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利马

微阵列数据的线性模型


生物导体版本:释放(3.18)

微阵列数据的数据分析、线性模型和差异表达。

作者:戈登·斯迈思[cre,aut],胡一芳[ctb],马修·里奇[ctb].杰里米·西尔弗[ctb],詹姆斯·维滕希尔[ctb].戴维斯·麦卡锡[ctb],吴迪[Ctb4],史伟[Ctb2],贝琳达·菲普森[ctb],艾伦·伦[Ctbneneneei,娜塔莉·索恩[ctb〕,艾丽西娅·奥什拉克[ctb',卡罗琳·德·格拉夫[ctb],陈云顺[ctb',梅特·兰格斯[ctb:埃吉尔·费尔金斯塔德[ctb戴维,弗朗索瓦·佩平(Francois Pepin)

维护人员:Gordon Smyth<在wehi.edu.au的Smyth>

引文(从R中输入引文(“limma”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“limma”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“limma”)
limma简介 HTML格式 R脚本
limma用户指南 PDF格式
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新闻 文本

细节

生物视图 交替拼接,BatchEffect(批次效果),贝叶斯主义者,生物医学信息学,细胞生物学,化学信息学,群集,数据导入,差异表达式,差分拼接,表观遗传学,ExonArray公司,功能基因组学,基因表达,GeneSet扩展,遗传学,免疫肿瘤学,代谢组学,微RNA阵列,微阵列,多重比较,规范化,一个频道,预处理,专有平台,蛋白质组学,质量控制,RNA序列,回归,排序,软件,系统生物学,时间课程,转录,转录组学,双通道,mRNA微阵列
版本 3.58.1
在生物导体中 BioC 1.6(R-2.1)或更早(>19年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=3.6.0)
进口 grDevices、graphics、stats、utils、methods、statmod
系统要求
统一资源定位地址 https://bioinf.wehi.edu.au/limma/
查看更多
建议 偏置Urn、椭圆、gplots、knitr、locfit、MASS、样条曲线,阿菲,注释Dbi,博科生物,仿生风格,政府.db,照明,组织Hs.eg.db,vsn(vsn)
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增强功能
取决于我 AgiMicroRna公司,ASpli公司,BLMA公司,CCl4号机组,cghMCR公司,黑猩猩人脑数据,剪贴画,代码链接,转换,科尔莫蒂,装饰,环境质量管理体系,药物与病毒疾病,边缘R,EGSEA123公司,ExiMiR公司,ExpressionAtlas公司,弗莱彻2013a,地理浏览器,HD2013SGI公司,高温定量PCR,IsoformSwitch分析仪,maEnd到End,maigesPack(运动包),maPredictDSC(预测DSC),结婚,宏基因组eq,亚eqR2,甲基化阵列分析,多功能分析,纳米管,新加利福尼亚州,八度音阶,protGear公司,qpcr标准,驱虫,成果管理制,ReactomeGSA.数据,林戈,RNA序列123,Rn珠子,单位,花键计时器R,干杯,t跑步机,涡轮正常值,差异分区,瓦特瓜,天顶
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程序包档案

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源程序包 limma_3.58.1.tar.gz标准
Windows二进制 limma_3.58.1.zip
macOS二进制(x86_64) 极限值3.58.1.tgz
macOS二进制(arm64) 极限值3.58.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/limma网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/limma
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/limma/
包短Url https://bioconductor.org/packages/limma网站/
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BioC 3.18的旧源代码包 源存档