DGEobj:差异基因表达(DGE)分析结果数据对象

提供一个灵活的容器来管理和注释差异基因表达式(DGE)分析结果(Smythe等人(2015))<doi:10.1093/nar/gkv007>). DGEobj具有行(基因)、列(样本)、分析(矩阵n行)的数据槽通过m-samples维度)和元数据(没有键控到行、列或分析)。一组用于存放、查询和检索数据子集的辅助功能已提供工作流。属性用于捕获元数据,例如物种和基因模型,包括再现性信息,使得参与方可以访问DGEobj历史记录,以查看每个数据对象是如何创建的,或者被改进的。由于DGEobj是可定制和可扩展的,因此它不受限制RNA-seq分析类型的工作流程–它几乎可以容纳任何数据分析工作流,从按样本(列)的分析矩阵(行)开始。

版本: 1.1.2
取决于: R(≥3.5.0)
进口: 断言马格里特字符串,实用程序
建议: 生物反应器冲突的dplyr公司边缘R基因组范围针织物rmarkdown公司测试那个
出版: 2022-05-16
作者: 约翰·汤普森,康妮·布雷特,Isaac Neuhaus【aut】,瑞安·汤普森
维护人员: 康妮·布雷特(Connie Brett)<aggregate-genius.com>
许可证: GPL-3公司
需要编译:
语言: 英语-美国
材料: 自述文件 新闻
在视图中: 组学
CRAN检查: DGEobj结果

文档:

参考手册: DGE对象.pdf
渐晕图: DGEobj:用于捕获和注释DGE工作流的S3对象

下载内容:

程序包来源: DGEobj_1.1.2.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:DGEobj_1.1.2.zip,r版本:DGEobj_1.1.2.zip,r-oldrel:DGEobj_1.1.2.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):DGEobj_1.1.2.tgz,r-oldrel(arm64):DGEobj_1.1.2.tgz,r-release(x86_64):DGEobj_1.1.2.tgz
旧来源: DGEobj存档

反向依赖关系:

反向进口: DGEobj.utils公司

链接:

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