有机化合物\(第5em段)

期刊徽标晶体学
通信
国际标准编号:2056-9890

(2Z轴,4E类)-1-(5-氟-2-羟基-氧基-苯)-5-(4-氟-苯)-3-羟基-氧五-2,4-二烯-1-酮

福建省化学生物学重点实验室,厦门大学,厦门361005,中华人民共和国,b条中华人民共和国厦门市南祥安路361100号厦门大学药物科学学院c(c)中华人民共和国厦门361005海洋研究所国家海洋管理局
*通信电子邮件:fangmj@xmu.edu.cn

(收稿日期:2013年11月20日; 2013年12月11日接受; 在线2013年12月24日)

在标题分子中,C17H(H)12F类2O(运行),苯环之间的二面角为8.6(2)°. 在晶体中,两对O-H…O氢键将摩尔连接成反转二聚体。此外,弱的C-H…F氢键将二聚体连接成平行于(10-4)的二维网络。羰基O原子是两个弱分子内氢键的受体。

相关文献

对于查尔酮,参见:Meng等。(2007[Meng,C.Q.,Ni,L.M.,Worsencroft,K.J.,Ye,Z.,Weingarten,D.M.,Simpson,J.E.,Skudlarek,J.W.,Marino,E.M.,Suen,K.L.,Kunsch,C.,Souder,A.,Howard,R.B.,Sundell,C.L.,Wasserman,M.A.&Sikorski,J.A.(2007).J.Med.Chem.50,1304-1315.]); 朔贝特等。(2009【Schobert,R.,Biersack,B.,Dietrich,A.,Knauer,S.,Zoldakova,M.,Fruehauf,A.&Mueller,T.(2009),《医学化学杂志》52,241-246。】). 合成见:贝克(1933)[贝克·W·J(1933),《化学社会杂志》,第1381-1389页。]); 马哈尔和文卡塔拉曼(1934年【Mahal,H.S.和Venkataraman,K.(1934),《化学社会杂志》,第1767-1769页。】). 有关相关结构,请参见:Fun等。(2012【Fun,H.-K.,Farhadikoutenaei,A.,Narayana,B.,Nayak,P.S.&Sarojini,B.K.(2012),《结晶学报》,E68,o2658。】).

【方案一】

实验

水晶数据
  • C类17H(H)12F类2O(运行)

  • M(M)第页= 302.27

  • 单诊所,P(P)21/c(c)

  • = 6.8275 (18) Å

  • b条= 14.004 (4) Å

  • c(c)= 14.267 (4) Å

  • β= 91.293 (5)°

  • V(V)=1363.8(7)Å

  • Z轴= 4

  • K(K)α辐射

  • μ=0.12毫米−1

  • T型=173千

  • 0.32×0.23×0.18毫米

数据收集
  • 布鲁克APEX CCD衍射仪

  • 吸收校正:多扫描(SADABS公司; 布鲁克,2001年[Bruker(2001)。SAINT、SMART和SADABS。Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊。])T型最小值= 0.963,T型最大值= 0.979

  • 6787次测量反射

  • 2392次独立反射

  • 2040次反射> 2σ()

  • R(右)整数= 0.028

精细化
  • R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.053

  • 水风险(F类2) = 0.147

  • S公司= 1.08

  • 2392次反射

  • 199个参数

  • 受约束的氢原子参数

  • Δρ最大值=0.21埃−3

  • Δρ最小值=-0.29埃−3

表1
氢键几何形状(λ,°)

-小时A类 -H(H) H月A类 A类 -小时A类
O1-H1型A类●氧气 0.82 1.84 2.558(2) 145
O1-H1型A类●臭氧 0.82 2.55 3.145(2) 130
臭氧-H3A类●氧气 0.82 1.81 2.532(2) 146
臭氧-H3A类●氧气 0.82 2.38 2.856(2) 118
C10-H10型A类●二层 0.93 2.51 3.326(3) 147
对称代码:(i)-x个-1, -+2, -z(z)+1个; (ii)[-x-3,y+{\script{1\over 2}},-z+{\sscript{1\ over 2{}].

