BRETIGEA：脑细胞类型特异性基因表达分析

批量基因表达数据中相对细胞类型比例的分析。如McKenzie（2018）所述，提供了一组经过验证的脑细胞类型特异性标记基因，这些标记基因来源于多种类型的实验<doi:10.1038/s41598-018-27293-5>. 对于脑组织数据集，有可用于星形胶质细胞、内皮细胞、小胶质细胞、神经元、少突胶质细胞和少突胶质前体细胞的标记基因，这些标记基因来源于人类、小鼠和人类/小鼠组合数据集。然而，如果你有自己的标记基因，这些功能可以应用于任何组织的大量基因表达数据。还使用这些标记基因实现了相对细胞类型比例估计的多种选择，并根据Chikina（2015）中描述的“CellCODE”R包的方法进行了调整和扩展<doi:10.1093/bioinformatics/btv015>. 在给定的分析中使用的细胞类型标记基因的数量可以根据您的偏好和数据集增加或减少。最后，在下游分析之前，提供了使用估计值调整样本中细胞类型相对比例变化的功能。

版本：	1.0.3
取决于：	R（≥3.0.0）
建议：	测试那个，统计，实用程序，针织物,市场营销
出版：	2021-05-05
作者：	安德鲁·麦肯齐，王明辉[aut]，张斌[aut]
维护人员：	安德鲁·麦肯齐（Andrew McKenzie）<amckenz at gmail.com>
许可证：	麻省理工学院+文件许可证
需要编译：	不
材料：	自述文件
CRAN检查：	BRETIGEA结果

文档：

参考手册：	BRETIGEA.pdf格式
渐晕图：	基础BRETIGEA Vignette

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旧来源：	BRETIGEA存档

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