监测:流行病的时空建模和监测现象

时间序列建模和监测的统计方法计数、比例和分类数据,以及建模传染病现象的连续时间点过程。监测方法侧重于计数数据时间中的像差检测传染病公共卫生监测系列,但应用程序也可以来源于环境度量,可靠性工程、计量经济学或社会科学。包裹实施许多典型的疫情检测程序,如(改进的)Farrington算法,或负二项式GLR-CUSUMHoehle和Paul的方法(2008)<doi:10.1016/j.csda.2008.02.015>.一种新的结合logistic和多项式logistic的CUSUM方法还包括建模。该包包含几个真实世界的数据集,能够模拟疫情数据,并可视化时间、空间或时空监测结果时尚。可用监测程序的最新概述如下Salmon等人(2016)给出<doi:10.18637/jss.v070.110>.对于疫情传播的回顾性分析,该软件包提供了三个带有可视化工具的流行病建模框架,似然推理和模拟。hhh4()估计模型Paul和Held(2011)之后的(多元)计数时间序列<doi:10.1002/sim.4177>和Meyer和Held(2014)<doi:10.1214/14-AOAS743>.twinSIR()对易感传染病复发(SIR)事件建模固定人口的历史,例如农场或网络中的流行病,作为Hoehle(2009)提出的多元点过程<doi:10.1002/bimj.200900050>. twistim()估计自激点感染事件时空点模式的过程模型,例如,根据Meyer等人(2012)<文件编号:10.1111/j.1541-0420.2011.01684.x>.已实现时空建模框架的最新概述Meyer等人(2017年)给出了流行现象<doi:10.18637/jss.v077.i11>.

版本: 1.22.1
取决于: R(≥3.6.0),方法,grDevices,图形,stats,utils,服务提供商(≥ 1.0-15),可发送的(≥ 1.7-0)
进口: 卢比(≥0.11.1),polyCub公司(≥ 0.8.0),MASS(质量),矩阵,nlme公司,spastat.geom公司
链接到: 卢比,polyCub公司
建议: 平行、网格、,额外网格(≥ 2.0.0),晶格(≥ 0.20-44),色彩空间,规模,动画,msm公司,特殊目的公司,尾波,runjags公司、INLA、,spdep公司,数字派生,最大Lik,全球供应链,扇形图,hhh4触点,二次规划优化函数,备忘录,多唇,间隔,内脏,形状的广义可加模型,MGLM公司(≥ 0.1.0),平方英尺,小测试(≥ 1.2.4),针织物
增强功能: xts码,ggplot2
出版: 2023-11-28
作者: 迈克尔·霍勒ORCID标识[aut,ths],塞巴斯蒂安·梅耶ORCID标识[aut,cre],迈克拉·保罗,莱昂哈德·赫尔德,霍华德·伯科姆,泰国科雷亚,马蒂亚斯·霍夫曼,克里斯蒂安·朗,朱利安·曼尼茨,Andrea Riebler[ctb],Daniel Sabanes Bove[ctb],梅勒·三文鱼,德克·舒马赫,斯特凡·斯坦纳,米科·维塔宁,魏伟[ctb],瓦伦汀·威默[ctb],R核心团队[ctb](一些代码段是代码的修改版本从基础R)
维护人员: 塞巴斯蒂安·梅耶(Sebastian Meyer)
许可证: GPL-2型
网址: https://surveillance.R-Forge.R-project.org/
需要编译:
其他仓位(_R): https://inla.r-inla-download.org/r/stable网站/
引用: 监控引文信息
材料: 新闻
在视图中: 环境计量学,流行病学,时空,时间序列
CRAN检查: 监测结果

文档:

参考手册: 监督.pdf
渐晕图: algo.glrnb:使用广义似然比统计量统计数据回归图
hhh4:传染病计数的流行病建模框架
疫情检测入门
hhh4(时空):面积计数时间序列的地方流行病学建模
R中的监测计数时间序列:公共卫生监测中的畸变检测
twinSIR:已知距离的固定人群的个体级流行病建模
twinstim:一个时空点模式的特有流行病建模框架

下载:

包源: 监督_1.22.1.tar.gz
Windows二进制文件: r-预发布:监管_1.22.1.zip,r版本:监管_1.22.1.zip,r-oldrel:监督_1.22.1.zip
macOS二进制文件: r-prerel(arm64):监督_1.22.1.tgz,r-release(arm64):监督_1.22.1.tgz,r-oldrel(arm64):监督_1.22.1.tgz,r-prerel(x86_64):监督_1.22.1.tgz,r-release(x86_64):监督_1.22.1.tgz
旧来源: 监督档案

反向依赖关系:

反向取决于: hhh4触点
反向进口: EpiSignal检测
反向建议: ts计数

链接:

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