ICDS:使用Omics识别癌症功能障碍亚通路数据

通过整合基因表达、DNA甲基化和拷贝数变化以及通路拓扑信息来识别癌症功能失调亚通路。1) 我们首先通过整合三种数据来计算基因风险评分:DNA甲基化、拷贝数变化和基因表达。2) 其次,我们使用贪婪搜索算法来识别识别分数局部最大的路径中的关键功能失调子路径。3) 最后,使用排列测试计算这些关键功能失调子通路的统计显著性水平。

版本: 0.1.2
取决于: R(≥2.10)
进口: 记录仪,石墨,变形金刚、方法、,组织Hs.eg.db
建议: 针织物,rmarkdown公司,美女医生
出版: 2021-07-15
作者: 韩俊伟[cre],郑保通[aut],刘思耀(音)
维护人员: 韩俊伟<hanjunwei 1981 at 163.com>
许可证: GPL-2型|GPL-3公司[扩展自:GPL(≥2)]
需要编译:
引用: ICDS引文信息
材料: 自述文件
在视图中: 组学
CRAN检查: ICDS结果

文档:

参考手册: ICDS.pdf
渐晕图: ICDS用户指南

下载内容:

程序包来源: ICDS_0.1.2.tar.gz
Windows二进制文件: r-预发布:ICDS_0.1.2.zip文件,r版本:ICDS_0.1.2.zip文件,r-oldrel:ICDS_0.1.2.zip文件
macOS二进制文件: r-prerel(arm64):ICDS_0.1.2.tgz,r-release(arm64):ICDS_0.1.2.tgz,r-oldrel(arm64):ICDS_0.1.2.tgz,r-prerel(x86_64):集成电路DS_0.1.2.tgz,r-release(x86_64):集成电路DS_0.1.2.tgz
旧来源: ICDS存档

链接:

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