肖恩·埃迪（Sean Eddy）定义的协方差模型（CMs）不奖励相对于一个一致的二级结构插入有效的基本面或完整的子结构。然而，一些家族，例如tRNA，包含具有额外信息子结构的少数群体，这些子结构在形成一个一致的二级结构时被大多数人破坏。
歧义协方差模型（aCMs）是我们的原型建议，用于扩展具有多个共识结构的CMs。
