生殖器疱疹的一般治疗包括防止继发的感染，尽量保持水疱疱壁的完整不要弄破，保持局部的清洁、干燥。可以每天用盐水或者用苯扎氯胺溶液或者高锰酸钾溶液局部清洗，来减少继发的细菌感染，如果要是出现继发细菌感染就需要选用抗生素来治疗。对于原发性的生殖器疱疹，可以使用阿昔洛韦、伐昔洛韦或者泛昔洛韦口服，一般治疗的周期都是7-10天。如果要是复发性的生殖器疱疹，建议在出现前驱症状或者是出现局部的糜烂，或者是水疱24小时之内开始积极地治疗，可以采用阿昔洛韦、伐昔洛韦或者泛昔洛韦连续使用5天的治疗方式。如果要是频繁复发的患者，也就是一年发作的次数达到6次以上，为减少复发就需要采取长期的抑制疗法。所谓长期抑制疗法是指口服抗病毒的药物，一般要服用4-12个月的时间。如果要是对于非常严重的生殖器疱疹，还是建议采用抗病毒药物的静脉输液治疗，可以使用阿昔洛韦、更昔洛韦、喷昔洛韦，或者膦甲酸钠。如果要是局部出现了明显的水疱或者糜烂的时候，可以使用阿昔洛韦乳膏、喷昔洛韦乳膏、安定肽霜，然后配合抹减少继发细菌感染的药物，比如像百多邦、夫西地酸。
