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注释

如何使用注释


它们是什么?它们有何用处?

注释是生物学术语或关系,例如疾病,化学物质或蛋白质相互作用读者阅读摘要和全文文章。这些条款是由文本挖掘算法识别,由各种文本开发矿业集团。

对于读者来说,注释使扫描文章和获得快速概述,找到关键概念,发现证据,如基因疾病关联或分子相互作用。注释启用用户通过链接text-mined来定位文本中的主要数据公共生命科学和化学数据库的实体。的目标注释是为了支持科学家和数据库管理员利用文本挖掘的力量进行文献研究促进文本挖掘者对科学进步的贡献。

有哪些类型的注释可用?

注释用于:

  • 欧洲PMC-数据库访问和资源名称,基因/蛋白质名称、生物体、疾病、化学品、基因本体术语和实验方法
  • 宏基因组学(EMERALD)-样品-材料、身体部位、宿主、状态,现场、地点、日期、工程、生态区、治疗、药盒、底漆,基因,LS,LCM,测序
  • ExTRI-转录因子-基因靶点
  • IntAct-蛋白质-蛋白质相互作用
  • PubTator-基因突变
  • PheneBank-细胞、基因突变、表型、分子、解剖、,路径
  • NaCTEM-生物事件(磷酸化)
  • OntoGene-细胞,细胞系,临床药物,序列,分子过程,器官/组织
  • 开放目标平台和DisGeNET-基因-疾病协会
  • SIB-基因功能(GeneRIF)声明和COVoc

使用注释

查看文章时,工具中会显示“注释”的链接右侧的菜单,如下所示。

查看关键术语

单击或轻触“注释”会在右侧打开一个新面板。在面板中选择术语将突出显示中的相关注释左边的文章文本。将鼠标悬停在突出显示上会打开弹出窗口。

突出显示的术语

弹出窗口显示指向相关数据库记录的链接注释的源和反馈链接。在以下情况下在一个句子中重叠的注释,我们突出显示最长的注释,短语中的单个注释可以是在弹出窗口中看到。

使用术语右侧的“查找”和“箭头”链接查找第一个,以及文本中该术语的后续实例。

读者发现注释很有用,这一点至关重要。读者可以对每个注释提供反馈,例如标记不正确注释或认可有用的注释。此信息反馈给欧洲PMC团队将采取行动,帮助改进注释。如果发现不正确的注释,或注释太通用,并且突出显示太频繁,您可以报告点击或点击突出显示的术语,然后使用弹出窗口中的反馈链接。您还可以批注如果反馈对您有用,请使用反馈链接。

提供注释


欧洲PMC是一个社区平台,开放供贡献加强我们与科学文献的互动。SciLite注释服务使文本挖掘者能够向更广泛的公众。我们欢迎短信和其他方面的贡献并鼓励他们在SciLite注释平台。任何短信小组都可以通过以下方式参与以特定格式提供注释.

入门

如果你是一个发短信的群体,并且能够提供注释的格式符合我们的要求,请与我们联系。您的自己的本地设置,或上的虚拟机EBI大使馆云也可以使用。

基本规则

  • 注释出现在所有摘要和全文文章中CC-BY、CC-BY-NC、CC0、CC-BY-SA或CC-BY-NC-SA许可证.
  • 在重叠注释的情况下,我们强调了最大值长度,并且可以在弹出窗口中看到各个贡献者菜单。
  • 读者可以控制他们看到的注释,并且可以如果他们愿意,提供反馈。
  • 欧洲PMC不对注释进行质量判断:这这是读者和广大文本爱好者的礼物。

Access注释API


可以使用新注解API。技术文件可用。API将提供所有摘要和全文的注释带有CC-BY、CC-BY-NC或CC0许可证或开放访问。注释可以通过以下方式提供给用户格式:

  • JSON格式
  • XML格式
  • JSON-LD格式
  • ID列表(_li)

这个JSON-LD(用于链接数据的JSON)格式基于Web注释数据模型W3C推荐。此模型提供的规范允许跨不同平台的注释交换。

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