geneExpressionFromGEO:从GEO代码轻松下载基因表达数据集检索探针的基因符号

该函数读取基因表达式数据集的GEO代码,从GEO检索其数据,(可选)检索数据集的基因符号,并返回包含所有数据的简单数据帧表。可用平台:GPL11532、GPL23126、GPL6244、GPL8300、GPL80、GPL96、GPL570、GPL57、GPL20115、GPL1293、GPL6102、GPL614、GPL6883、GPL68、GPL13497、GPL14550、GPL17077、GPL6480。GEO:基因表达总览。ID:标识符代码。GEO数据集从URL下载<https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series网站/>. 更多信息可以在以下手稿中找到:Davide Chicco,“geneExpressionFromGEO:an R package to facilite data reading from Gene Expression Omnibus(GEO)”。微阵列数据分析,分子生物学方法,第2401卷,第12章,第187-194页,施普林格协议,2021<doi:10.1007/978-1-0716-1839-4_12>.

版本: 0.9
取决于: R(≥3.1.0)
进口: 生物管理器,xml语言2,博科生物,注释,地理查询,降价,R.utils公司
建议: 针织物,rmarkdown公司
出版: 2021-12-16
作者: 大卫·奇科ORCID标识[aut,cre]
维护人员: 大卫·奇科(davidechicco)
错误报告: https://github.com/davidechicco/geneExpressionFromGEO/issues
许可证: GPL-3公司
网址: https://github.com/davidecchicco/geneExpressionFromGEO网址
需要编译:
在视图中: 组学
CRAN检查: geneExpressionFromGEO结果

文档:

参考手册: GEO.pdf的基因表达
渐晕图: GEOvignette的基因表达

下载内容:

包源: 基因表达源于GEO_0.9.tar.gz
Windows二进制文件: r-预发布:geneExpressionFromGEO_0.9.zip,r版本:geneExpressionFromGEO_0.9.zip,r-oldrel:geneExpressionFromGEO_0.9.zip
macOS二进制文件: r-prerel(arm64):基因表达式来自GEO_0.9.tgz,r-release(arm64):基因表达式来自GEO_0.9.tgz,r-oldrel(arm64):基因表达式来自GEO_0.9.tgz,r-prerel(x86_64):基因表达式来自GEO_0.9.tgz,r-release(x86_64):基因表达式来自GEO_0.9.tgz
旧来源: geneExpressionFromGEO存档

反向依赖关系:

反向进口: 易差异基因表达,健康控制状态检查器

链接:

请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=geneExpressionFromGEO链接到此页面。