1.科学范围
晶体学报D辑,结构生物学欢迎提交涵盖结构生物学任何方面的文章,特别强调生物大分子的结构或用于测定它们的方法。
关于具有生物重要性的新结构的报告可能会将最小的大分子介绍给最大的复杂分子机器。这些结构可以使用任何结构生物学方法来确定,包括晶体学、核磁共振、低温电子显微镜和/或其他技术。关键标准是,这些文章应该对生物、化学或医学科学提出重要的新见解。鼓励纳入支持结构研究结论的补充数据(例如结合研究、质谱、酶分析或突变或其他生物大分子修饰形式的分析)。
方法文章可能包括生物结构测定或结构分析的任何方面的新方法,但仅在其重点放在证明对结构生物学具有普遍适用性和重要性的新方法上时才被接受。如果分析能为其他面临类似问题的人提供有用的见解,那么描述结构生物学中特别困难问题的文章也受到欢迎。
2.捐款类别
投稿应符合期刊的一般编辑风格。典型文章可访问https://journals.iucr.org/d/issues/sample/.写文章时应考虑广泛的结构生物学读者。
2.1. 研究论文
全长研究论文通常不应超过15页日志(约15页 000字)。
2.2. 主要文章
主要文章是对主要研究领域的权威、全面和前瞻性评论。欢迎对合适主题和潜在作者的建议横断面编辑器.
版面编辑将与受邀作者讨论主题处理、文章长度和交付日期。
2.3. 专题文章
专题文章是一项重点调查,涵盖当前研究领域的最新进展。简要介绍应提供历史观点,简要结论应指明可能的未来方向。纳入相关的新结果是适当的。
专题文章大约有十个期刊页(10 000字)。还积极鼓励发表关于快速发展领域的短篇文章。
2.4. 专题评论
专题评论目的是捕捉一个领域的当前趋势,预计相对较短。通常,它们应该包含大约6000个单词和最多50个参考文献,其中一半是在过去三年内出版的。
2.5. 给编辑的信
这些可能涉及晶体学的非技术方面,它的作用,它的传播,它的学会的适当功能等.,或可能进行技术性观察,以便向更广泛的受众提供有用的信息。它们也可以用作发表后讨论的手段。信件应提交给横断面编辑器.
2.6。科学评论
欢迎读者对一般科学感兴趣的评论。这些页面通常不应超过两个日志页面。
2.7. 科学评论
科学评论讨论对期刊读者特别重要的文章。编辑欢迎对合适主题和潜在作者的建议。
3.物品的提交和处理
3.4. 物品的转让
在极少数情况下,如果一篇文章似乎更适合另一份期刊,编辑可能会建议将其转载到另一份IUCr期刊。传递过程很快,因为文章可以与相应的评论一起从一个期刊无缝地传递到另一个期刊。新期刊的编辑通常会根据现有评论做出决定,但有时会邀请其他评论员。请注意,只有在与提交作者进行充分讨论后,才能对出版杂志进行任何更改。
3.5. 作者的保证和道德考虑
文章的提交被视为一种隐含的保证,即作品是原创的,是作者自己的作品,所有作者都知道并同意提交的内容,参与研究的所有工人都被列为作者或在确认书中给予适当的信任,该文章尚未发表(以任何语言或媒介),在考虑期间,该文章未被考虑,也不会在其他地方提供截面图D作者应避免多次或重复发表(基本上相同的研究发表在多个期刊上)。事先将材料纳入非正式出版物,例如预打印服务器,受到IUCr期刊的欢迎。
文章的合著者应该是所有对所报告的工作做出重大科学贡献的人,包括想法及其执行,并对结果承担责任和问责的人。其他捐款应在确认书中注明。对作者名单的更改通常需要得到编辑和所有作者的同意。
IUCr是COPE(出版道德委员会)的成员,支持其建议,包括编辑行为准则,可在https://www.publicationethics.org/。有关与出版相关的道德考虑的更多信息,请参阅IUCr的道德出版政策.
