GHap：全基因组单倍型
相位标记数据中的单体型调用。给定用户定义的单倍型区组（HapBlock），该软件包识别数据中存在的不同单倍型等位基因（HapAllele），并根据单倍型剂量（即0、1或2个拷贝）对样本单倍型基因型（HapGenotype）进行评分。该输出不仅对处理多等位基因标记的分析有用，而且还可以方便地格式化用于双等位基因标志的现有管道。Utsunomiya等人（2016年<doi:10.1093/bioinformatics/btw356>). 自v2发布以来，该软件包提供了无监督和有监督检测祖先轨迹的功能。Utsunomiya等人（2020年<doi:10.1111/2041-210X.13467>). v3的源代码进行了修改，以改进性能并包含新功能，包括分析非阶段数据、运行纯合子、虚拟配子交配的采样方法、混合模型拟合和GWAS。
| 版本： |
3.0.0 |
| 进口： |
平行（≥3.4.4），矩阵（≥1.2-16），方法（≥3.4.4），家谱(≥ 0.3-3),斯帕塞因夫(≥ 0.1.3),e1071号(≥1.7-0.1),班(≥ 7.3-15),数据表(≥ 1.12.6),斯特林吉（≥1.7.6） |
| 建议： |
R.rsp公司 |
| 出版： |
2022-07-01 |
| 作者： |
尤里·塔尼·宇都宫（Yuri Tani Utsunomiya）、安德烈·维埃拉·多·纳西门托（Andre Vieira do Nascimento）、马可·米拉内西（Marco Milanesi）、马里奥·巴巴托（Mario Barbato） |
| 维护人员： |
尤里·塔尼·宇都宫（Yuri Tani Utsunomiya） |
| 许可证： |
GPL-2型|GPL-3公司[扩展自：GPL（≥2）] |
| 需要编译： |
不 |
| 引用： |
GHap引文信息 |
| CRAN检查： |
GHap结果 |
文档：
下载内容：
链接：
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