基于不同生物体中具有相关功能的基因的假设表现出高序列相似性，简并引物可以从同源基因。Genefisher 2是一个交互式网络程序，用于设计简并引物。该程序通过多重比对分离目标生物体中的基因来自不同生物的相关基因。“基因捕捞”一词指PCR用于分离假定但未知靶点的技术DNA库中的序列。

BatCons2是一种工具，用于将氨基酸序列反向转换为核素序列，并基于给定比对进行歧义共识序列计算。