在期刊上发表文章的作者可能会被要求审阅提交给期刊的文章。
3.6. 人工智能工具
作者在准备文章时可以使用人工智能工具。然而,这些工具可能不会被列为作者,因为它们不能对作品负责。文本的所有合著者都应仔细检查是否存在使用人工智能工具时引入的任何错误。使用AI工具的作者应在方法或确认部分记录此用法。
3.7. 作者申诉程序
如果作者认为某篇文章受到合编人不公正的对待,则可以首先向编辑部提出上诉,要求重新审查,最后,如果仍对该决定感到不满,则可以向IUCr期刊的主编提出上诉。首次上诉应在该条款被驳回后三个月内提出。主编的决定是最终决定。
4.文章准备
4.1、。一般信息
文章应该写得简明扼要,以便读者尽可能广泛地阅读。在准备文章之前,作者应该查阅当前期刊,熟悉一般格式,如标题的使用、表格的布局和参考文献的引用。样本问题可在https://journals.iucr.org/d/issues/sample/.
文章的标题应吸引广大读者,并应包括主题领域的关键短语。最有效的标题通常长度不超过10-12个单词。应避免使用缩略语或缩写。
所有稿件应附有英语摘要还有一两句话剧情简介将文章的主要发现纳入目录页。作者还应提供至少五个精心选择的关键字。这些可能包括与文章主题相关的同义词和特定短语。
这个摘要应尽可能具体和定量地说明所获得的主要结果及其广泛意义。对于研究论文,主要文章或专题文章这个摘要应该在250字左右。短稿150字就够了。这个摘要应适合通过抽象服务而不改变措辞进行复制。它不应提及文章中包含的表格、图表、原子序数或公式。它不应包含脚注,也不应包含“we”或“I”的用法。
4.3. 图表和照片(“数字”)
准备数字的一套指南可从以下网址获得:https://journals.iucr.org/d/services/help/artwork/guide.html高分辨率图形应以第3.2节中列出的文件格式之一提交为了便于复习,文章中还应在第一次提到数字时加入数字及其相应的标题。
应优化数字的选择,以生成符合清晰度的最短文章。应避免在图和表中重复显示相同的信息,文本也应避免冗余。可存放补充数据(见第6节).
应提供一幅图像,总结论文的信息,并可用作目录页和文章第一页上的图形摘要或缩略图。
蛋白质结构文章的作者需要提供一个图表来说明蛋白质的整体折叠,以及一个图表,说明任何相关的侧链或配体与电子密度的匹配。这些数字可以作为手稿的一部分或作为支持信息提供(参见第6节).
光纤数据应包含适当的信息,例如数据的照片。在使用粉末状拟合或细化(Rietveld)方法的文章中,表示所研究材料的实验和计算衍射轮廓的图形也应包含差异轮廓(另见第5.7节).
4.3.1. 质量
第3.2节所列格式的电子文件对高质量繁殖至关重要。位图图形的分辨率应至少为600 每日一次。
4.3.2. 大小
图表应尽可能小,以符合易读性。它们的尺寸通常应确保包括文字在内的最大宽度小于日记账中一列的宽度(8.8 厘米)。
4.3.3. 字母和符号
精细的细节和文字应足够大,以便清晰易读(理想情况下为1.5–3 高度为mm)。
应尽量减少字体;如果不需要网格和阴影来提高清晰度,则应避免网格和阴影。说明性内容应放在标题中。
包含晶体的图像上应包含比例尺。
4.3.4. 编号和标题
图表应按照文本中引用的顺序在单个系列中编号。每个图都应附有标题。
4.3.5. 立体图像
当包含原子标签时,应在立体视图中的左视图和右视图上。两个视图都应该合并到一个图形中。立体图形应该是墙边的(即左眼图像)。
4.3.6. 彩色数字
接受彩色数字作者无需支付费用.
准备彩色图形的作者应该考虑图形在灰度中的外观,以及对于有色人种的读者来说。对比度差非常重要(例如白色背景的浅色)。
4.3.7. 封面图
鼓励作者为该杂志的封面插图提供建议。
4.4. 桌子
在Word中提交的作者应使用Word表格编辑器准备表格。也可以按照第4.4.3节准备实验表如下所示。
4.4.1. 表格的使用
广泛的数字信息通常以最经济的方式列在表格中。文本和图表不应与表格冗余。
4.4.2. 设计、编号和尺寸
表格应按照文本中引用的顺序,在一系列阿拉伯数字中编号。应为其提供标题。
桌子应精心设计,以占用最少的空间,并保持清晰。
4.6. 数学和字母符号
在Word中提交的作者应使用Word公式编辑器准备显示的数学公式。
除标量积外,应避免使用停止(句点)表示乘法。通常不需要符号,但如果需要,则应使用乘号(×)。
标量变量和非标准函数应以斜体显示。
矢量应为粗体,张量应为粗体字。
希腊字母不应该拼写出来。
应注意不要因使用相同字母符号的两种不同含义而引起混淆。
应避免使用哥特式、手写体或其他不寻常的字体。如果作者使用的字体不可用,可以用另一种字体代替。
所有显示的方程式,包括已发布附录中的方程式,应在单个序列中编号。
4.7. 术语
4.7.1. 单位
这个国际单位制(SI)使用的是,但不包括ángström(符号Au,定义为10−10 m) 通常首选纳米(nm)或皮米(pm)作为适当的长度单位。应使用十进制倍数的推荐前缀,而不是`× 10n个'.
