚未得到充分利用。它首先证明了应用这些技术在纳米尺度上表征结构的效率,并讨论了可能遇到的一些限制,特别是由于遗产样品的特殊性。然后重点介绍通过这些技术获得的晶体取向,这些取向突出了ɛ-Fe2O3相的晶面(001)、赤铁矿的晶面的(0001)和尖晶石的晶面之间的外延关系。最后,通过提出两种可能的机制,讨论了这种复杂多相结构的生长,一种是基于ɛ-Fe2O3转变为赤铁矿和尖晶石,另一种是根据已经结晶的\603»-Fe_2O_3枝晶上赤铁矿和尖晶石的生长。它还将两个现代样品的树突结构与一个古代剑器样品中发现的树突进行了比较。 文本/html 用电子衍射作图技术研究中国棕色釉面陶瓷中ɛ-Fe2O3、赤铁矿和尖晶石之间的外延 文本 2 57 2024-03-26 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 研究论文 0 0 关于Hendrickson–Lattman相位概率分布及其与广义von Mises分布的等价性的注记 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?jo5097 Hendrickson&Lattman[Acta Cryst.(1970),B26,136–143]介绍了一种表示单位圆上定义的晶体学相位概率的方法。他们的方法可以对实验相位确定程序产生的双峰相位概率分布进行建模。它还提供了简单高效的方法来组合独立的相位信息源。本文讨论了统计文献中研究过的Hendrickson–Lattman分布和二阶广义von Mises分布的等价性。认识到这种联系,亨德里克森-拉特曼分布可以用另一种更容易解释的形式表示,因为它涉及到成分von Mises分布的位置和浓度参数。它还允许澄清双峰的条件,并使用一种简化的分析方法来评估分布的三角矩,其中第一种方法是在存在相位而不是振幅不确定性的情况下计算最佳傅立叶合成所必需的。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 M.J.巴内特。 R.L.金斯顿。 2024-02-16 doi:10.1107/S1600576724000311 国际晶体学联合会 亨德里克森-拉特曼相位概率分布和二阶广义冯·米塞斯分布之间的等价性用公式和数字证明。 ZH 晶体相测定 概率密度函数 循环统计学 计算结晶学 Hendrickson&Lattman[Acta Cryst.(1970),B26,136–143]介绍了一种表示单位圆上定义的晶体学相位概率的方法。他们的方法可以对实验相位确定程序产生的双峰相位概率分布进行建模。它还提供了简单高效的方法来组合独立的相位信息源。本文讨论了统计文献中研究过的Hendrickson–Lattman分布和二阶广义von Mises分布的等价性。认识到这一联系,亨德里克森-拉特曼分布可以用另一种更容易解释的形式表示,因为它涉及成分von Mises分布的位置和浓度参数。它还可以澄清双峰性的条件,并使用简化的分析方法来评估分布的三角矩,其中第一种方法是在存在相位不确定性而不是振幅不确定性的情况下计算最佳傅里叶综合所必需的。 文本/html 关于Hendrickson–Lattman相位概率分布及其与广义von Mises分布的等价性的一个注记 文本 2 57 2024-02-16 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 短通信 0 0 解锁离子矿物的表面化学:模拟真实界面的高通量管道 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ui5001 介绍了一种系统的程序,用于模拟含有多原子阴离子的离子矿物的荷电中性非极性表面。通过整合基于距离和电荷的聚类来识别矿物体内的化学物种,我们的管道PolyCleaver提供了多种理论上可行的表面终端。作为一个示例,该方法被应用于镁橄榄石(Mg2SiO4),揭示了基于与甲醛相互作用的丰富界面景观,甲醛是一种相关的多方面分子,尤其是在益生元化学中。这种高通量的方法超越了传统上应用于矿物建模的技术,为不同表面的潜在催化特性提供了新的见解,从而能够更广泛地探索复杂矿物系统中的合成途径。