数据收集:智能(布鲁克,2001年[Bruker(2001)。SAINT、SMART和SADABS。Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊。]); 细胞精细化: 圣保罗(布鲁克,2001年[Bruker(2001)。SAINT、SMART和SADABS。Bruker AXS Inc.,美国威斯康星州麦迪逊。]); 数据缩减:圣保罗; 用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。]); 分子图形:SHELXTL公司(谢尔德里克,2008年[Sheldrick,G.M.(2008),《水晶学报》,A64112-122。])和柏拉图式的(斯佩克,2009年[Spek,A.L.(2009),《结晶学报》,D65148-155。]); 用于准备出版材料的软件:SHELXL97型.

支持信息


注释顶部

二苯甲酰甲烷(1,3-二苯基-1,3-二酮,DBM)和查尔酮已发现具有多种生物活性,如抗肿瘤、抗炎、抗菌、抗寄生虫、抗氧化和抗病毒作用(肖伯特等。, 2009; 等。, 2007). 最近,我们进行了一系列合成(E类)-1,5-二苯基戊-4-烯-1,3-二酮衍生物。这些化合物含有酮醇互变异构,然而,烯醇形式占主导地位。苯环(C2–C7)和(C12–C17)平面之间的二面角为8.6(3)°。(I,图2)中的键长和角度与类似化合物(Fun)的报告值一致等。, 2012). 在晶体中,两对O-H··O氢键将分子连接成反转二聚体(图3)。此外,弱C-H··F氢键将二聚体连接成平行于(10)的二维网络4)(图4)。–C的氧原子O基团是两个分子内氢键的受体(图2)。

相关文献顶部

对于查尔酮,参见:Meng等。(2007年);朔贝特等。(2009). 关于合成,参见:Baker(1933);Mahal&Venkataraman(1934年)。有关相关结构,请参见:Fun等。(2012年)。

实验顶部

反应方案如图1所示。反应混合物(E类)-在323K(Baker)下将吡啶(10 ml)中的3-(4-氟苯基)丙烯酰氯(0.37 g,2.0 mmol)和1-(5-氟-2-羟基苯基)乙酮(0.31 g,2.0 mm ol)搅拌1 h等。, 1933). 然后用稀盐酸中和混合物,并用乙酸乙酯(3×15 ml)萃取。在真空下浓缩有机相以获得浆液残渣,浆液残留物中添加吡啶(10 ml)和氢氧化钾(0.21 g,1.5 mmol)。在323K下将溶液搅拌3小时。然后用稀盐酸中和混合物,并用乙酸乙酯(3×15 ml)萃取。有机相在无水MgSO上干燥4并在真空下浓缩,得到浆液残渣。残留物通过色谱法使用石油醚和乙酸乙酯(v:v=5:1)作为洗脱液形成淡黄色固体(Mahal&Venkataraman,1934)。通过石油醚和标题化合物的乙酸乙酯(v:v=1:4)溶液的结晶获得单晶。

精细化顶部

所有H原子被放置在几何理想位置,并被视为骑在其母原子上,C-H=0.93(芳香族)或0.98(CH),O-H=0.82?,各向同性位移参数设置为单位国际标准化组织(H)=x U形等式(携带原子),带有x个羟基=1.5,以及x个=1.2(对于甲基炔)。

结构描述顶部

二苯甲酰甲烷(1,3-二苯基-1,3-二酮,DBM)和查尔酮已发现具有多种生物活性,如抗肿瘤、抗炎、抗菌、抗寄生虫、抗氧化和抗病毒作用(肖伯特等。, 2009; 等。, 2007). 最近,我们进行了一系列合成(E类)-1,5-二苯基戊-4-烯-1,3-二酮衍生物。这些化合物含有酮醇互变异构,然而,烯醇形式占主导地位。苯环(C2–C7)和(C12–C17)平面之间的二面角为8.6(3)°。(I,图2)中的键长和角度与类似化合物(Fun)的报告值一致等。,2012年)。在晶体中,两对O-H··O氢键将分子连接成反转二聚体(图3)。此外,弱C-H··F氢键将二聚体连接成平行于(104)(图4)。–C的氧原子O基团是两个分子内氢键的受体(图2)。

