IsoRank（2008）

我们描述了一种多蛋白间全局比对的算法-行动（PPI）网络。该算法旨在最大化整个匹配所有输入网络。据我们所知，这是这个问题的第一个算法。相比之下，该领域以前的大部分工作都集中在本地网络上对齐。我们算法背后的直觉是一个PPI网络中的蛋白质-如果工作的邻居是另一个网络中的蛋白质，那么工作就是一个很好的匹配很适合后者的邻居。我们通过构造来编码这种直觉每对输入网络的特征值问题及k部分匹配以提取所有物种的最终全局排列。使用我们的算法我们从五个PPI网络中计算出第一个已知的全局对齐种类：酵母、苍蝇、蠕虫、老鼠和人类。立即实现全球一致性建议这些物种的功能性直系祖先；我们相信这是第一盘涵盖所有五个物种的功能性直系木。我们证明这些功能正射影像与当前的序列正射影像预测方法相比有优势，包括更好地预测与某些人类疾病相关的直系图蛋白质。

如果您使用IsoRank，请引用本文：
Rohit Singh、Jinbo Xu和Bonnie Berger。（2008）多蛋白质相互作用网络的全球比对及其在功能性正畸检测中的应用，程序。国家。阿卡德。科学。美国, 105:12763-12768. (补充信息)

IsoRankN（2009年）

我们描述了IsoRankN（IsoRank Nibble），这是一种基于成对比对分数诱导图上的谱聚类的全局多网络比对工具。在五个可用真核生物网络的多重比对中，IsoRankN在覆盖范围和一致性方面优于现有的全局网络比对算法。IsoRankN基于谱方法，具有容错性和计算效率。

我们的软件可免费用于非商业目的。样本数据可从以下网址下载在这里。有关更多信息，请访问http://cb.csail.mit.edu/cb/mna/isobase/.

IsoRankN 64位Linux可执行文件（加速版），用于更快的对齐（图片提供：Chung-Shou Liao）。
IsoRankN 64位Linux可执行文件（有关数据，请参阅上文）
IsoRankN 32位Linux可执行文件（有关数据，请参阅上文）

如果您使用IsoRankN，请引用本文：
廖忠寿、陆康浩、，Michael Baym、Rohit Singh和Bonnie Berger。（2009）IsoRankN：光谱法用于多个蛋白质网络的全球比对，生物信息学，25:i253-i258。