4.7.4. 化合物命名等。
化学公式和命名应符合国际纯粹化学和应用化学联合会制定的命名规则(IUPAC公司)国际矿物学协会(IMA公司)以及其他适当的机构。晶体命名法应尽可能与系统名称相对应。
可以保留任何公认的琐碎或非系统名称,但也应给出相应的系统(IUPAC)名称。
4.9. 工具书类
引用已发表的作品时,应注明作者姓名,紧跟出版年份,例如Neder&Schulz(1998)或(Neder&Schulz,1998)。如果有三位或三位以上作者,文本中的参考应以Smith的形式表示等。(1998)或(史密斯等。, 1998).
参考列表应按字母顺序排列,并符合以下风格:
Agirer,J.、Atanasova,M.、Bagdonas,H.、Ballard,C.B.、Basle,A.、Beilsten-Edmands,J.,Borges,R.J.、Brown,D.G.、Burgos-Mármol,J.J.、Berrisford,J.M.、Bond,P.S.、Caballero,I.、Catapano,L.、Chojnowski,G.、Cook,A.G.、Cowtan,K.D.、Croll,T.I.、Debreczeni,J。,Devenish,N.E.,Dodson,E.J.,Drevon,T.R.,Emsley,P.,Evans,G.,Evans,P.R.,Fando,M.,Foadi,J.,Fuentes-Montero,L.,Garman,E.F.,Gerstel,M。,Kovalevskiy,O.、Lamzin,V.S.、Lawson,D.M.、Lebedev,A.A.、Leslie,A.G.W.、Lohkamp,B.、Long,F.、Mal,M.、McCoy,A.J.、McNicholas,S.、Medina,A.、Millan,C.、Murray,J.W.,Murshudov,G.n.、Nicholls,R.A.、Noble,M.E.M.、Oeffner,R.、Pannu,n.、Parkhurst,J.M.、Pearce,n.,Pereira,J.、Perrakis,A.、Powell,H.R.、Read,R。J.、Rigden、D.J.、Rochira、W.、Sammito、M.、Sánchez Rodríguez、F.、Sheldrick、G.M.、Shelley、K.L.、Simkovic、F.,Simpkin、A.J.、Skubak、P.、Sobolev、E.、Steiner、R.A.、Stevenson、K.、Tews、I.、Thomas、J.M.H、Thorn、A.、Valls、J.T.、Uski、V.、Usón,I.、Vagin、A.、Velankar、S.、Vollmar、M.,Walden、H.、Waterman、D.、Wilson、K.S.、Winn第页,M.D.、Winter、G.、Wojdyr、M.和Yamashita,K.(2023年)。《水晶学报》。天79, 449–461.
Brünger,A.T.(1992年一).X-PLOR公司。3.1版。X射线晶体学和核磁共振系统美国康涅狄格州耶鲁大学。
Brünger,A.T.(1992年b条).自然,355, 472–474.
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国际结晶学联合会(2023年)。(IUCr)国际结晶学联合会, https://www.iucr.org。
Petit,G.A.、Mohanty,B.、McMahon,R.M.、Nebl,S.、Hilko,D.H.、Wilde,K.L.、Scanlon,M.J.、Martin,J.L.和Halili,M.A.(2021)。生物Rxiv, https://doi.org/10.1101/20210.03.25.436878。
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Sheldrick,G.(2008)。《水晶学报》。A类64. 112–122.
