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利用当前的测序技术,可以生成大量读取给定的基因组。然而,组装通常以一系列的连接结束他们之间的差距。如果一个(或多个)相关基因组的序列已经已知,此信息可用于估计contigs的顺序和方向彼此面对。这有助于完成测序项目,因为简化特定引物序列的设计以填补空白。

比较装配

描述

这是一个用于在比较基因组中排序和定向contigs的工具套件时尚。目前包括两个项目:

r2cat结果 r2cat公司,基于相关参考的contig排列工具可用于根据单个连续项对一组连续项进行排序参考基因组。这是通过使用q-gram过滤器。映射在同步图中可视化。
树猫结果 树冠-基于进化树的contig排列工具在一个系统发育学中提取几个基因组及其关系考虑到树来估计contigs的可能顺序。

登录到此邮件列表如果您想了解最新的错误修复和最新版本r2cat和treecat的开发。

启动应用程序

很容易启动这个程序工具套件。所需要的只是Java WebStart。要试用应用程序,请选择r2cat或树在上面的导航中。

其他工具

下面是其他工具的列表其中处理了相同的连续排列问题:

请CG-CAT用户引用:
Husemann、Peter和Stoye、Jens r2cat:synteny图和比较装配,生物信息学,2010