SeqNet:从基因关联网络生成RNA-Seq数据

生成随机基因关联网络并从中模拟RNA-seq数据的方法,如Grimes和Datta(2021)所述<doi:10.18637/jss.v098.i12>. 包括生成任意大小的随机网络并对其进行扰动以获得差分网络的函数。网络对象是由代表路径的单个重叠模块构建的。由此产生的网络具有基因调控网络所特有的各种拓扑特性。可以生成RNA-seq数据,从而使基因表达谱之间的关联反映出潜在的网络。可以提供参考RNA-seqdataset来模拟实际的边缘分布。绘图功能可用于可视化网络、比较两个网络以及比较多个网络中两个基因的表达。

版本: 1.1.3
取决于: R(≥4.0.0)
进口: 菲迪斯特普卢斯,ggplot2,gr设备,图形,记录仪,mvtnorm公司,呜呜声,易怒的,卢比,拉朗,Rdpack公司,stats,utils,方法
链接到: 卢比
建议: 针织物,rmarkdown公司,测试那个
出版: 2021-07-09
作者: 泰勒·格里姆斯,Somnath Datta[自动]
维护人员: Tyler Grimes<Tyler.grames在unf.edu>
许可证: GPL-2型|GPL-3公司
需要编译:
引用: SeqNet引文信息
材料: 自述文件
在视图中: 组学
CRAN检查: SeqNet结果

文档:

参考手册: 序号.pdf

下载:

程序包来源: 序号Net_1.1.3.tar.gz
Windows二进制文件: r-预发布:SeqNet_1.1.3.zip文件,r版本:SeqNet_1.1.3.zip文件,r-oldrel:SeqNet_1.1.3.zip文件
macOS二进制文件: r-prerel(arm64):序号Net_1.1.3.tgz,r-release(arm64):序号Net_1.1.3.tgz,r-oldrel(arm64):序号Net_1.1.3.tgz,r-prerel(x86_64):序号Net_1.1.3.tgz,r-release(x86_64):序号_1.1.3.tgz
旧来源: SeqNet存档

反向依赖关系:

反向进口: 德纳帕斯

链接:

请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=SeqNet链接到此页面。