皮卡德

一组用于操作高通量测序（HTS）数据和格式（如SAM/BAM/CRAM和VCF）的命令行工具（Java）。

Picard是一组用于操作高通量测序（HTS）数据和格式（如SAM/BAM/CRAM和VCF）的命令行工具。这些文件格式在Hts规范存储库。尤其要看SAM规范和VCF规范.

请注意，此页面上的信息是针对最终用户的。对于开发人员来说，源代码、构建说明和实现/开发资源可以在github.

Picard工具包在麻省理工学院许可证所有用途都是免费的。

享受吧！

快速入门

Picard命令行工具作为单个可执行jar文件提供。您可以从最新版本Github上的项目页面。文件名为皮卡车.jar.

打开下载的包，将包含jar文件的文件夹放在硬盘（或服务器）上的一个方便的目录中。与C编译程序（如Samtools）不同，Picard不能简单地添加到PATH中，因此我们建议设置一个环境变量充当捷径。

要使这些工具正常运行，必须安装Java 1.8。要检查java版本，请打开终端应用程序并运行以下命令：

java-版本

如果输出看起来像java版本“1.8.x”，你可以走了。如果没有，您可能需要更新您的版本；请参阅Oracle Java网站下载最新的JDK。

要测试是否可以运行Picard工具，请在终端应用程序中运行以下命令，提供Picard.jar文件的完整路径：

java-jar/path/to/picard.jar-h

或设置为快捷方式的环境变量（此处我们使用$PICARD（皮卡德）):

java-jar$PICARD-h

您应该会看到Picard工具箱中所有工具的完整列表。如果没有，请阅读“获得帮助”部分。

下面列出的工具调用如下：

java jvm-args-jar picard.jar PicardToolName OPTION1=value1 OPTION2=value2。。。

请参阅工具文档有关的详细信息Picard命令语法和标准选项以及一个完整的工具清单使用建议、选项和示例命令。

Picard通过GATK论坛.立即注册你可以提出问题并报告问题在使用Picard和GATK等相关工具时可能会遇到的问题（有关源代码的问题，请在github相反），遵循以下准则：

在发布到论坛之前，请执行以下操作：