对于查尔酮,参见:Meng等。(2007); 朔贝特等。(2009). 合成见:Baker(1933);Mahal&Venkataraman(1934年)。有关相关结构,请参见:Fun等。(2012年)。

计算详细信息顶部

数据收集:智能(布鲁克,2001);细胞精细化: 圣保罗(布鲁克,2001);数据缩减:圣保罗(布鲁克,2001);用于求解结构的程序:SHELXS97标准(谢尔德里克,2008);用于优化结构的程序:SHELXL97型(谢尔德里克,2008);分子图形:SHELXTL公司(Sheldrick,2008)和柏拉图式的(斯佩克,2009);用于准备出版材料的软件:SHELXL97型(谢尔德里克,2008)。

数字顶部
[图1] 图1。反应方案。
[图2] 图2。(I)的分子结构,其位移椭球以30%的概率水平绘制,氢原子绘制为任意半径的小球。
[图3] 图3。(I)的反转二聚体。氢键显示为虚线。
[图4] 图4。带有氢键的部分晶体结构如虚线所示。
(2Z轴,4E类)-1-(5-氟-2-羟基苯基)-5-(4-氟苯基)-3-羟基戊-2,4-二烯-1-酮顶部
水晶数据 顶部
C类17H(H)12F类2O(运行)F类(000) = 624
M(M)第页= 302.27x个=1.472毫克
单诊所,P(P)21/c(c)K(K)α辐射,λ= 0.71073 Å
大厅符号:-P 2ybc2113次反射的单元参数
= 6.8275 (18) Åθ= 1.6–27.3°
b条= 14.004 (4) ŵ=0.12毫米1
c(c)= 14.267 (4) ÅT型=173 K
β= 91.293 (5)°方块,黄色
V(V)=1363.8(7)Å0.32×0.23×0.18毫米
Z轴= 4
数据收集 顶部
布鲁克APEX CCD
衍射仪
2392次独立反射
辐射源:细焦点密封管2040次反射> 2σ()
石墨单色仪R(右)整数= 0.028
φω扫描θ最大值= 25.0°,θ最小值= 2.0°
吸收校正:多扫描
(SADABS公司; 布鲁克,2001年)
小时=88
T型最小值= 0.963,T型最大值= 0.979k个=1616
6787次测量反射=1216
精细化 顶部
优化于F类2主原子位置定位:结构-变量直接方法
最小二乘矩阵:完整二次原子位置:差分傅里叶映射
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.053氢站点位置:从邻近站点推断
水风险(F类2) = 0.147受约束的氢原子参数
S公司= 1.08 w个= 1/[σ2(F类o个2) + (0.073P(P))2+ 0.3861P(P)]
哪里P(P)= (F类o个2+ 2F类c(c)2)/3
2392次反射(Δ/σ)最大值< 0.001
199个参数Δρ最大值=0.21埃
0个约束Δρ最小值=0.29埃
水晶数据 顶部
C类17H(H)12F类2O(运行)V(V)= 1363.8 (7) Å
M(M)第页= 302.27Z轴= 4
单诊所,P(P)21/c(c)K(K)α辐射
= 6.8275 (18) ŵ=0.12毫米1
b条= 14.004 (4) ÅT型=173 K
c(c)= 14.267 (4) Å0.32×0.23×0.18毫米
β= 91.293 (5)°
数据收集 顶部
布鲁克APEX CCD
衍射仪
2392次独立反射
吸收校正:多扫描
(SADABS公司; 布鲁克,2001年)
2040次反射> 2σ()
T型最小值= 0.963,T型最大值=0.979R(右)整数=0.028
6787次测量反射
精细化 顶部
R(右)[F类2> 2σ(F类2)] = 0.0530个约束
水风险(F类2) = 0.147受约束的氢原子参数
S公司= 1.08Δρ最大值=0.21埃
2392次反射Δρ最小值=0.29埃
199个参数
特殊细节 顶部

