欢迎使用真核生物线性母题（ELM）资源

该计算生物学资源主要关注真核生物线性基序（ELM）的注释和检测，它提供了注释的存储库motif数据和用于motif预测的探索工具。ELM或短线性基序（SLiM）是由相邻氨基酸的短延伸。它们富含蛋白质组的内在无序区域，并为蛋白质提供广泛的功能(Davey，2011年,Van Roey，2014年)它们在细胞调节中起着关键作用，也具有临床重要性，因为异常的SLiM功能与多种疾病和SLiM模拟物有关通常被病原体用来操纵宿主的细胞机械(Davey，2011年,乌亚尔，2014年)

ELM预测

这个ELM预测该工具扫描用户提交的蛋白质序列，以查找与ELM中定义的正则表达式的匹配。在对应的匹配之间进行区分以实验验证ELM数据库中已管理的基序实例，并匹配与基于序列的假定基序相对应的基序。由于SLiM较短且退化，过高的预测是可能的，许多假定的SLiM将是假阳性。然而，通过使用基于上下文信息的附加过滤器，可以提高预测能力，包括分类、细胞室、进化保护和结构特征。

ELM数据库

ELM关系数据库存储有关实验验证的SLiM的不同类型的数据，这些数据是从文献中手动整理的。ELM实例包括按基序类型、功能位点和ELM分类。功能站点包含一到多个ELM类，这些类由正则表达式和列表描述实验验证的motif实例与该序列模式匹配。ELM数据库中管理的所有数据都可以在ELM网站上根据以下类别进行搜索：

• 351带注释的ELM类
• 4,263经实验验证ELM实例在里面275分类单元
• 148 ELM方法中描述的4,274实验验证ELM实例的文章
• 716解决了的PDB结构用于管理的ELM实例（来自PDB公司)
• 190球状的ELM绑定域（来自Pfam公司,智能、和InterPro公司)
• 2,749 相互作用由策划的ELM实例介导
• 887管理的开关由策划的ELM实例（来自开关。ELM数据库)
• 1,063 路径从KEGG公司包含中注释的线性图案1297序列
• 289 病毒实例干扰主机蜂窝进程
• 11 ELM相关疾病注释为由异常基序功能引起
• 2示例，其中病原体滥用解除宿主细胞调控的基序

ELM候选人

ELM候选者页面包含候选者列表类和实例等待策划，并可由用户扩展：任何人都可以提交候选人，请提供尽可能多的信息。如果您有兴趣注释完整的ELM条目或个人实例，请联系ELM团队获取程序和奖项！

ELM信息

ELM信息页面提供了额外的详细信息，以帮助用户搜索ELM数据库中的数据以及搜索查询序列中的假定主题。这个帮助页面解释了如何使用正则表达式定义ELM类的序列模式，以及如何检测用户提交的查询序列中的假定主题，并描述了应用于增加预测工具的可靠性，并定义ELM资源中常用的术语。这个新闻列出更改和对ELM进行了更新，同时这个链接该页面列出了其他有趣的生物信息学资源的链接。资助信息，参与团体和ELM相关列表出版物可以在关于第页。

ELM下载

ELM数据库中管理的数据可以是已下载并根据ELM公司软件许可协议.

ELM API（ELM API）

ELM预测工具也可以通过ELM API以编程方式访问。阅读API手册了解更多信息。

免责声明

应用于蛋白质的短模式通常没有统计意义：因此，我们不能像BLAST搜索那样提供E值。这意味着显示的大多数匹配项是与真匹配相比，假阳性的可能性更大。我们希望ELM服务器的结果将被证明是有用的实验指南，但它们不应被视为事实调查结果。