嘻哈:使用双等位基因标记进行亲子鉴定

可用于父子关系和产假分配,表现优异密切相关的个体出现在可能的父母。该方法将后代的基因型与任何组合潜在的父母,并对这些不匹配的数量进行评分具有双等位基因标记的个体(例如单核苷酸多态性)。阐述了一种基于纯合子反向检验的先验排除方法(HOT;豪氏威马2017<doi:10.1111/1755-0998.12665>)通过引入附加排除标准HIPHOP(纯合子同父,排除杂合子代;Cockburn等人,修订版)。潜力如果父母的错配比可以的多,则将被排除在外由于基因分型错误和突变,因此可以识别真正的遗传父母,并检测其中一个(或两个)真正的父母父母没有被抽样。“嘻哈”套餐可以处理(a)有以下情况是关于母亲亲子关系的上下文信息参与生殖任务,如筑巢),但亲子关系未知(例如由于乱交),(b)父母双方都需要被分配,因为没有关于哪个雌性产卵和哪个的上下文信息雄性使其受精(例如多雌交配系统雄性将幼体寄存在一个共同的巢穴中,或是外部受精的有机体中聚集繁殖)。详情:Cockburn,A.,Penalba,J.V.,Jaccoud,D.,Kilian,A.,Brouwer,L。,Double,M.C.,Margraf,N.,Osmond,H.L.,van de Pol,M.和Kruuk,L.E.B。(修订中)。HIPHOP:改善近亲之间的亲子鉴定对双等位基因标记使用简单的排除方法。分子生态学资源,DOI将在验收时添加。

版本: 0.0.1
取决于: R(≥3.6)
建议: 针织物,rmarkdown公司
出版: 2020-08-19
作者: Martijn van de Pol公司ORCID标识[aut,cre],莱安娜·布鲁沃ORCID标识[aut],安德鲁·考克本ORCID标识[自动]
维护人员: Martijn van de Pol在myscience.eu>
许可证: GPL-2型
网址: https://groups.google.com/d/forum/r-hiphop
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引用: 嘻哈引用信息
材料: 自述文件
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渐晕图: 简介_虹吸管

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