几何图形.所有e.s.d.(除了两个l.s.平面之间二面角中的e.s.d.)均使用全协方差矩阵进行估计。在估计e.s.d.的距离、角度和扭转角时,单独考虑单元e.s.d;只有当e.s.d.的胞内参数由晶体对称性定义时,才使用它们之间的相关性。单元e.s.d.的近似(各向同性)处理用于估计涉及l.s.平面的e.s.d。

精细化.完善F类2对抗所有反射。加权R(右)-因子水风险和贴合度S公司基于F类2,常规R(右)-因素R(右)基于F类,使用F类负值设置为零F类2。的阈值表达式F类2>σ(F类2)仅用于计算R(右)-因子(gt).与选择反射进行细化无关。R(右)-基于的因素F类2在统计上大约是基于F类、和R(右)-基于所有数据的因素将更大。

分数原子坐标和各向同性或等效各向同性位移参数2) 顶部
x个z(z)单位国际标准化组织*/单位等式
一层楼1.0830 (2)1.43310 (10)0.38367 (11)0.0579 (5)
地上二层1.6953 (2)0.59884 (10)0.25050 (10)0.0577 (5)
臭氧0.7476 (2)0.93089 (10)0.42390 (11)0.0383 (4)
H3A型0.65980.96750.44040.057*
氧气0.5856 (2)1.09111 (10)0.45331(11)0.0348(4)
O1公司0.3972(2)1.24886 (10)0.46202 (11)0.0391 (4)
甲型H1A0.41081.19080.46490.059*
第16号1.5714 (3)0.75182 (16)0.27847 (15)0.0371 (5)
H16A型1.69150.77800.26020.045*
C6级0.9127 (3)1.38522 (15)0.40188 (16)0.0371 (5)
C9级0.9017 (3)0.98066 (14)0.39432 (13)0.0276 (5)
C1类0.7404 (3)1.13263 (14)0.42564 (13)0.0258 (5)
抄送70.9178 (3)1.28835 (15)0.40533 (15)0.0328 (5)
H7A型1.03521.25590.39520.039*
C5级0.7442(4)1.43672(16)0.41622 (16)0.0401 (6)
H5A型0.74551.50300.41270.048*
第13页1.2171 (3)0.67182 (15)0.33270 (14)0.0336 (5)
H13A型1.09790.64470.35110.040*
抄送80.9043 (3)1.07757 (14)0.39450 (14)0.0287 (5)
H8A型1.01701.10900.37360.034*
C3类0.5709 (3)1.28979 (15)0.44117 (14)0.0297 (5)
第14项1.3700 (4)0.61349 (16)0.30486 (16)0.0400 (6)
H14A型1.35580.54740.30410.048美元*
C11号机组1.0733 (3)0.83020 (14)0.36333 (14)0.0287 (5)
H11A型0.96130.79870.38520.034*
C20.7438 (3)1.23770 (14)0.42429 (13)0.0271 (5)
第17页1.4183 (3)0.80885 (16)0.30625 (15)0.0331 (5)
H17A型1.43520.87470.30680.040*
C10号机组1.0668 (3)0.92464 (14)0.36235 (14)0.0294 (5)
H10A型1.17660.95710.33940.035*
第15项1.5432 (3)0.65543 (17)0.27832 (15)0.0385 (6)
第12项1.2379 (3)0.77070(14)0.33372(13)0.0265(5)
补体第四成份0.5740 (3)1.38854 (15)0.43586 (16)0.0374 (6)
H4A型0.45851.42260.44580.045*
原子位移参数(2) 顶部
单位11单位22单位33单位12单位13单位23
一层楼0.0450 (9)0.0381 (8)0.0906 (12)0.0127 (6)0.0004 (8)0.0083 (8)
地上二层0.0554 (10)0.0552 (9)0.0619 (10)0.0309 (7)0.0138 (7)0.0001 (7)
臭氧0.0275 (8)0.0281 (8)0.0588 (11)0.0005 (6)0.0106 (7)0.0042 (7)
氧气0.0258 (8)0.0298 (8)0.0483 (9)0.0013 (6)0.0062 (7)0.0013 (7)