Smith,J.(2022)。《水晶学报》。天78在媒体上。
Yariv,J.(1983年)。个人沟通。
请注意,所有作者和包容的应该给出页码。
使用数据库参考(识别)代码识别文章中的单个结构时,应附上参考列表中原始文献的完整引用。
支持信息中的引文应出现在文章正文或相关文献部分。
5.数据要求
为了让其他人能够复制、验证和建立在IUCr期刊上发表的工作,作者应免费提供支持数据。在这种情况下,IUCr通过了数据共享策略这就要求对结构文章中支持结果的数据进行同行评审,并将其与IUCr或适当的公共存储库一起存档。出于同行审查的目的,作者被要求在提交时提供对其数据的访问权限。
作者应遵循IUCr生物大分子委员会的沉积建议[《水晶学报》。(2000),D56, 2]. 对于大分子的所有结构研究,坐标和相关实验数据(强度及其估计的标准不确定度和/或核磁共振限制)应存放在世界蛋白质数据库的成员站点(https://www.wwpdb.org). 作者应在提交给期刊之前将其数据存放在wwPDB,并且数据应在发布时发布。
5.1. 验证报告
结构文章的作者需要提供从wwPDB获得的每个结构的完整官方验证报告。有关验证报告的更多信息,请参阅在线提交说明.
5.2. 晶体结构
预计晶体结构将截面图D将经过晶体细化。对于每个结构模型,应在提交时提供以下信息:wwPDB参考代码、完整的wwPDP验证报告、包含坐标的文件(mmcif或pdb格式)和反射数据文件,最好是强度及其估计的标准不确定度(mmciv或mtz格式)。还鼓励作者上传异常色散数据和/或适当的实验阶段(例如用于金属识别)。
每个结构件通常包括标准实验台。有关晶体结构测定标准实验表的更多信息和模板,请访问https://journals.iucr.org/services/mx/.
应提供有关构建模型和优化结构所遵循步骤的足够详细信息。还要求:溶剂原子数;溶剂B类价值观;使用的细化方法的历史和显著细节,包括使用的限制;对如何处理热参数的描述;以及在精制过程中如何选择和处理溶剂位点。
应描述任何被认为有些不寻常的结构特征。示例包括顺式肽键;蛋白质内部的未占体积、不参与盐桥或合理氢键环境的埋藏电荷基团;甘氨酸和脯氨酸残基的异常位置;分子中极性基团和疏水基团的异常分布;以及不寻常的键长、键角、平面、分子内和分子间接触。
任何未被当前模型解释或解释不明确的未解释电子密度都应进行讨论。
5.5. 核磁共振数据
对于NMR测定的结构,作者应将其数据(分子坐标、指定的化学位移和最后一轮精炼中使用的约束数据)存放在wwPDB和BMRB(网址:https://bmrb.io/)在提交给期刊之前,数据应在发布时发布。建议同时存放NOE峰值列表。对于每个结构模型,应在提交期间提供以下信息:wwPDB参考代码;完整的wwPDB验证报告、分子坐标(mmcif或pdb文件)、化学位移文件(.str)、至少一个约束文件(.tbl或.mr)。还鼓励作者上传峰值列表文件。
有关核磁共振结构测定标准实验表的更多信息和模板,请访问https://journals.iucr.org/services/nmr/.
5.6. 中子衍射数据
在报告中子数据的文章中,不应包括初步的核密度图,除非R(右),R(右)自由的给出了相关系数和误差估计。
5.8. 小分子结构测定
报告小分子或材料晶体结构测定结果的文章作者应以CIF格式的单个电子文件形式提供数据。还需要CIF格式的结构因素数据。
5.9. 原始数据
对于描述在未发布数据上测试的新结构或新方法的文章,建议作者安排将其原始原始衍射数据存档在为数据分配DOI的存储库中。应在提交过程中提供指定的doi,并在发布时建立从文章到数据的链接。
7.作者信息和服务
作者服务页面可在https://journals.iucr.org/d/services/authorservices.html.
7.1. 作者工具
有许多工具可用于帮助准备文章。
Word、OpenDocument和LaTeX模板可以从作者服务页面下载。
Word模板中的表格工具可用于从mmCIF或wwPDB中发布的结构中准备实验表格。
7.3. 校样
将以便携式文档格式(pdf)提供证据。当校样准备好下载时,提交作者将收到电子邮件通知。
7.4. 重印
发布后,提交作者可以下载电子转载免费阅读已发表的文章。
7.5. 开放存取文章
每一篇开放存取文章的最终出版版本代表作者存放在PubMed Central。