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GATE Bio-YODIE公司

Bio-YODIE是一个命名实体链接系统,源于盖特·尤迪。它将生物医学文本中的提及内容链接到UMLS大学,一个大型且流行的医学术语。Bio-YODIE作为K连接项目。

下面的屏幕截图显示了在GATE GUI中的测试文档上运行的French Bio-YODIE。需要注意的最重要的一点是,所选注释(黄色)已由应用程序添加到文档中,并添加了一些功能,如弹出窗口中提到的“utiliateurs de drogues”所示。输出注释显示在“bio”注释集中。

许多功能与实验性的消歧方法有关,并且在不断变化,但对最终用户有价值的功能包括“inst”(CUI)和“STY”(根据UMLS,语义类型)。例如,CUI可用于链接到基于UMLS的知识源,以用于语义丰富应用程序。例如,STY可以用来查找文本中的所有疾病名称。

该应用程序通过查找与UMLS中的标签相对应的文本中的所有提及来工作。在某些情况下,一段文本可能有多种可能的解释。在这种情况下,将使用各种知识源来选择最佳解释。

Bio-YODIE也可作为服务提供-您可以尝试一下在这里.请联系宋兴义(谢菲尔德dot ac dot uk的首字母dot姓)了解更多信息。

还提供Bio-YODIEGitHub上的开源.

要引用Bio-YODIE,请使用Gorrell等人,2018年.

您还可以找到有关我们使用GATE进行生物医学文本处理的工作.