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 Mates-Torres,E。 A.里莫拉。 2024-03-15 doi:10.1107/S1600576724001286 国际晶体学联合会 PolyCleaver是一种基于Python的自动化管道,用于模拟离子-矿物与多原子阴离子的界面,为潜在的催化性能提供了新的见解,并拓宽了复杂矿物系统中合成途径的探索。 ZH PolyCleaver公司 蟒蛇 矿物表面 接口 介绍了一种系统的程序来模拟含有多原子阴离子的离子矿物的电荷中性非极性表面。通过整合基于距离和电荷的聚类来识别矿物体内的化学物种,我们的管道PolyCleaver提供了多种理论上可行的表面终端。作为一个示例,该方法被应用于镁橄榄石(Mg2SiO4),揭示了基于与甲醛相互作用的丰富界面景观,甲醛是一种相关的多方面分子,尤其是在益生元化学中。这种高通量的方法超越了传统上应用于矿物建模的技术,为不同表面的潜在催化特性提供了新的见解,从而能够更广泛地探索复杂矿物系统中的合成途径。 文本/html 解锁离子矿物的表面化学:用于模拟真实界面的高通量管道 文本 2 57 2024-03-15 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 CIF应用 0 0 INSIGHT:有效减少掠入射X射线散射数据的原位启发式工具 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?jl5080 INSIGHT是一种基于Python的软件工具,用于处理和减少二维掠入射宽角度和小角度X射线散射(GIWAXS/GISAXS)数据。它提供了2D GIWAXS/GISAXS探测器图像到倒易空间的几何变换,包括矢量化和并行化像素强度校正计算。明确关注有效的数据管理和批处理,可以完全控制大型时间分辨同步加速器和实验室数据集,以详细分析GIWAXS/GISAXS薄膜动力学研究。它处理用任意旋转的探测器采集的数据,并在倒数空间中进行垂直、水平、方位和径向切割。它还允许晶体索引和GIWAXS模式模拟,并提供各种绘图和导出功能。定制脚本提供了一个一步解决方案,用于减少、处理、分析和导出大型现场和操作数据集的结果。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 Reuse,文学硕士。 雷布·L.K。 D.P.科斯巴恩。 罗斯有限公司。 Müller-Buschbaum,P。 2024-02-12 doi:10.1107/S1600576723011159 国际晶体学联合会 INSIGHT是一种基于Python的软件工具,用于减少和批量处理大掠入射宽角度和小角度X射线散射数据集,并提取薄膜的结构、方向和形态信息。 ZH 掠入射X射线散射 时间分辨研究 现场研究 歌剧研究 计算机程序 INSIGHT是一种基于Python的软件工具,用于处理和减少二维掠入射宽角度和小角度X射线散射(GIWAXS/GISAXS)数据。它提供了2D GIWAXS/GISAXS探测器图像到倒易空间的几何变换,包括矢量化和并行化像素强度校正计算。明确关注有效的数据管理和批处理,可以完全控制大型时间分辨同步加速器和实验室数据集,以详细分析GIWAXS/GISAXS薄膜动力学研究。它处理用任意旋转的探测器采集的数据,并在倒数空间中进行垂直、水平、方位和径向切割。它还允许晶体索引和GIWAXS模式模拟,并提供各种绘图和导出功能。定制脚本提供了一个一步解决方案,用于减少、处理、分析和导出大型现场和操作数据集的结果。 文本/html INSIGHT:有效减少掠入射X射线散射数据的原位启发式工具 文本 2 57 2024-02-12 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 计算机程序 0 0 像素异常检测工具:一个用户友好的GUI,用于使用机器学习方法对检测器帧进行分类 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?oc5034 X射线自由电子激光器的数据采集具有特殊的实验挑战,例如连续样品输送或使用新型超快高动态范围增益开关X射线探测器。