夜光藻自体には毒がない、しかし夜光藻赤潮が暴発すると大量の粘性物質が発生し、これらべとべと性物質が魚類のえらを詰まらせ、魚類が窒息死する恐れがあるため、水産養殖に対する危害が大きい。
夜光藻は純粋な異養生物であるため、酸素を産生することができず、夜光藻赤潮の発生時に水体中の溶存酸素を大量に消費し、夜光藻細胞が死亡した後に細菌に分解された時にも大量の酸素を消費する必要があり、それによって魚類及びその他の水生生物の酸欠死をもたらした。
同時に夜光藻の死亡分解過程で大量のアンモニウム類物質と硫化水素を放出し、養殖生物に不利な影響を与えたため、網箱養殖区で発生する夜光藻赤潮に警戒する必要がある。