| 程序 | 描述 |
| 美国金融服务贸易协会 |
将蛋白质序列与另一蛋白质序列或蛋白质进行比较数据库或DNA序列到另一个DNA序列或DNA库。 |
|
SSEARCH公司 |
在蛋白质之间执行严格的Smith-Waterman比对序列和另一个蛋白质序列或蛋白质数据库，或DNA序列到另一个DNA序列或DNA库（非常慢）。 |
| FASTX公司/快速 |
将DNA序列与蛋白质序列数据库进行比较，翻译三个正向（或反向）帧中的DNA序列，并允许移帧。 |
| TFASTX公司/TFASTY公司
| 比较蛋白质序列与DNA序列或DNA序列库。DNA序列被翻译成三个正向和三个反向框架，并将蛋白质查询序列与六个派生序列中的每一个进行比较蛋白质序列。DNA序列从一端翻译到其他的；没有尝试编辑出干预序列。终止密码子被翻译成未知（“X”）氨基酸。 |
| FASTS公司/TFASTS公司
|
比较获得的短肽片段集根据蛋白质的质谱分析蛋白质(禁食)或DNA(t铸造)数据库。A类指定有序肽混合物需要不同的格式：>管理标准1MILG、MLLEYTD、MGDAP 表明发现了三个肽片段：MILG公司,MLLEYTD公司、和MGDAP公司.逗号(,)是需要指示混合物中碎片的数量，但最后一个余数后面应该没有逗号。 |
| LALIGN/PLALIGN公司
|
比较两个蛋白质序列以确定序列区域相似性。虽然FASTA、SSEARCH和[T]FASTX/Y报告了如果有两个序列，LALIGN将报告几个序列比对是几个类似的地区。LALIGN可以识别相似性，因为FASTA无法对齐的内部重复或类似区域因为差距。LALIGN报告序列比对和相似性得分。PLALIGN绘制出序列比对图，看起来很像一个“斑点”。
|
|
PRSS/PRFX公司
| 使用Monte评估两两相似性得分的重要性卡洛分析。两个序列的相似性得分为计算，然后将第二个序列洗牌200到1000次并与第一个序列进行了比较。PRSS可以使用以下两种方法之一洗牌策略。一种策略就是保持氨基酸整个洗牌序列的组成与无缓冲序列。第二，局部洗牌，破坏秩序但保留了混乱的序列。PRFX进行了类似的洗牌，但将使用FASTX算法将DNA序列转换为蛋白质序列。 |
|
润滑油
| Kyte-Doolittle水疗图。现代跨膜预测程序可从以下位置获得tmpred公司 |
|
加尼尔/CHOFAS公司
| 蛋白质二级结构预测 |