这可能会导致大量的数据伪影,这可能对精确确定串行晶体学或单粒子成像实验的结构因子振幅有害。这里,报告了一种新的数据分类工具,该工具提供了多种机器学习算法,用于对经过用户手动数据排序训练的数据进行排序,或根据实验通过轮廓拟合检测器上的强度分布来对数据进行排序。这集成到一个易于使用的图形用户界面中,专门设计用于支持大多数X射线自由电子激光设施可用的探测器、文件格式和软件。高度模块化的设计使该工具易于扩展,以符合其他X射线源和探测器的要求,并且监督学习方法甚至使初学者能够对包含不需要的人工制品的数据进行分类,或执行常规数据分析任务,如在实验期间查找命中目标,而无需编写代码。 版权所有(c)2024国际晶体学联合会 瓮号:1600-5767 G.凯塔瓦拉。 C.M.赖特。 弗洛姆,P。 博塔,S。 2024-02-12 doi:10.1107/S1600576724000116 国际晶体学联合会 报道了一种新型的用户友好的高度模块化图形用户界面工具,用于通过实现机器学习对X射线衍射图案进行分类。在有监督的学习方法中,该工具可以很容易地用于识别和分类包含特定实验制品的数据,或训练其执行常规数据分析任务,如命中率查找。 ZH 机器学习 连续晶体学 图像分类 X射线自由电子激光器 图形用户界面 X射线衍射图 数据分析 实验文物 X射线自由电子激光器的数据采集具有特殊的实验挑战,例如连续样品输送或使用新型超快高动态范围增益开关X射线探测器。这可能会导致大量数据伪影,这可能不利于准确确定连续晶体学或单粒子成像实验的结构因子振幅。这里,报告了一种新的数据分类工具,该工具提供了多种机器学习算法,用于对经过用户手动数据排序训练的数据进行排序,或根据实验通过轮廓拟合检测器上的强度分布来对数据进行排序。这集成到一个易于使用的图形用户界面中,专门设计用于支持大多数X射线自由电子激光设施可用的探测器、文件格式和软件。高度模块化的设计使该工具易于扩展,以符合其他X射线源和探测器的要求,而监督学习方法甚至使新手用户能够对包含不需要的伪影的数据进行分类,或在实验期间执行常规数据分析任务,如命中率查找,而无需编写代码。 文本/html 像素异常检测工具:一个用户友好的GUI,用于使用机器学习方法对检测器帧进行分类 文本 2 57 2024-02-12 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 计算机程序 0 0 PYXIS:同步加速器微/纳米衍射数据分析的集成软件包 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?nb5368 PYXIS是一个基于MATLAB平台的软件包,适用于同步辐射X射线劳厄微/纳米衍射和能量扫描数据的深入分析。该软件的主要目标是分析以下三个方面的数据。首先,在单个劳厄衍射图样中,它可以去除背景,搜索和索引峰值,并获得晶体取向和弹性应变张量。为了加快这一过程,开发了一种新的区域轴辅助索引算法。其次,可以同时分析从扫描获得的一批劳厄模式,以绘制方向和应变分布图,这是通过应用峰值位置比较策略有效实现的。本文以Li7La3Zr2O12固体电解质横截面的劳厄微衍射扫描分析为例来说明这些功能。PYXIS的第三个独特功能涉及能量扫描的数据挖掘。以镍基高温合金为例,对能量扫描数据集进行处理,以重建三维衍射峰,从而从峰轮廓提取晶格常数、晶格失配和位错特征。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 J·寇。 陈,K。 2024-02-16 doi:10.1010/S1600576724000517 国际晶体学联合会 介绍了一个定制开发的软件包PYXIS,用于同步辐射X射线微/纳米衍射数据的深入分析。该软件包采用的新算法包括分区轴辅助索引、串行峰值位置比较策略和基于Wilkens模型的自动位错表征。 ZH 同步辐射X射线劳厄微/纳米衍射 能量扫描 区域轴辅助索引 峰值位置比较 峰值剖面分析 PYXIS是一个基于MATLAB平台的软件包,适用于同步辐射X射线劳厄微/纳米衍射和能量扫描数据的深入分析。该软件的主要目标是分析以下三个方面的数据。