ConCysFind是代表“植物生物化学和Bielefeld大学的《生理学》。该研究得到了计算基因组学系。A.Sahm开发的管道服务作为模板，搜索转录因子的保守半胱氨酸植物转录因子数据库（PlantTFDB）的预测几种转录因子的保守性。在以前的版本中，只考虑保守的半胱氨酸。使用ConCysFind搜索其他翻译后修饰氨基酸的保护是可能的：色氨酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸和蛋氨酸。保守的搜索氨基酸仅限于植物界。为此，21种植物它们代表着高度的进化多样性，并均匀分布在考虑到每个物种一个替代物种的不同植物分类群是被选中的。基于生命树网络的这些物种的系统发育树项目（Maddison/et al/.，2007）可在此处查看：这些植物物种的所有蛋白质序列都下载自UniProt公司采用FASTA格式。此工具正在使用此数据库。

工作步骤：

1. 通过封闭工具blastp找到查询序列的同源序列，然后从每个物种中筛选出最佳同源序列，以表示所有物种之间的保守性
2. 使用启发式渐进方法（贪婪算法）构建所有过滤同系物（每个物种一个同系物）的多重对齐
3. 根据计算出的多重比对计算保守性程度（半胱氨酸得分和P值）
4. 另外，利用基于多重比对的邻接连接算法（Saitou和Nei 1987）构建系统发育导向树

ConCysFind有两个功能：

1. 第一个输入函数允许.tsv文件输入（选项卡分隔视图）在第一列和蛋白质中具有UniProt ID格式的多个序列第二列中的描述以及用描述，每行一个查询。对于每个查询，多重对齐将是生成每个检测到的氨基酸的氨基酸得分和P值计算。最后，一个系统发育树代表了将生成查询蛋白和搜索的氨基酸。
2. 第二个输入功能允许输入单个氨基酸序列（in单字母氨基酸代码）。您还可以上载仅包含一个文件的文件顺序。有趣的是：在参数设置中，所有发现的氨基的守恒可以选择acid（通过设置搜索位置0）或一个特定位置（通过给出氨基酸位置）。对于给定的特定位置程序用进一步发现的同源物（最多9个）迭代工作步骤2-4迭代）。氨基酸在一些同源物中保留但丢失的原因在其他同源物的进化过程中，例如基因复制和新功能化。