系统治疗十二指肠球炎需要口服抑制胃酸分泌的药物，如果烧心反酸症状明显，也可以加用胃粘膜保护剂。一般抑制胃酸分泌的药物可以选择质子泵抑制剂，比如奥美拉唑，泮托拉唑。这一类抑酸药物抑酸效果持久，并且作用比较强。在急性期可以每天两次口服。一般十二指肠球炎的患者大多伴有幽门螺杆菌感染，所胃镜检查时发现有十二指肠球部溃疡，一般都要建议患者做呼气实验检测是否存在幽门螺杆菌感染，一旦确诊存在，应该系统根除。幽门螺杆菌根除方案，一般选择四联方案，也就是一种质子泵抑制剂加两种抗生素加一种铋剂，质子泵抑制剂可以选择奥美拉唑，泮托拉唑等等。两种抗生素，如果病人没有青霉素过敏史的话，其中一种可以首选阿莫西林，一种可以选择克拉霉素，左氧氟沙星。铋剂可以选择果胶铋和枸橼酸铋钾。一般根除幽门螺杆菌的方案是14天。
