生物实体词典

“Neo4j”数据库的接口提供生物实体不同标识符之间的映射。本生物实体词典（BED）已开发用于解决三大挑战。第一个与标识符映射的完整性有关。实际上，不同系统提供的直接绘图信息并不总是完整的，可以通过其他资源。更有趣的是，直接映射没有被这些标识可以通过使用到第三个引用的映射间接推断资源。例如，许多人类集成基因ID没有直接映射到任何Entrez基因ID，但可以使用各自的映射推断出这种映射到HGNC ID。第二个挑战与不推荐的映射有关标识符。事实上，实体标识符可以从一个资源中更改释放给另一个人。标识符历史记录由一些资源提供，例如Ensembl或NCBI，但通常不由映射工具使用。第三个挑战与绘图过程的自动化有关根据感兴趣的生物实体之间的关系。事实上，不应该在基因和蛋白质ID范围之间进行映射在基因ID方面，与两个范围之间的方法相同。此外，还可以转换不同生物体的标识符利用基因同源信息。该方法已由发布Godard和van Eyll（2018）<doi:10.12688/f1000研究.13925.3>.

版本： 1.5.0
取决于： R（≥3.6），新2R(≥ 2.4.1),visNetwork（可视网络）
进口： dplyr公司,阅读器,字符串，实用程序，闪亮的(≥ 0.13),DT公司,迷你用户界面(≥0.1.1),rstudioapi公司(≥ 0.5)
建议： 针织物,rmarkdown公司,生物反应器,地理查询,base64enc标准,html工具,网络快照,RCurl（RCurl）
出版： 2024-01-18
作者： 帕特里斯·戈达尔ORCID标识[aut，cre，cph]
维护人员： 帕特里斯·戈达尔（Patrice Godard）
错误报告： https://github.com/patzaw/BED/issues
许可证： GPL-3公司
网址： https://patzaw.github.io/BED网站/,https://github.com/patzaw/BED网站
需要编译： 不
引用： BED引文信息
在视图中： 组学
CRAN检查： BED结果

文档：

参考手册： BED.pdf
渐晕图： 床

下载内容：

包源： BED_1.5.0.tar.gz（比利时）
Windows二进制文件： r-devel公司：BED_1.5.0.zip，r版本：BED_1.5.0.zip，r-oldrel：BED_1.5.0.zip
macOS二进制文件： r释放（arm64）：BED_1.5.0.tgz，r-oldrel（arm64）：BED_1.5.0.tgz，r-release（x86_64）：BED_1.5.0.tgz，r-oldrel（x86_64）：BED_1.5.0.tgz
旧来源： BED存档

反向依赖关系：

反向建议： TKCat公司

链接：

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