在生物序列分析中，位置特异性评分矩阵（PSSM）被广泛用于表示序列基序。我们提出了一种新的非启发式算法，称为ESAsearch，以在大型数据库中有效地找到这些矩阵的匹配。我们的方法对搜索空间进行预处理，例如一个完整的基因组或一组蛋白质序列，并构建一个存储在文件中的增强后缀数组。增强的后缀数组每个输入符号只需要9个字节，并允许在次线性预期时间内使用PSSM搜索数据库。由于ESA搜索得益于小字母，我们提出了一种对根据简化字母表重新编码的序列进行操作的变体。我们还通过开发一种方法来解决PSSM分数不可比较的问题，该方法允许有效计算给定E值或P值的PSSM矩阵相似阈值。我们的方法基于动态规划。与其他方法相比，它使用动态编程矩阵的惰性计算：它只计算那些导出所寻求的相似性阈值所必需的矩阵条目。

这个PoSSuM搜索PoSSuM软件发行版中包含的程序实现了Simplesearch、Lookaheadsearch、ESAsearch和Lazydistrib算法。用户可以在mkvtree从VMATCH包（也包含在PoSSuM软件发行版中）中构建的增强后缀数组中搜索PSSM，也可以在Fasta、GENBANK、EMBL中的纯序列数据中搜索PSSM，或SPROT格式。可以从命令行中选择搜索算法。

PSSM以简单的纯文本格式指定，其中一个文件可能包含多个PSSM。PSSM引用的字母表和PSSM列分配的字母字符可以在每个PSSM的基础上指定，以获得最灵活的字母表支持。所有实现的算法都支持字母表转换。PSSM可以包含整数和浮点分数。为了防止基于整数的PSSM出现舍入错误，PoSSuMsearch使用整数算法进行舍入，从而在大多数CPU架构上提高了速度。根据Watson-Crick碱基配对，通过PSSM变换实现对核苷酸序列反向链的搜索。因此，仅为一条链建立增强后缀数组就足够了。然后可以用它来搜索两条线。

截止值可以指定为p值、E值、MSS（矩阵相似性得分）或原始得分阈值。如果只需要知道得分最高的最佳匹配，那么PoSSuMsearch可以被要求只报告k个得分最高的匹配，甚至不指定明确的截止值。为此，搜索算法在搜索过程中动态调整阈值。当使用p或E值时，得分阈值由本文中引入的惰性动态编程算法或从存储完整的预计算概率分布的文件中读取来确定。背景分布可以由用户任意指定，也可以从给定的序列数据库中确定。我们提供了一个工具PoSSuMdist，用于生成一个压缩文件，其中包含一组PSSM的完整预计算概率分布。

截止值可以指定为p值、E值、MSS（矩阵相似性得分）或原始得分阈值。如果只需要知道得分最高的最佳匹配，那么可以要求PoSSuMsearch只报告得分最高的k个匹配，甚至不指定明确的截止值。为此，搜索算法在搜索过程中动态调整阈值。当使用p或E值时，得分阈值由本文中引入的惰性动态编程算法或从存储完整的预计算概率分布的文件中读取来确定。背景分布可以由用户任意指定，也可以从给定的序列数据库中确定。我们提供了一个工具PoSSuMdist，用于生成一个压缩文件，其中包含一组PSSM的完整预计算概率分布。

可利用性：非商业研究机构可以免费获得PoSSuM软件包，包括实现ESA搜索算法的程序PoSSuMsearch