gprofiler2:“g:Profiler”工具集的接口

一个用于功能富集分析和可视化、基因/蛋白质/SNP标识符转换和通过“g:Profiler”跨物种映射同源基因的工具集(<https://biit.cs.ut.ee/gprofiler网站/>). 主要工具有:(1) “g:GOSt”-功能富集分析和基因列表可视化;(2) “g:Convert”-跨不同名称空间的基因/蛋白质/转录标识符转换;(3) “g:兽人”——跨物种的形态搜索;(4) “g:SNPense”-将SNP标识符映射到染色体位置、基因和变异效应。此软件包是与2019年更新的“g:Profiler”相对应的R接口,并为“e94_eg41_p11”及更高版本提供对“g:Profiler”的访问。有关从“g:Profiler”工具集访问旧版本的信息,请参阅包“gProfileR”。

版本: 0.2.3
取决于: R(≥3.5)
进口: jsonlite公司,RCurl(RCurl),ggplot2,巧妙地,第三年(≥ 1.0.0),串扰,gr设备,额外网格,网格,绿柱石,dplyr公司
建议: 针织物,rmarkdown公司,美女医生
出版: 2024年2月23日
作者: Liis Kolberg,Uku Raudvere公司
维护人员: 利斯·科尔伯格(Liis Kolberg at ut.ee)
错误报告: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/page/contact
许可证: GPL-2型|GPL-3型[扩展自:GPL(≥2)]
需要编译:
引用: gprofiler2引用信息
在视图中: 组学
CRAN检查: gprofiler2结果

文档:

参考手册: gprofiler.pdf格式
渐晕图: g配置文件2

下载内容:

包源: g文件2_0.2.3.tar.gz
Windows二进制文件: r-预发布:gprofiler2_0.2.3.zip,r版本:gprofiler2_0.2.3.zip,r-oldrel:gprofiler2_0.2.3.zip
macOS二进制文件: r-prerel(arm64):g配置文件2_0.2.3.tgz,r-release(arm64):g配置文件2_0.2.3.tgz,r-oldrel(臂64):g配置文件2_0.2.3.tgz,r-prerel(x86_64):g配置文件2_0.2.3.tgz,r-release(x86_64):g配置文件2_0.2.3.tgz
旧来源: gprofiler2存档

反向依赖关系:

反向进口: 散装分析仪,DFD公司,enrichViewNet,法玛特,GWENA公司,多RNAflow,网络Omics,正长岩,区域协调机构,scMapper报告,UniprotR公司
反向建议: 阿佩尔,簇状体,HPiP公司,MACP公司,全能运动员,利格牌手表

链接:

请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=gprofiler2链接到此页面。