IPCAPS:迭代剪枝以捕获种群结构

一种基于迭代剪枝的无监督聚类算法用于捕获种群结构。该版本支持可直接应用于SNP数据的序数数据,以确定精细的种群结构,并基于迭代剪枝主成分分析('ipPCA')算法构建,如Intarapanich等人(2009)所述<doi:10.1186/1471-2105-10-382>. “IPCAPS”涉及使用基于主成分多元高斯混合建模和“期望最大化”聚类的多重分裂的迭代过程,如Lebret等人(2015)所述<doi:10.18637/jss.v067.i06>. 在每次迭代中,还使用R包“KRIS”中的函数rubikclust()来识别粗略的簇和异常值。

版本: 1.1.8
取决于: R(≥3.5.0)
进口: stats、utils、graphics、grDevices、,MASS(质量),矩阵,矩阵指数函数,KRIS公司,消防车,LPCM公司,阿普集群,Rmixmod公司
建议: 测试
出版: 2021-01-25
作者: Kridsadakorn Chaichoumpu[aut,cre],Kristel Van Steen[aut],Fentaw Abegaz【aut】,西萨德斯·通西玛[aut],菲利普·肖,Anavaj Sakuntabhai[aut],路易莎·佩雷拉[aut]
维护人员: Kridsadakorn Chaichoompu<kridsadakurn at biostatgen.org>
错误报告: https://gitlab.com/kris.ccp/ipcaps/-/issues
许可证: GPL-3公司
网址: https://gitlab.com/kris.ccp/ipcaps
需要编译:
引文: IPCAPS引文信息
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: IPCAPS结果

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macOS二进制文件: r释放(arm64):IPCAPS_1.1.8.tgz,r-oldrel(arm64):IPCAPS_1.1.8.tgz,r-release(x86_64):IPCAPS_1.1.8.tgz
旧来源: IPCAPS存档

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