首先,在单个劳厄衍射图样中,它可以去除背景,搜索和索引峰值,并获得晶体取向和弹性应变张量。为了加快这一过程,开发了一种新的区域轴辅助索引算法。其次,可以同时分析从扫描获得的一批劳厄模式,以绘制方向和应变分布图,这是通过应用峰值位置比较策略有效实现的。本文以Li7La3Zr2O12固体电解质横截面的劳厄微衍射扫描分析为例来说明这些功能。PYXIS的第三个独特功能涉及能量扫描的数据挖掘。以镍基高温合金为例,对能量扫描数据集进行处理,以重建三维衍射峰,从而从峰轮廓提取晶格常数、晶格失配和位错特征。 文本/html PYXIS:同步加速器微/纳米衍射数据分析的集成软件包 文本 2 57 2024-02-16 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 计算机程序 0 0 FlɛX:评估柔性晶体应变的计算机视觉程序 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?iu5042 程序FlõX(xtals的弯曲)是为了从简单的光学显微镜图片中快速、简单和准确地评估柔性晶体中达到的最大变形而开发的。该程序利用计算机视觉库查找弯曲晶体的轮廓,并将其拟合为半圆。然后,它可以使用欧拉-伯努利梁理论中的方程计算沿其长轴的理论最大变形。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 谢,B。 吴立中。 格罗斯让。 2024-03-15 doi:10.1107/S1600576723008282 国际晶体学联合会 已经开发了一个程序来帮助对弯曲晶体感兴趣的研究人员从单个光学图像评估晶体变形。 ZH 柔性晶体 计算机视觉 欧拉-伯努利梁理论 已开发出程序FlɛX(xtals的弯曲\603'),用于从简单的光学显微镜图片快速、简单和准确地评估柔性晶体中达到的最大变形。该程序利用计算机视觉库查找弯曲晶体的轮廓,并将其拟合为半圆。然后,它可以使用欧拉-伯努利梁理论中的方程计算沿其长轴的理论最大变形。 文本/html FlɛX:评估柔性晶体应变的计算机视觉程序 文本 2 57 2024-03-15 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 计算机程序 0 0 X-Ray Calc 3:用于X射线反射率模拟和反问题求解的改进软件 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?te5127 本文介绍了X-Ray Calc(XRC),这是一个开源软件包,旨在模拟X射线反射率(XRR),并解决基于测量的XRR曲线重建薄膜结构的逆问题。XRC具有用户友好的图形界面,便于交互式模拟和重建。该软件采用基于菲涅耳方程的递归方法来计算XRR,并结合了用于建模周期性多层结构的专用工具。本文介绍了X射线计算软件(XRC3)的最新版本,并进行了显著改进。这些增强包括利用改进的飞行粒子群优化算法自动拟合XRR曲线的功能。还开发了一种新的成本函数,专门用于拟合周期结构的XRR曲线。此外,通过开发新的单窗口界面,整体用户体验得到了增强。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 O.V.彭科夫。 李,M。 米基,S。 A.Devizenko。 科皮莱斯,I。 2024-03-15 doi:10.1107/S1600576724001031 国际晶体学联合会 本文介绍了X-Ray Calc 3,这是一个开源软件包,用于根据测量的XRR曲线模拟X射线反射率(XRR)和重建薄膜结构,具有用户友好的界面和改进的拟合能力。 ZH 计算机模拟 X射线反射率 适合的 X射线计算3 反问题 Levy飞行粒子群优化 结构重建 周期性多层结构 这项工作介绍了X射线计算器(XRC),这是一个开源软件包,旨在模拟X射线反射率(XRR),并解决基于测量的XRR曲线重建薄膜结构的反问题。XRC具有用户友好的图形界面,便于交互式模拟和重建。该软件采用基于菲涅耳方程的递归方法计算XRR,并结合了建模周期性多层结构的专用工具。本文介绍了X射线计算软件(XRC3)的最新版本,并进行了显著改进。这些增强包括利用改进的飞行粒子群优化算法自动拟合XRR曲线的功能。