dsb：标准化和去噪液滴单细胞蛋白质数据（CITE序列）

这个轻量级的R包提供了一种方法，用于对基于液滴的单细胞实验中的蛋白质表达数据进行标准化和去噪。在液滴（例如“CITE-seq”）中测序DNA-结合抗体衍生标签（ADT）的原始蛋白质独特分子指数（UMI）计数具有大量测量噪声。我们的实验和计算模型揭示了这种噪声的两个主要组成部分：1）由包裹在液滴中的环境未结合抗体产生的蛋白质特异性噪声，可以通过空液滴中检测到的预期蛋白质计数准确推断，和2）通过与同型抗体对照和每个细胞中背景蛋白计数相关的共享方差分量揭示的液滴/细胞特异性噪声。此软件包将这些噪声源从原始蛋白质数据中归一化并删除，这些原始蛋白质数据来源于Mission Bio平台中的方法，如“CITE-seq”、“REAP-seq“、“ASAP-seque”、“TEA-seq”和“蛋白质组学”数据等。有关如何将dsb与“Seurat”和“Bioconductor”集成以及如何在“Python”中使用dsb的教程，请参阅小插曲。请参阅我们的论文MulèM.P.、Martins A.J.和Tsang J.S.Nature Communications 2022<https://www.nature.com/articles/s41467-022-29356-8>有关该方法的更多详细信息。

版本：	1.0.3
取决于：	R（≥2.10）
进口：	马格里特,利马,麦克卢斯特，统计信息
建议：	测试那个,针织物,rmarkdown公司,ggplot2,奶牛场,拼写
出版：	2023-03-17年
作者：	马修·穆雷[aut，cre]，安德鲁·马丁斯[aut]，曾俊华（John Tsang）[个人数据记录]
维护人员：	马修·穆雷（Matthew Mulè）
错误报告：	https://github.com/niaid/dsb/issues
许可证：	CC0公司|文件许可证
网址：	https://github.com/niaid/dsb
需要编译：	不
语言：	英语-美国
引用：	dsb引文信息
材料：	自述文件 新闻
在视图中：	组学
CRAN检查：	dsb结果

文档：

参考手册：	dsb.pdf格式
渐晕图：	附加主题-qualtile.clipping-scale.factor-Python和Bioc-多路复用-多批次-常见问题解答 使用dsb进行ADT规范化的端到端CITE-seq分析工作流和使用Seurat进行多模式聚类 使用dsb函数ModelNegativeADTnormal规范无空液滴数据集的ADT 了解dsb方法的工作原理

下载内容：

包源：	dsb_1.0.3.tar.gz（目标.gz）
Windows二进制文件：	r-devel公司：dsb_1.0.3.zip文件，r版本：dsb_1.0.3.zip文件，r-oldrel：dsb_1.0.3.zip文件
macOS二进制文件：	r释放（arm64）：dsb_1.0.3.tgz公司，r-oldrel（arm64）：dsb_1.0.3.tgz公司，r-release（x86_64）：dsb_1.0.3.tgz公司，r-oldrel（x86_64）：dsb_1.0.3.tgz公司
旧来源：	dsb存档

链接：

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