SeqNet:从基因关联网络生成RNA-Seq数据
生成随机基因关联网络并从中模拟RNA-seq数据的方法,如Grimes和Datta(2021)所述<doi:10.18637/jss.v098.i12>. 包括生成任意大小的随机网络并对其进行扰动以获得差分网络的函数。网络对象是由代表路径的单个重叠模块构建的。由此产生的网络具有基因调控网络所特有的各种拓扑特性。可以生成RNA-seq数据,从而使基因表达谱之间的关联反映出潜在的网络。可以提供参考RNA-seqdataset来模拟实际的边缘分布。绘图功能可用于可视化网络、比较两个网络以及比较多个网络中两个基因的表达。
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