Cytoscape应用商店-ClueGO

类别：自动化,数据可视化,富集分析,功能模块检测,GO注释,热图可视化,本体分析

ClueGO是一个Cytoscape插件，用于可视化功能分组网络中大型基因簇的非冗余生物学术语。标识符可以从文本文件上传，也可以从Cytospace网络交互上传。用户可以轻松扩展支持的标识符类型。ClueGO对几个簇（基因列表）进行单簇分析和比较。从所使用的本体源中，通过不同的过滤标准选择术语。共享相似关联基因的相关术语可以进行融合以减少冗余。ClueGO网络是用kappa统计数据创建的，根据相关基因的相似性反映术语之间的关系。在网络上，节点颜色可以在功能组和簇分布之间切换。线索GO图是生物学作用的特异性和共同方面的基础。自动计算术语和组的重要性。ClueGO可以轻松更新来自Gene Ontology、KEGG、WikiPathways和Reactome的最新文件。要扩展其功能，还需要获取ClueMedia。ClueGO还将其他富集分析产生的术语和途径可视化为功能分组网络。Cytoscape Automation支持通过CyREST以多种语言编写科学工作流。ClueGO函数现在支持REST，并允许在分析管道中集成CleeGO。*注意：ClueGO不会将结果保存在Cytoscape Session（.cys）文件中**请确保在关闭Cytoscape之前导出结果***

作者：

2.5.10

使用细胞景观3.8

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*添加新生物*修复以使用Cytoscape 3.10

2.5.9

使用细胞景观3.5

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修复：-拟南芥修复植物本体PO

2.5.8

使用细胞景观3.5

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更新：-添加了EBI的新资源“COMPLEX PORTAL”。-Wikipathways更新已修复一些小错误修复

2.5.7

使用细胞景观3.5

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更新：-添加了新选项以创建GO源文件：默认情况下，GO源文件是通过将所有子关联添加到其父项中来创建的，此处建议将规范条款视为父项http://geneontology.org/docs/ontology-relations/。通过在每个生物体的Organis.properties文件中添加此选项，可以**关闭**这些选项：1.启用.add.all.child.genes.to.parent=**false**2.allow.relationship.as.parents=**错误**只有在更新GO注释后，才会考虑这些更改。错误修复：-保存结果xls文件已修复。

2.5.6

使用细胞景观3.5

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Bugfix版本

2.5.5

使用细胞景观3.5

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*ClueGO cyRest更新，现在包括自定义参考集的选项。*添加了新的帮助图标来解释参考集的工作方式。一些错误修复。

2.5.4

使用细胞景观3.5

依赖于此版本的应用

线索媒体1.5.4

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ClueGO cyRest更新发布。错误修复：*基因本体OBO文件源位置已更改。

2.5.3

使用细胞景观3.5

依赖于此版本的应用

线索媒体1.5.3

发行说明

*添加了新的分析选项，以可视化其他浓缩分析中的GO术语列表。一些错误修复。

2.5.2

使用细胞景观3.5

依赖于此版本的应用

线索媒体1.5.2

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Bugfix版本：*WikiPathway更新已修复*CORUM更新已修复*错误：选择pvalue选项时，日志文件缺少信息*衰退病毒：从网络中选择基因不再有效UniGene已从EnsembMart服务中删除

2.5.1

使用细胞景观3.5

依赖于此版本的应用程序

线索媒体1.5.1

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Bugfix版本：*QuickGO REST服务已停止，请切换回EBI-Uniprot GO注释以进行GO更新。

2.5.0

使用细胞景观3.5

依赖于此版本的应用

线索媒体1.5.0

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仅适用于Java 1.8和Cytoscape 3.5+的新版本。要获得平滑美观的布局，请确保安装了yFilesLayout：http://apps.cytoscape.org/download/yfileslayutalgorithms/1.0新功能：*ClueGO已升级，可与最新的3.6.0版本配合使用。*ClueGO现在支持通过cyREST api实现自动化。*Reactome现在有一个关联的.obo文件来显示路径关系。*CORUM with MIPS FunCat（Functional Categories.obo）被添加到主Ontologies中。*Interpo现在还关联了一个.obo文件。一些一般性的改进和修复。

2.3.5

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

线索媒体1.3.5

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REACTOME更新的错误修复更新。

2.3.4

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

线索媒体1.3.4

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错误修复版本。

2.3.3

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

线索媒体1.3.3

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错误修复：-添加了一个主要修复程序，以在更新ClueGO文件时，默认情况下排除GO基因与“NOT”限定符的关联。-一些较小的可视化错误。改进：-对于最完整的EntrezGene到Ensembl注释集成，现在使用了EnsembMart+NCBI数据。-Unigene现在可以通过EnsembMart+NCBI进行更新-其他帮助按钮可获得更清晰的解释。-应要求添加新的生物体。-增加了GO证据代码IBA、IBD和IKR。

2.3.2

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

俱乐部媒体1.3.2

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错误修复：-修正ClueGO日志中显示的统计信息。未发现基因的百分比现在报告给唯一基因，而不是最初上传的ID-总览图计算。在一个组中多次包含重叠术语-OpenCL双浮点问题。在某些图形卡驱动程序版本中，需要更严格地使用数据类型-由于源数据链接发生更改，InterPro下载无法运行-Reactome数据源已更改改进：-大型网络功能组的额外迭代合并-改进了网络更新行为和速度-包含新的分析建议和解释，如帮助按钮-根据用户要求包括新生物-包含新生物的生物创建日期-后生动物集市添加到ClueGO道具中-具有独立海外建筑运营管理局文件的多个本体。-Reactome数据分为Reaction和Pathways。-启用染色体位置映射。染色体位置可以自动更新（NCBI）。映射时请确保选择0到3之间的级别！