还开发了一种新的成本函数,专门用于拟合周期结构的XRR曲线。此外,通过开发新的单窗口界面,整体用户体验得到了增强。 文本/html X射线Calc 3:改进的X射线反射率模拟和反问题求解软件 文本 2 57 2024-03-15 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 计算机程序 0 0 iRing:一个用于自动校准的二维粉末衍射图像集成程序 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?vb5064 iRing是一个处理程序,用于更方便地处理图像检测器采集的二维衍射图像。在校准过程中,iRing使用霍夫变换实现自动峰值查找和校准。大大提高了校准速度,降低了校准难度。iRing还提供了许多支持功能来帮助处理数据。 版权所有(c)2024国际晶体学联合会 瓮号:1600-5767 X·孙。 Z·冯。 吕,B。 曹,J。 Chang,S。 C·东。 2024-03-21 doi:10.107/S1600576724001936 国际晶体学联合会 iRing是一个处理程序,它利用霍夫变换自动进行峰值查找和校准,大大提高了校准图像检测器采集的二维衍射图像的速度和容易程度。 ZH 图像探测器 霍夫变换 校准 iRing是一个处理程序,用于更方便地处理图像检测器采集的二维衍射图像。在校准过程中,iRing使用霍夫变换实现自动峰值查找和校准。大大提高了校准速度,降低了校准难度。iRing还提供了许多支持功能来帮助处理数据。 文本/html iRing:一个用于自动校准的二维粉末衍射图像集成程序 文本 2 57 2024-03-21 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 计算机程序 0 0 FLEXR GUI:用于蛋白质多conformer建模的图形用户界面 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ei5111 蛋白质是众所周知的“形状变换器”,可以改变构象以发挥功能。在结晶学中,晶体中通常存在多个构象状态,并生成电子密度图。然而,明确地将替代状态纳入模型以解开多conformer集成是一项挑战。我们之前报道了工具FLEXR,它在几分钟内自动将构象信号与噪声分离,并将相应的、经常缺失的结构特征构建到多变换器模型中。为了使该方法作为大分子晶体学计算工具包的一部分广泛用于常规多构象构建,我们为FLEXR提供了一个图形用户界面(GUI),该界面被设计为Coot1的插件。GUI实现将FLEXR模型与Coot中现有的验证和建模工具套件无缝连接。我们设想,FLEXR将通过增加多conformer建模方法的使用来帮助晶体学家,该建模方法最终将在蛋白质数据库中更好地表示蛋白质构象异质性。反过来,对蛋白质构象景观的深入了解可能会为生物学提供信息或为配体设计提供新的机会。该代码是开源的,可以在GitHub上免费获得,网址为https://github.com/TheFischerLab/FLEXR-GUI。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 T.R.斯塔卓夫斯基。 M·菲舍尔。 2024-03-27 doi:10.1107/S1600576724001523 国际晶体学联合会 本文描述了多一致性建模程序FLEXR的图形用户界面(GUI),该程序被设计为Coot1中的一个插件。只需单击按钮,GUI就可以将FLEXR无缝集成到Coot中的晶体学建模和验证管道中。 ZH 模型建筑物 多转换器模型 灵活性 构象异质性 图形用户界面 FLEXR(柔性) 库特 蛋白质 电子密度图 蛋白质是众所周知的“变形器”,它改变构象以发挥功能。在结晶学中,晶体中通常存在多个构象状态,并生成电子密度图。然而,明确地将替代状态纳入模型以解开多conformer集成是一项挑战。我们之前报道了工具FLEXR,它在几分钟内自动将构象信号与噪声分离,并将相应的、经常缺失的结构特征构建到多变换器模型中。为了使该方法作为大分子晶体学计算工具包的一部分广泛用于常规多构象构建,我们为FLEXR提供了一个图形用户界面(GUI),该界面被设计为Coot1的插件。