入门

特征

• 通过将系统描述为混合耦合跳跃/连续马尔可夫过程，更有效地模拟随机动力学
• 使用固定或自适应随机数值解化学Langevin和微分跳跃方程的结果系统积分器
• 生物/化学反应系统的自动和动态划分
• 不先验的所需的时间尺度分离知识
• SDE特征良好的随机数值积分器控制的解的精度
• 支持许多速率定律。很容易添加额外的速率定律
• 支持非马尔可夫事件，如伽马或高斯分布跃迁
• 细胞复制包括在高斯分布复制时间发生的离散事件
• 动力学参数和初始条件的组合探索
• 动力学参数和物种浓度的系统扰动
• 使用NetCDF文件格式：支持快速写入/读取超大模型和解决方案数据集
• 目标生产平台：运行Linux的MPI可支持集群（根据需要支持其他平台）
• 易于使用（但简单）的图形用户界面可用于快速定义生物/化学反应系统
• 解决方案数据可以直接读入MATLAB或其他科学软件，进行分析和绘制，以提高研究效率

文档

• 说明关于使用GUI和运行模拟
• 有用的提示用于在Matlab中分析和显示解决方案数据
• 一个例子Matlab M文件脚本创建Hy3S NetCDF文件。
• 常见问题(常见问题解答)

开发商角

错误警报！

• 当解决方案变量存在但不包含数据时，尝试使用GUI的Plot解决方案窗口会导致Matlab Java异常（崩溃！）。我建议使用NetCDF工具箱分析解决方案数据。

新闻

• 2006年2月26日：《多尺度Hy3S：超级计算机的混合随机模拟》一文发表于BMC生物信息学。我们希望这篇文章提供了HyJCMSS方法如何工作的详细解释。不过，我们预计Hy3S项目将继续发展，添加更多高级算法和有用的功能。记住，这是一个开源项目：可以随意重用代码，但如果可以，请参考此项目。请随时与我们联系关于代码或算法的任何问题。谢谢您！


• 2005年10月20日：大量增加：增加了三种额外的方法来对SDE进行数值积分，包括固定时间步长Milstein方法（一阶强精度）和使用带有Euler-Maruyama或Milstein的Brownian桥的自适应时间步长方法积分器。现在共有5种不同的算法用于计算反应网络的随机动力学（如果包括MPI，则为10种并行版本）。为了适应所有不同的方法，我们回到了在源代码，它打开/关闭代码的不同部分，而不是创建源代码的许多不同版本。因此，Makefile仅适用于“英特尔Fortran编译器Linux版”。许多其他编译器支持简单的声明语句，因此可以根据其他系统不应该太难。更改在CVS树中，但x86和ia64的二进制文件将很快发布。


• 更多新闻！

示例——天然和合成系统

• 更新：增加了BMC生物信息学论文中的示例。