O1公司0.0295 (9)0.0346 (8)0.0530(10)0.0088(7)0.0058(7)0.0058 (7)
第16号0.0306 (12)0.0444 (13)0.0363 (13)0.0028 (10)0.0002 (9)0.0039 (10)
C6级0.0374 (13)0.0306 (11)0.0434 (13)0.0058 (10)0.0033 (10)0.0042 (10)
C9级0.0268 (11)0.0301 (11)0.0258 (11)0.0005 (9)0.0012 (8)0.0017 (8)
C1类0.0235 (10)0.0308 (11)0.0231 (10)0.0005 (8)0.0001 (8)0.0016 (8)
抄送70.0307 (12)0.0318 (11)0.0358 (12)0.0020 (9)0.0008 (9)0.0010 (9)
C5级0.0508 (15)0.0260 (11)0.0438 (14)0.0027 (10)0.0066(11)0.0006(10)
第13页0.0369(13)0.0324 (11)0.0313 (12)0.0010 (9)0.0002 (9)0.0019 (9)
抄送80.0251 (11)0.0297 (11)0.0310 (11)0.0015 (8)0.0066 (8)0.0042 (9)
C3类0.0307 (12)0.0315 (11)0.0269 (11)0.0046 (9)0.0012 (9)0.0016 (9)
第14项0.0535 (15)0.0282 (11)0.0383 (13)0.0097 (11)0.0018 (11)0.0012 (10)
C11号机组0.0271 (12)0.0333 (11)0.0257 (11)0.0009 (9)0.0005 (8)0.0027 (9)
C20.0305 (11)0.0284 (11)0.0224 (10)0.0028 (9)0.0023 (8)0.0013 (8)
第17页0.0296(12)0.0331(11)0.0367(12)0.0009 (9)0.0014 (9)0.0043 (9)
C10号机组0.0274 (11)0.0316 (11)0.0290 (11)0.0011 (9)0.0051 (9)0.0000 (9)
第15项0.0398 (14)0.0441 (13)0.0317 (12)0.0205 (11)0.0008 (10)0.0013 (10)
第12项0.0299 (11)0.0291 (10)0.0206 (10)0.0032 (9)0.0018 (8)0.0019 (8)
补体第四成份0.0413 (14)0.0312 (11)0.0397 (13)0.0108 (10)0.0026 (10)0.0030 (10)
几何参数(λ,º) 顶部
F1-C6层1.362 (2)C5-C4类1.368 (3)
F2-C15层1.358 (2)C5-H5A型0.9300
臭氧-C91.323(2)C13至C141.377(3)
臭氧-氢3a0.8200C13-C12号机组1.392 (3)
氧气-C11.262 (2)C13-H13A型0.9300
O1-C31.345 (2)C8-H8A型0.9300
O1-H1A型0.8200C3-C4型1.385 (3)
C16-C15号1.363 (3)C3-C2型1.404 (3)
C16-C17号1.367 (3)C14-C15号1.366 (3)
C16-H16A型0.9300C14-H14A型0.9300
C6至C71.358 (3)C11-C10型1.323 (3)
C6-C5型1.369 (3)C11-C12号机组1.454 (3)
C9-C81.357 (3)C11-H11A型0.9300
C9-C10型1.439 (3)C17-C12型1.391 (3)
C1-C8号机组1.422 (3)C17-H17A型0.9300
C1-C2类1.472 (3)10点至10点0.9300
C7-C2型1.404(3)C4-H4A型0.9300
C7-H7A型0.9300
C9-O3-H3A型109.5O1-C3-C2型123.41 (18)
C3-O1-H1A型109.5C4-C3-C2型119.84 (19)
C15-C16-C17型118.1 (2)C15-C14-C13型118.1 (2)
C15-C16-H16A型120.9C15-C14-H14A121
C17-C16-H16A型120.9C13-C14-H14A型121
C7-C6-F1型118.4 (2)C10-C11-C12号机组126.55 (19)
C7-C6-C5型122.9 (2)C10-C11-H11A型116.7
F1-C6-C5型118.66 (19)C12-C11-H11A型116.7
臭氧-C9-C8122.42 (18)C3-C2-C7型118.35 (18)
