全基因组序列分析（WGS）用的DNA提取
植物的DNA提取
icroGEM公司的PDQeX核酸提取设备prepGEM核酸提取试剂盒的技术就这样加入自动列处理，可以提取PCR阻碍物质少的DNA。可以提取植物DNA和WGS用DNA。
原理
PDQeX核酸提取设备自动进行温度处理和色谱柱处理。将样品和试剂放入色谱柱中，放置在PDQeX机器上，将色谱柱加热到75℃，耐热性蛋白酶EA1活性化，从样品中提取DNA。然后将色谱柱加热到95℃，色谱柱内管收缩，挤出DNA溶液，使其通过色谱柱下部的精制基质。纯化的DNA溶液溶出到PDQeX机器下部设置的管中。
协议
通过以下3步，可用于PCR、qPCR、STR、扩增序列、WGS等的核酸的提取完成。所需时间是10~30分钟。定量请使用PicoGreen、iQuant、Qubit等荧光色素法。
PDQeX设备手册（英文）
特征
- 短时间、简单的操作可以从植物样品中提取DNA
- 短时间、简单的操作可以提取全基因组序列分析（WGS）用的DNA
- 可以从prepGEM核酸提取试剂盒中提取PCR抑制物质少的DNA（粪便、土壤样品等）
- 所需时间为10~30分钟
规格
- 1次RUN最多可处理24个检体
- 5英寸触摸屏
- 100-240 VAC，2A，50/60Hz
- 温度程序预安装或用户输入
- 可输入温度范围34-120℃
- 尺寸22x18x18.5cm
- 重量4.8kg
消耗品套件种类
PDQeX核酸提取机器的消耗品配套元件有以下5种。请选择适合样品和提取对象的东西。温度程序预装在PDQeX核酸提取设备上，可以从触摸屏中选择。或者用户也可以输入。有关详细信息，请下载每个消耗品工具包的快速启动指南。
| 样本 | 提取对象 | 消耗品套件名称 | 快速启动
Guide（英语） | 日语简单
手册 |
|---|
| 培养细胞、血液、唾液、组织、动物样品（鼠尾、耳朵、昆虫、鱼类）、天鹅 | DNA | PDQeX prepGEM Universal Kit | PDF | – |
| 革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、原生菌、古细菌、菌落、液体培养、生物膜、粘膜检体、拭子、元基因组解析 | DNA | PDQeX prepGEM Bacteria Kit | PDF | – |
| 植物的叶、茎、根、种子等 | DNA | PDQeX phytoGEM Kit | PDF | – |
| 唾液或血液（液体、拭子、污迹、FTA卡）、组织、毛发、烟头 | DNA | PDQeX forensicGEM Universal Kit | PDF | – |
| 精液（液状、干燥、染色） | DNA | PDQeX forensicGEM Sperm Kit | PDF | – |
影片
这是一部使用PDQeX核酸提取机器从天鹅标本中提取DNA的电影。
是说明PDQeX核酸抽出机器的墨盒（柱）的原理的电影。
国内使用例
用prepGEM Universal Kit从基洛果蝇中提取DNA，进行了30个周期的PCR。个体1只、翅膀1张、中肢1根等微量样品也可以扩增靶基因。如果提高循环数的话，可以得到明确的频带。
套件名称：prepGEM Universal Kit
缓冲区：BLUE Buffer
提取液量：50μL
温度处理：75℃15分钟⇒95℃2分钟⇒4℃HOLD
样品：个体、翅膀、中肢均不磨碎，用prepGEM进行DNA提取
温度处理结束后目视检查，个体、翅膀、中肢都基本保持原形
PCR液量：25μL
铸型液量：个体2μL、翅10μL、中肢10μL
