近70年來，全所緊緊圍繞“海洋生物資源開發與可持續利用”研究這一中心任務，在海洋生物資源與環境、捕撈科技、海水增養殖、水產品加工與質量安全等領域先後承擔和完成了國家和省部、市級重大科研課題1300多項。

取得了300多項重大科研成果，共獲得國家級獎勵43項（其中以第一完成單位獲得國家科技進步一等獎2項、二等獎5項，國家科技發明二等獎3項），省部級獎勵160多項；授權專利400餘項；在國內外專業期刊發表學術論文5000多篇，編輯出版專著百餘部。