元微生物组:微生物组数据分析和GAMLSS-BEZI元分析&随机效果

位置、规模和形状的广义可加模型(GAMLSS)使用零膨胀β(BEZI)家族分析微生物相对丰度数据(具有各种数据转换/规范化选项,以解决合成效果)和微生物组研究荟萃分析的随机效应荟萃分析模型已实现。基于相对丰度预测微生物群年龄的随机森林模型与孟加拉国数据共享细菌属(Subramanian等人2014),用线性/线性混合效应模型比较多种多样性指数并实现了一些数据的显示/可视化。参考文件由Ho NT、Li F、Wang S、Kuhn L(2019)<doi:10.1186/s12859-019-2744-2> .

版本: 1.2
取决于: R(≥4.0.0),形状的广义可加模型
进口: ,lme4公司,格达塔,普利尔,dplyr公司,第三年,ggplot2,额外网格,lmer测试,矩阵统计,z成分,成分
建议: 测试那个,RCurl(RCurl),高温气冷堆,雷普米斯,jsonlite公司,针织物,rmarkdown公司,gr设备,gplots(gplots),马格里特、工具、,外国的,mgcv公司,重塑2,插入符号,随机森林,锡伯,R彩色啤酒
出版: 2020-11-09
作者: Nhan Ho[奥特,克]
维护人员: Nhan Ho<gmail.com上的nhahocumc>
错误报告: https://github.com/nhahocu/metamicobiomeR/issues(https://github.com/nhanhocu/metammicrobiomeR/问题)
许可证: GPL-2型
网址: https://github.com/nhahocu/metamicobiomeR
需要编译:
在视图中: 元分析
CRAN检查: 代谢微生物组结果

文档:

参考手册: 代谢微生物.pdf
渐晕图: 代谢微生物

下载内容:

包源: 超显微生物技术R_1.2.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:代谢微生物R_1.2.zip,r版本:代谢微生物R_1.2.zip,r-oldrel:代谢微生物R_1.2.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):代谢微生物R_1.2.tgz,r-oldrel(arm64):代谢微生物R_1.2.tgz,r-版本(x86_64):代谢微生物R_1.2.tgz
旧来源: 代谢微生物档案

链接:

请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=元微生物链接到此页面。