2.3.1

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

线索媒体1.3.1

2.3.0

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

线索媒体1.3.0

2.2.6

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

线索媒体1.2.6

发行说明

*修复由于数据格式更改而导致的注释更新。*修复因数据位置更改而导致的Wikipaths。

2.2.5

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

俱乐部媒体1.2.5

发行说明

*REACTOME路径更新的错误修复。REACTOME格式已更改，但现在应该可以再次工作。*修复以使用Cytoscape 3.4.0

2.2.4

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用程序

线索媒体1.2.4

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*用于重命名ClueGO网络的错误修复。保存项目时未保留新的网络名称，再次打开项目时会产生问题。此外，为了不干扰json导出，从默认名称中删除了“：”。*为了使其再次工作，为集成生物部件更新添加了镜子。

2.2.3

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

俱乐部媒体1.2.3

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用于更新除人类或鼠标以外的GO本体的错误修复。自2.2.0版以来，用户可以选择使用常用的注释文件或QuickGO（直接数据库访问）。要使用QuickGO，您必须取消注释生物体属性文件中的以下三行，如：\#obo.ids=执行\#obo.urls=http://www.geneontology.org/ontology/obo_format_1_2/gene_ontology.1_2.obo\#association.urls=http://www.geneontology.org/gene-associations/submission/gene_associaion.goa_human.gz然后，默认情况下将启用QuickGO。

2.2.2

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

线索媒体1.2.2

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用于保存项目的修复程序。

2.2.1

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

线索媒体1.2.1

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修复WikiPathways更新。Ensembl Mart暂时脱机，因此Ensemb和Interpo Ontology更新无法运行。

2.2.0

使用细胞景观3.2

依赖于此版本的应用

线索媒体1.2.0

发行说明

用于动画布局和相关性计算的General Update和OpenCL实现。改进了Ensembl（使用Mart）、Uniprot注释和InterPro域本体的更新。

2.1.7

使用细胞景观3

依赖于此版本的应用

线索媒体1.1.7

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为了保持插件较小，只包含鼠标和人类文件。可以通过下载选项请求或下载其他生物体的数据。一些错误修复和新的有机体。

2.1.6

使用细胞景观3

发行说明

更新了Cytoscape 3.2.1，但它仍然适用于所有旧版本。一些错误修复和新有机体。

2.1.5

使用细胞景观3

发行说明

更新了Cytoscape 3.2.0，但它仍然适用于所有旧版本。

2.1.4

使用细胞景观3

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修复的错误：*在ClueGO结果表中，有时某些术语显示的符号名称多于实际关联的基因。这个错误没有影响任何计算。*在日志文件中，最终术语数与网络上实际显示的术语数不同。这是因为术语可以在不同的组中重复出现。现在，日志显示了所显示术语的正确唯一数量。新功能：*添加了新的生物体。-假弧菌FO-BEG1

2.1.3

使用细胞景观3

发行说明

新功能：*添加了ClueMedia选项，以便更快地进行ClueGO分析（为ClueMedia添加的基因更少）。*GUI改进*添加了新的生物体。-冈比亚按蚊

2.1.2

使用细胞景观3

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新功能：*添加了新的生物体。-Crassostrea Gigas公司-苜蓿-Anas Platyrhynchos公司-可可树-奥维斯·白羊座-轴足黄单胞菌-毛果杨-梅利格里斯·加洛帕沃-恶性疟原虫3D7-结核分枝杆菌H37Rv修复的错误：*当重新打开保存的ClueGO会话文件时，带有旧注释的基因（entrez基因id被删除/替换）导致了问题。

2.1.1

使用细胞景观3

发行说明

新功能：*即使在分析之后，现在也可以更改ClueGO组的颜色*现在可以隐藏小（不重要）术语/路径标签，也可以通过在ClueGO结果面板中检查它们来放大一些关于新ClueGO会话保存选项的错误已经修复。

2.1.0

使用细胞景观3

发行说明

主要特点：*所有ClueGO/ClueMedia分析都可以使用“*.ClueGO”**压缩格式**保存和恢复。*重新组织用户界面，使其更加用户友好。次要功能：*错误修复程序*重组了成果小组

2.0.8

使用细胞景观3

发行说明

*关于节点着色的各种错误修复。*改进的虚拟化：现在每个选定的本体都有不同的形状*可以从ClueGO主选择面板直接访问新生物体或id文件。*提高了加载注释和本体文件的速度（多线程）*添加了几个新有机体

2.0.7

使用细胞景观3

发行说明

ClueGO库文件从“.cluegoplugin”文件夹移动到可见的文件夹“ClueGOConfiguration”（在用户主目录中），以便于访问。ClueGO现在对两个以上的基因列表**进行功能分析。默认情况下，分析一个基因列表。用户可以添加（“添加簇”）或删除（“删除簇”）其他基因列表。此新功能取代了以前的分析类型（单一或比较）。请参见**[http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluego_newFeatures_207.pdf此处]**查看文档。保持ClueGO可视化：*基因分布：每个基因列表的特定术语及其意义。*群体观点：基于共同基因的功能分组术语/路径*意义观：与一个术语相关的基因数量及其意义。