ドイツのマックス・デルブロウクセンターのニコラス・ラジャスキー実験室チームは26日、患者の組織細胞内の遺伝子発現を3次元（3 D）方式で再構築し、サブ細胞精度で組織サンプルの分子スペクトルを描画するOpen-STという空間転写プラットフォームを開発した。関連論文は新号「セル」誌に発表された。

転写グループ学は細胞または細胞群中の遺伝子発現を研究する学科であり、通常は空間情報を含まないが、空間転写グループ学は組織サンプル中のRNAの空間中の発現を測定することができる。Open-STプラットフォームはコスト効率、高解像度、使いやすい方法を提供し、サンプルの組織形態を撮影することができ、組織スライスの空間転写グループ学情報を撮影することもできる。このプラットフォームは、一連の2 D画像を利用して、3 D「仮想立体組織」に再構築することができる。

実験では、研究者は頭頸癌患者の健康と転移リンパ節からのサンプルを利用して、免疫、間質と腫瘍細胞群の多様性特徴を識別することに成功した。これらの細胞群は原発腫瘍内の通信ホットスポットを中心に組織されているが、この組織は転移腫で破壊された。

Open-STプラットフォームはがん組織サンプルに基づいて描画された画像に基づいて、3 D腫瘍またはリンパ節境界における潜在的な生物マーカーを強調表示し、これらのマーカーは新しい薬物標的になる可能性がある。これらの潜在生物マーカーは2 D分析では見られない。

Open-STプラットフォームは研究にかつてない精度を提供している。例えば、人々は3 D画像中の任意の位置に位置し、単一細胞内部の分子機構、あるいは健康細胞と癌細胞の境界を分析することができる。これは癌細胞がどのように周囲の環境と相互作用するかを理解するのに役立ち、癌細胞と免疫システムの相互作用を探索するために新しい視点を提供した。また、このプラットフォームはがん研究に限定されるものではなく、様々なタイプの組織や生体を探索するために使用することができる。

現在、研究者は実験と計算のワークフロー全体を無料で開放しており、広く使用できるようになっている。（張佳欣記者）