囊肿发炎流脓意味着形成了脓肿，患者应当进行以下的治疗，第一需要进行抗炎治疗，如果患者有发烧等全身的症状，应当静脉输消炎药来治疗，如果患者没有发烧等全身的症状，可以口服消炎药来治疗。第二对于脓肿的局部，可以行手术治疗，目前最常用的手术方式为脓肿切开引流术，将脓液及坏死的物质清除，伤口不能缝合，在伤口内放置纱布，术后换药，使伤口逐渐的愈合。（药物的使用应在医生的指导下进行）
