LEGIT:潜在环境与遗传干扰(LEGIT)模型

构建基因型x环境相互作用(GxE)模型,其中G是遗传变异(遗传分数)的加权和,E是加权使用交替优化算法的环境总和(环境得分)Jolicoeur-Martineau等人(2017)<arXiv公司:1703.08111>. 这种方法在很大程度上与仅包含单个的传统GxE模型相比,增强了预测能力遗传变异和单一环境暴露。尽管这种方法最初是为GxE建模而设计的,它很灵活,不需要使用遗传和环境变量。它还可以处理2个以上的潜在变量(而不仅仅是G和E)和三向互动或更多。LEGIT模型生产结果解释性强,参数效率高,甚至可以用于小样本(n<250)。确定交互类型的工具(有利灵敏度、素质压力或差异敏感性)遗传变异或环境的数量<arXiv:1712.04058>. 这个软件现在可以通过lme4包生成混合效果的LEGIT模型。

版本: 1.4.1
取决于: 公式工具,统计,图形
进口: pROC公司foreach公司多斯诺,实用程序,迭代器Hmisc公司,gr设备,靴子R彩色啤酒格尔姆奈特lme4公司,方法
建议: 针织物rmarkdown公司
出版: 2024-01-24
作者: Alexia Jolicoeur-马丁瑙
维护人员: Alexia Jolicoeur-Martineau<Alexia.jolicoeul-Martineau at mail.mcgill.ca>
许可证: GPL-3公司
需要编译:
材料: 新闻
CRAN检查: LEGIT结果

文档:

参考手册: 立法.pdf
渐晕图: 弹性网
GxE测试
潜在环境与遗传干扰(LEGIT)建模

下载内容:

程序包来源: 立法_1.4.1.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:LEGIT_1.4.1.zip拉链,r版本:LEGIT_1.4.1.zip拉链,r-oldrel:LEGIT_1.4.1.zip拉链
macOS二进制文件: r释放(arm64):图例_1.4.1.tgz,r-oldrel(arm64):图例_1.4.1.tgz,r-release(x86_64):图例_1.4.1.tgz
旧来源: LEGIT存档

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