邻接:块对角线相似性的邻接约束聚类矩阵

实现层次聚合的约束版本聚类,其中每个观测值都与一个位置相关联,并且只有可以合并相邻的簇。中的典型应用领域生物信息学包括全基因组关联研究或Hi-C数据分析,其中项目之间的相似性是它们的基因组距离。利用此功能,实现了该算法具有时间和内存效率。此算法在中进行了描述Ambroise等人(2019年)<数字对象标识代码:10.1186/s13015-019-0157-4>.

版本: 0.6.9
取决于: R(≥4.0.0)
进口: 统计、图形、grDevices、,卢比(≥ 1.0.6),矩阵,稀疏矩阵统计、方法、实用程序,卡普什,ggplot2,右旋糖,爱尔兰航空公司
链接到: 卢比,Rcpp Armadillo
建议: 针织物,测试那个,rmarkdown公司,里奥哈,HiTC公司,snpStats(snpStat),生物遗传学
出版: 2024-02-08
作者: 克里斯托夫·安布罗斯,Shubham Chaturvedi[作者],Alia Dehman〔aut〕,皮埃尔·诺维亚尔ORCID标识[aut,cre],吉勒姆·里格尔[aut],Nathalie Vialaneix公司ORCID标识[aut],加布里埃尔·霍夫曼
维护人员: Pierre Neuvial在math.univ-toulouse.fr>
错误报告: https://github.com/pneuvial/adjclust/issues
许可证: GPL-3型
网址: https://pneuvial.github.io/adjclust网址/
需要编译:
语言: 英语-美国
引用: 形容词引文信息
材料: 自述文件 新闻
在视图中: 组学
CRAN检查: 不相关结果

文档:

参考手册: 形容词.pdf
渐晕图: Hi-C接触图聚类
调整包的实施说明
从基因型推断连锁不平衡块

下载内容:

包源: 形容词0.6.9.tar.gz
Windows二进制文件: r-预发布:附件0.6.9.zip,r版本:附件0.6.9.zip,r-oldrel:附件0.6.9.zip
macOS二进制文件: r-prerel(arm64):形容词0.6.9.tgz,r-release(arm64):形容词0.6.9.tgz,r-oldrel(臂64):形容词0.6.9.tgz,r-prerel(x86_64):形容词0.6.9.tgz,r-release(x86_64):形容词0.6.9.tgz
旧来源: 邻区档案

反向依赖关系:

反向进口: SISIR公司,树狄夫

链接:

请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=adcclust链接到此页面。