创建级联映射物体

要创建CASMAP公司对象，则必须指定模式。下面的第一个示例创建了一个对象，该对象将执行基于区域的GWAS搜索，然后将目标系列错误率设置为0.01.

图书馆（CASMAP）

#使用“regionGWAS”模式的示例
快速cmh<- CASMAP公司(模式=“区域GWAS”)#初始化对象
快速cmh$设置目标FWER(0.01)#设置目标FWER

下一个示例显示了如何创建一个搜索任意组合的对象，即高阶上位搜索。注意，在通过设置阿尔法.

通过打印对象，可以看到某些信息。这个领域最大组合大小=0表示将考虑所有可能长度的组合。在未来的版本中，可以限制此数字，例如限制为maxmimum长度4的组合。

图书馆（CASMAP）

#另一个例子，使用目标FWER 0.01进行高阶上位性搜索
facs公司<- CASMAP公司(模式=“高阶外延”,阿尔法=0.01)
打印（传真）

##CASMAP对象具有：##*模式=高阶外延##*目标FWER=0.01##*最大组合大小=0##*未读取输入文件

读取数据文件

创建对象后，下一步是读取数据文件。这个读行命令，并且应为参数指定数据文件的路径基因型文件,表型文件和（可选）协变量文件。我们随软件包提供了示例数据文件，以及用于轻松获取这些数据文件路径的函数：

图书馆（CASMAP）
快速cmh<- CASMAP公司(模式=“地区GWAS”)#初始化对象

数据文件<- 获取示例数据文件名()#示例数据的文件名
标签文件<- 获取示例标签文件名()#示例标签的文件名
covfile文件<- 获取示例协变量文件名()#示例协变量的文件名

#读取数据、标签和（可选）协变量文件
快速cmh$读取文件(基因型文件=获取示例数据文件名(),
                   表型文件=获取示例标签文件名(),
                   协变量文件=获取示例协变量文件名())

#该对象现在显示数据文件已被读取，并使用了协变量
打印（快速厘米小时）

##CASMAP对象具有：##*模式=地区GWAS##*目标FWER=0.05##*最大组合大小=0##*读取输入文件##*协变量=真

数据格式

请注意CASMAP公司方法希望数据文件是由空格分隔的文本文件0s和1s、 在中\（p\次n\）矩阵，其中每个\（p\）行是一个功能，每个\（n\）列是一个示例/主题。标签和协变量文件是\（n\）条目，其中每个条目0或1。要查看数据格式的示例，请查看包含的示例文件，这些文件的路径由命令给定获取示例数据文件名,获取示例标签文件名和获取示例变量文件名:

#要查看这些数据文件在本地驱动器上的位置，请执行以下操作：
打印(获取示例数据文件名())

##示例：
##[1]“/path/to/pkgs/CASMAP/extdata/CASMAP_example_data_1.txt”

在未来版本中，将支持PLINK数据格式。

执行算法

读入数据、标签和协变量文件后，就可以执行算法了。只需使用执行命令。注意，根据数据集的大小，这可能需要一些时间。

#执行算法（这可能需要一些时间）
快速cmh$执行()

提取结果

主要有两组结果：

1. 总结结果
2. 重要地区/重要互动信息

摘要结果提供了有关处理了多少区域/交互、多少区域/互动是可测试的，以及重要性和可测试阈值是什么的信息：

#获取摘要结果
汇总_结果<- 快速cmh$获取摘要()
打印（汇总_结果）

##已处理$n.int## [1] 18193## ##$n.int可测试## [1] 16426## ##$可测试性.threshold##[1]2.630268e-06号## ##$target.fwer（目标功率）## [1] 0.05## ##$已更正。有意义。阈值##[1]3.043955e-06

也可以使用编写摘要命令。

重要区域列出了所有被认为重要的区域。然而，这些区域可能重叠成簇。可以使用获取重要集群代表命令。在下面的示例中，只有一个重要区域，因此它是自己的集群代表：

#获取重要区域
sig_区域<- 快速cmh$获取重要区域()
打印（sig_regions）

##开始-结束分数奇数比率值##1 99 102 24.56281 16.12821 7.192676e-07号

#获取重要区域的集群代表
sig_cluster_rep<- 快速cmh$获取重要集群代表()
打印（sig_cluster_rep）

##开始-结束分数奇数比率值##1 99 102 24.56281 16.12821 7.192676e-07号

请注意\（p\）-区域/代表的价值和比值比随位置一起提供。

对于高阶外延模式，方法获取重要交互应该使用（并且没有集群代表）。

其他示例

也可以在没有任何协变量的情况下执行搜索：

##区域GWAS的另一个示例
联邦情报局<- CASMAP公司(模式=“地区GWAS”)#初始化对象

#阅读数据和标签，但没有协变量
既成事实$读取文件(基因型文件=获取示例数据文件名(),
                  表型文件=获取示例标签文件名())

打印（金融情报局）

##CASMAP对象具有：##*模式=地区GWAS##*目标FWER=0.05##*最大组合大小=0##*已读取输入文件##*协变量=假

设置编码方法

二进制数据可以用显性或隐性编码进行编码。的默认值读行是占主导地位的，但也可以明确指定编码：

图书馆（CASMAP）
快速cmh<- CASMAP公司(模式=“地区GWAS”)

#使用主导编码（默认）
快速cmh$读取文件(基因型文件=获取示例数据文件名(),
                   表型文件=获取示例标签文件名(),
                   协变量文件=获取示例协变量文件名(),
                   编码=“主导”)

#使用主导编码（默认）
快速cmh$读取文件(基因型文件=获取示例数据文件名(),
                   表型_file=获取示例标签文件名(),
                   协变文件=获取示例协变量文件名(),
                   编码=“隐性”)

未来版本

请注意，包的未来版本将包括读取PLINK文件的选项，以及设置最大组合长度的选项。