表型模拟器:来自不同遗传和噪声的灵活表型模拟模型

仿真是方法开发和评估的关键部分在数量遗传学中。”PhenotypeSimulator”允许灵活的不同模型下表型的模拟,包括遗传变异以及极小的遗传效应(反映人口结构)作为非遗传协变量效应,观测噪声和附加相关效应。不同的表型成分组合成最终表型,同时控制解释的方差比例通过每个组件。对于每个效果组件变量、它们的分布及其对性状的影响设计可以定制。为了模拟遗传效应来自许多标准软件的基因型数据('link','hapgen2'/可以导入“inpute2”、“genome”、“bimbam”、简单文本文件)。决赛模拟表型及其组分可以自动保存到.rds中或.csv文件。此外,它们可以以与兼容的格式保存常用的基因关联软件(“Emma”、“bimbam”、“plink”,“snptest”、“LiMMBo”)。

版本: 0.3.4
取决于: R(≥3.5.0)
进口: 方法,optparse(操作程序)Hmisc公司R.utils公司mvtnorm公司snpStats(snpStat)动物园数据表(≥ 1.11.0),卢比(≥ 0.12.11),奶牛场ggplot2重塑2dplyr公司
链接到: 卢比
建议: 测试那个针织物格式Rrmarkdown公司
出版: 2021-07-16
作者: 汉娜·梅耶ORCID标识[aut,cre],康拉德·鲁道夫ORCID标识【ctb】
维护人员: 汉娜·迈耶(Hannah Meyer)<Hannah.v.Meyer at gmail.com>
错误报告: https://github.com/HannahVMeyer/PhenotypeSimulator/issues网站
许可证: 麻省理工学院+文件许可证
网址: https://github.com/HannahVMeyer/PhenotypeSimulator
需要编译:
引用: PhenotypeSimulator引文信息
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: 表型模拟器结果

文档:

参考手册: 表型模拟器.pdf
渐晕图: 使用PhenotypeSimulator进行灵活的表型模拟
模拟和线性模型拟合
基于示例数据的仿真
支持的基因型模拟

下载内容:

程序包来源: 表型模拟器-0.3.4.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:表型模拟器-0.3.4.zip,r版本:表型模拟器-0.3.4.zip,r-oldrel:表型模拟器-0.3.4.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):表型模拟器_0.3.4.tgz,r-oldrel(arm64):表型模拟器_0.3.4.tgz,r-release(x86_64):表型模拟器_0.3.4.tgz
旧来源: PhenotypeSimulator存档

链接:

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