MADPop:基于MHC等位基因的人群差异

人口差异分析工具使用样品的主要组织相容性复合体(MHC)基因型每个基因都有不同数量的等位基因(1-4)个人。上的分层Dirichlet多项式模型基因型计数用于从多个用于两两平等测试的人群。贝叶斯推断是通过“rstan”包实现。自举和后置p值用于卡方检验和似然比检验基因型概率相等。

版本: 1.1.7
取决于: R(≥3.4.0),rstan公司(≥ 2.26.0)
进口: 方法,卢比(≥0.12.0),统计,甾醇
链接到: 伯克希尔哈撒韦(≥ 1.66.0),卢比(≥ 0.12.0),RcppEigen基因(≥ 0.3.3.3.0),rstan公司(≥ 2.26.0),StanHeaders公司(≥ 2.26.0),Rcpp并行(≥5.0.1)
建议: 针织物,rmarkdown公司,测试那个
出版: 2024-02-27
作者: 马丁·莱西,Peter W.J.Kim〔aut〕,特林·罗宾逊
维护人员: 马丁·莱西(Martin Lysy)
错误报告: https://github.com/mlysy/MADPop/issues网站
许可证: GPL-3公司
网址: https://github.com/mlysy/MADPop
需要编译:
系统要求: GNU品牌
材料: 新闻
CRAN检查: MADPop结果

文档:

参考手册: 马德里波普.pdf
渐晕图: 多群体间基因型比例相等的贝叶斯检验

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macOS二进制文件: r-prerel(arm64):马德里波普_1.1.7.tgz,r-release(arm64):马德里波普_1.1.7.tgz,r-oldrel(arm64):马德里波普_1.1.7.tgz,r-prerel(x86_64):马德里流行音乐_1.1.7.tgz,r-release(x86_64):马德里波普_1.1.7.tgz
旧资料来源: MADPop存档

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