臭氧-C9-C10115.18(17)C3-C2-C1型120.26(18)
C8-C9-C10型122.40 (18)C7-C2-C1号机组121.38 (18)
氧气-C1-C8119.71 (18)C16-C17-C12121.6 (2)
氧气-C1-C2118.55 (17)C16-C17-H17A型119.2
C8-C1-C2号机组121.72 (18)C12-C17-H17A型119.2
C6-C7-C2型119.3 (2)C11-C10-C9124.61 (19)
C6-C7-H7A型120.4C11-C10-H10A型117.7
C2-C7-H7A型120.4C9-C10-H10A117.7
C4-C5-C6118.6 (2)F2-C15-C16层118.1 (2)
C4-C5-H5A型120.7F2-C15-C14层118.8 (2)
C6-C5-H5A细胞120.7C16-C15-C14123.1 (2)
C14-C13-C12121.1 (2)C17-C12-C13型117.98 (19)
C14-C13-H13A型119.5C17-C12-C11122.39 (18)
C12-C13-H13A型119.5C13-C12-C11119.63 (19)
C9-C8-C1122.19 (19)C5-C4-C3121.0 (2)
C9-C8-H8A118.9C5-C4-H4A119.5
C1-C8-H8A型118.9C3-C4-H4A型119.5
O1-C3-C4型116.75 (18)
F1-C6-C7-C2型179.82 (18)C8-C1-C2-C79.5 (3)
C5-C6-C7-C2型0.0 (4)C15-C16-C17-C120.0 (3)
C7-C6-C5-C40.7 (4)C12-C11-C10-C9178.58 (19)
F1-C6-C5-C4型179.0 (2)O3-C9-C10-C111.7(3)
O3-C9-C8-C10.7(3)C8-C9-C10-C11号机组178.0 (2)
C10-C9-C8-C1179.63 (18)C17-C16-C15-F2179.84 (19)
氧气-C1-C8-C90.8 (3)C17-C16-C15-C140.2 (4)
C2-C1-C8-C9179.13 (19)C13-C14-C15-F2179.86 (19)
C12-C13-C14-C150.1 (3)C13-C14-C15-C160.2 (4)
O1-C3-C2-C7178.50 (19)C16-C17-C12-C130.3 (3)
C4-C3-C2-C7型2.1 (3)C16-C17-C12-C11179.90 (19)
O1-C3-C2-C12.1 (3)C14-C13-C12-C170.3 (3)
C4-C3-C2-C1型177.29 (19)C14-C13-C12-C11179.87 (19)
C6-C7-C2-C3型1.4 (3)C10-C11-C12-C174.8 (3)
C6-C7-C2-C1177.92(19)C10-C11-C12-C13175.4 (2)
O2-C1-C2-C38.5 (3)C6-C5-C4-C3型0.1 (3)
C8-C1-C2-C3169.85 (18)O1-C3-C4-C5179.18 (19)
氧气-C1-C2-C7172.14 (18)C2-C3-C4-C5型1.3 (3)
氢键几何形状(λ,º) 顶部
-H(H)···A类-H(H)H(H)···A类···A类-H(H)···A类
O1-H1型A类···氧气0.821.842.558 (2)145
O1-H1型A类···臭氧0.822.553.145 (2)130
臭氧-H3A类···氧气0.821.812.532 (2)146
臭氧-H3A类···氧气0.822.382.856 (2)118
C10-H10型A类···二层0.932.513.326 (3)147
对称代码:(i)x个1,+2,z(z)+1; (ii)x个三,+1/2,z(z)+1/2.
氢键几何形状(λ,º) 顶部
-H(H)···A类-H(H)H(H)···A类···A类-H(H)···A类
O1-H1A··O20.821.842.558 (2)145
O1-H1A···O30.822.553.145 (2)130
O3-H3A··O20.821.812.532 (2)146
O3-H3A··O20.822.382.856 (2)118
C10-H10A···F20.932.513.326 (3)147
对称代码:(i)x个1,+2,z(z)+1; (ii)x个三,+1/2,z(z)+1/2.
 

鸣谢

这项工作得到了国家科学基金(81072549和81302652)和福建省自然科学基金(2011J05101)的资助

工具书类

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