TCA:张量成分分析

张量合成分析(TCA)允许将来自异质源混合物的二维数据(观测特征)反褶积为三维信号矩阵(观测特征源)。TCA框架进一步允许测试数据中不同统计关系的特征,以及感兴趣的结果,同时建模特定来源的影响;特别是,它允许寻找特定源信号和结果之间的统计关系。例如,TCA可以将大量组织级DNA甲基化数据(个体甲基化位点)分解为每个个体的细胞类型特异性甲基化水平的三维张量(即个体甲基化部位按细胞类型),并允许检测细胞类型特异的统计关系(关联)具有表型。更多详情请参见Rahmani等人(2019年)<doi:10.1038/s41467-019-11052-9>.

版本: 1.2.1
取决于: R(≥3.5.0)
进口: 配置,数据表,无用的日志,g模型,矩阵(matrixcalc),矩阵统计,nloptr公司,平行,pbapply(应用程序),普拉克马,rsvd公司,统计,二次规划优化函数,矩阵
建议: 测试那个,针织物,rmarkdown公司
出版: 2021-02-14
作者: 埃利奥·拉赫曼尼[aut,cre],布兰登犹太人
维护人员: 埃利奥·拉赫马尼(Elior Rahmani)
错误报告: https://github.com/cosygene/TCA发布
许可证: GPL-3公司
网址: https://www.nature.com/articles/s41467-019-11052-9
需要编译:
引用: TCA引文信息
材料: 自述文件 新闻
在视图中: 组学
CRAN检查: TCA结果

文档:

参考手册: TCA.pdf格式
渐晕图: TCA在细胞类型分辨中检测差异DNA甲基化

下载内容:

程序包来源: TCA_1.2.1.tar.gz公司
Windows二进制文件: r-预发布:TCA_1.2.1.zip码,r版本:TCA_1.2.1.zip码,r-oldrel:TCA_1.2.1.zip码
macOS二进制文件: r-prerel(arm64):TCA_1.2.1.tgz,r-release(arm64):TCA_1.2.1.tgz,r-oldrel(arm64):TCA_1.2.1.tgz三氯乙酸,r-prerel(x86_64):TCA_1.2.1.tgz,r-release(x86_64):TCA_1.2.1.tgz
旧来源: TCA存档

反向依赖关系:

反向进口: MICSQTL公司

链接:

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