CJAMP:基于Copula的多表型联合分析
我们为最近提出的C-JAMP(基于Copula-based Joint Analysis of Multiple Phenotypes)方法(Konigorski et al.,2019,submitted)提供了一种计算效率高且健壮的实现。C-JAMP允许在联合模型中估计和测试一个或多个预测因子对多个结果的关联,并在这里实施,重点是具有两种表型的大规模全基因组关联研究。copula函数的使用允许对表型之间的广泛多元依赖性进行建模,之前的结果支持C-JAMP可以提高关联研究的能力,与现有方法相比,识别相关遗传变异(Konigorski、Yilmaz、Pischon,2016<doi:10.1186/s12919-016-0045-6>; Konigorski,Yilmaz,公牛,2014<doi:10.1186/1753-6561-8-S1-S72>). 除了C-JAMP函数外,还可以使用函数生成遗传和表型数据,计算遗传标记的次要等位基因频率(MAF),并估计遗传标记解释的表型方差。
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