GUI实现将FLEXR模型与Coot中现有的验证和建模工具套件无缝连接。我们设想,FLEXR将通过增加多conformer建模方法的使用来帮助晶体学家,该建模方法最终将在蛋白质数据库中更好地表示蛋白质构象异质性。反过来,对蛋白质构象景观的深入了解可能会为生物学提供信息或为配体设计提供新的机会。该代码是开源的,可以在GitHub上免费获得,网址为https://github.com/TheFischerLab/FLEXR-GUI。 文本/html FLEXR GUI:用于蛋白质多conformer建模的图形用户界面 文本 2 57 2024-03-27 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 计算机程序 0 0 从解决方案到结构:通过生物样品的预表征管道赋予包容性低温电子显微镜能力 http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ei5109 为了应对基础设施有限(或没有)的实验室和大学面临的挑战,ESRF与格勒诺布尔结构生物学研究所(IBS)合作,实施了低温电子显微镜溶液到结构(SOS)管道。这一包括网格准备到高分辨率数据收集的过程涵盖了单粒子分析和低温电子层析成像(cryo-ET)。可通过滚动通道访问提案,并对其进行科学价值和技术可行性评估。严格的可行性标准需要强有力的样本同质性证据。提供了两个不同的入口点:用户可以提交纯化蛋白质样品进行综合处理,也可以启动带有玻璃化冷冻电子显微镜格栅的管道。SOS管道将阴性染色成像(不包括蛋白质样品)作为第一个质量步骤,然后进行低温电子显微镜网格制备、网格筛选和单粒子分析的初步数据收集,或者只进行低温电子技术的前两个步骤。在这两种情况下,如果筛选步骤成功完成,高分辨率数据采集将使用Titan Krios显微镜进行,该显微镜配备了最新一代的直接电子计数检测器,并与能量过滤器相连。因此,SOS管道成为一个全面而有效的解决方案,进一步使冷冻EM研究的普及民主化。 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 瓮号:1600-5767 米勒-迪克曼,C。 A.格林萨托。 洁芬,G。 芬奈尔,D。 D.弗洛特。 肖恩,G。 G·伦纳德。 Kandiah,E。 2024-03-26 doi:10.1107/S1600576724001717 国际晶体学联合会 欧洲同步加速器的Solution-to-Structure(SOS)管道简化了低温电子显微镜研究,为单粒子分析和低温电子层析成像提供了从网格准备到高分辨率数据收集的全过程。这项服务是专门为限制或无法访问低温电子显微镜基础设施的用户量身定制的,使他们能够进行筛选实验并获取适合高分辨率数据采集的样本。 ZH 低温电子显微镜 冷冻电镜 单粒子分析 玻璃化 低温电子断层扫描术 SOS管道 为了应对基础设施有限(或没有)的实验室和大学面临的挑战,ESRF与格勒诺布尔结构生物学研究所(IBS)合作,实施了低温电子显微镜溶液到结构(SOS)管道。这一包容性的过程,从网格制备到高分辨率数据收集,涵盖了单粒子分析和冷冻电子断层扫描(cryo-ET)。可通过滚动通道访问提案,并对其进行科学价值和技术可行性评估。严格的可行性标准需要强有力的样本同质性证据。提供了两个不同的入口点:用户可以提交纯化蛋白质样品进行综合处理,也可以启动带有玻璃化冷冻电子显微镜格栅的管道。SOS管道将阴性染色成像(不包括蛋白质样品)作为第一个质量步骤,然后进行低温电子显微镜网格制备、网格筛选和单粒子分析的初步数据收集,或者只进行低温电子技术的前两个步骤。在这两种情况下,如果筛选步骤成功完成,高分辨率数据采集将使用Titan Krios显微镜进行,该显微镜配备了最新一代的直接电子计数检测器,并与能量过滤器相连。因此,SOS管道成为一种全面有效的解决方案,进一步实现了低温电子显微镜研究的民主化。 文本/html 从解决方案到结构:通过生物样品的预表征管道赋予包容性低温电子显微镜能力 文本 2 57 2024-03-26 版权所有(c)2024国际结晶学联合会 应用晶体学杂志 实验室札记 0 0