msigdbr:潮汐数据格式中多个生物体的MSigDB基因集

提供“分子特征数据库”(MSigDB)基因通常与“基因集富集分析”(GSEA)一起使用的集合软件(Subramanian等人,2005<doi:10.1073/pnas.0506580102>,Liberzon等人,2015年<doi:10.1016/j.cels.2015.12.004>)在标准R中具有键值对的数据帧。这个包装包括人类基因以及相应的符号和ID经常研究的模型生物,如小鼠、大鼠、猪、苍蝇和酵母。

版本: 7.5.1
取决于: R(≥3.4)
进口: 巴别尔金,数字播放器(≥ 0.7.0),马格里特,拉朗,易怒的,潮汐选择
建议: 针织物,rmarkdown公司,测试那个
出版: 2022-03-30年
作者: 伊戈尔·多尔加列夫ORCID标识[aut,cre]
维护人员: 伊戈尔·多尔加列夫
错误报告: https://github.com/igordot/msigdbr/问题
许可证: 麻省理工学院+文件许可证
网址: https://igordot.github.io/msigdbr/
需要编译:
材料: 自述文件 新闻
在视图中: 组学
CRAN检查: msigdbr结果

文档:

参考手册: msigdbr.pdf格式
渐晕图: msigdbr简介

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程序包来源: msigdbr7.5.1.tar.gz
Windows二进制文件: r-预发布:msigdbr_7.5.1.zip文件,r版本:msigdbr_7.5.1.zip文件,r-oldrel:msigdbr_7.5.1.zip文件
macOS二进制文件: r-prerel(arm64):msigdbr7.5.1.tgz,r-release(arm64):msigdbr7.5.1.tgz,r-oldrel(arm64):msigdbr7.5.1.tgz,r-prerel(x86_64):msigdbr7.5.1.tgz,r-release(x86_64):msigdbr7.5.1.tgz
旧来源: msigdbr存档

反向依赖关系:

反向取决于: GSDA公司,大规模GST
反向进口: ATACCoGAPS公司,AutoPipe(自动管道),ChromS磁带,CoGAPS公司,逃跑,炒作R,MAGECK稀释液,netgsa公司,路径查找R,裂谷热(RVA),sc功能,scITD公司,scTGIF公司,单细胞TK,天顶
反向建议: 扩展浏览器,fgsea公司,gCrisprTools工具,基因基特,基因NMF,基因组超级特征,格兰德R,黑客信号,OlinkAnalyze(OlinkAnalyzer),成对GSEA,帕雷格,PDATK(掌上电脑),鸭嘴兽,rGREAT公司,简单丰富,麻雀,垃圾堆

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